Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)

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1 Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)

2 Procédure

Identifier les séquence du SNP et de la séquence de référence ->Choisir les sondes pour le Micro-array

On a donc 2 séquences complémentaires de 25 bases incluant pour l'une la différence d'une base et pour l'autre la séquence de référence

2.1 Compléments possibles ou préalables  :

Accès direct au SNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs113993960

2.1.1 1. Informations générales sur la maladie la maladie grâce à Gene and Disease

Depuis la table des matières Choisir Respiratory diseases puis se souvenir que Mucoviscidose = Cystic Fibrosis

Solution On y trouve pas mal d'infos sur la maladie

Imprimer la pagePDF Cystic Fibrosis

2.1.2 2. Identifier les gène grâce à UniProt

Chercher l'entrée correspondant au gène impliqué dans la mucoviscidose dans UniProtKB

Taper 'mucoviscidose': l'outil vous propose la traduction: Did you mean: mucoviscidosis ?

Confirmer : On trouve en haut de la liste l'entrée humaine P13569

CFTR_HUMAN Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator

Des infos sur OMIM sur le lien entre phénotype et Gène : Cystic Fibrosis est 219700 OMIM

Voir sous TEXT -> description un résumé des effets cliniques.

Voir notamment clinical synopsis pour montrer la longue liste des effets cliniques

2.1.3 3. Trouver la structure du gène domaines, variantes, etc sur UniProt

Aller chercher la séquence (UniProt), dans les Sequence annotation (Features) trouver la structure du gène , les domaines transmembranaires etc

C'est un canal permettant le transport du chlore entre autre -> on s'attend donc à y trouver des zones Transmembrane dans les alignements

2.1.4 4. Quelle est la mutation la plus fréquente ?

A partir de l'entrée UniProt aller voir la liste des 'natural variant' (dans la section 'Pathology & Biotech')

Regarder en particulier celles qui donnent la maladie ('in CF'). Remarquer qu'il y en a plusieurs qui sont responsables de la maladie....

Cliquer sur une mutation: exemple: Natural variant 13 S -> F in CF.

Guider les élèves pour trouver que la 508 est la plus fréquente (chercher dans la page "most common" avec ctrl-F ou commande -F)

Noter le commentaire sur la mutation

2.1.5 Complément :

Une figure décrit les types de mutations et leur effet ici

Cabrini, G. (2019). Innovative Therapies for Cystic Fibrosis : The Road from Treatment to Cure. Molecular Diagnosis & Therapy, 23(2), 263‑279. https://doi.org/10.1007/s40291-018-0372-6

2.1.6 Impression 3D
Photo de la protéine CFTR imprimée en 3D avec une imprimante simple, à partir du fichier joint à la page
La protéine CFTR imprimée en 3D avec une imprimante simple, à partir du fichier joint à la page

Le fichier .STL prêt à transmettre à votre spécialiste ou à s'imprimer ici

Résultat : voir figure ci-contre

3 Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

4 Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

4.1 Références

Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB

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