Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement

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1 Formation continue PO 425 du 20 octobre 2021.

Programme

13h30 Présentations et Introduction (FL)

13h50 Présentation d'une sélection de scénarios et survol des autres scénarios (FL)

14h20 Présentation d'une sélection d'activités produites par le SIB et survol des autres (MCB) (documents)

14h50 Pause

15h05 Ateliers à choix en parallèle a) activités SIB (MCB) b) scénarios en classe (FL)

16h30 Synthèse et bilan

17h Fin

1.1 Remerciements

Le DIP ESII pour le soutien à ce projet, le SIB Institut Suisse de Bioinformatique pour les collaborations depuis 2002.

2 Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement

Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents

2.1 Des scénarios - protocoles (comment faire)

Principalement techniques, le niveau de formulation et la pédagogie peuvent être adaptés en fonction du public et des approches de l'enseignant.e.

2.2 Des exemples d'insertions possibles dans les programmes
2.3 Activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique
2.4 Glossaire
2.5 Des liens vers des sources d'information
UniProtKB (SwissProt) http://uniprot.org/ Séquences de protéines
GDV genome Data viewer (Ex MapViewer)   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des séquences codantes ou non
OMIM https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim Information sur les gènes et les maladies génétiques humaines.
PubMed https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ Literature references (accède à la base Medline)
BookShelf https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books Des ouvrages de haute qualité gratuitement accessibles on-line
HMGD http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php Human Genome Mutation Database
PDB http://www.rcsb.org/pdb/ Protein structures ->3-d
BLAST (NCBI) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Recherche de similarité de séquences
BLAT (UCSC) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start Recherche de séquences dans différents génomes (inclu humain). Plus rapide que Blast
Genetic Home Reference http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/ Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
Genes and diseases https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22183/ Ouvrage sur les Maladies humaines, mutations,…Informations concises et fiables.
Phylodendron http://iubioarchive.bio.net/treeapp/treeprint-form.html Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
Timetree http://www.timetree.org/ Trouver la date de divergence entre deux espèces ( nom latin)
ClustalW https://embnet.vital-it.ch/software/ClustalW.html Produit des alignements multiples (ADN ou protéines)
Bioinformatics @ NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/ Toutes les banques de données du NIH en anglais
Digital world Biology http://digitalworldbiology.com/ Veut aider à mieux utiliser les outils BIST : Notamment

Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc