Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array

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1 Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)

2 Procédure

Ouvrir Genome data Viewer GDV ici

Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR

Trouver le gène CFTR voir ici Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes

si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple rs1228922204 selon ce protocole SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base

Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence
Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence

Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)

-> comment établir des sondes pour le Micro-array

NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : il faudrait encore vérifier que ces séquences sont effectivement uniques.

3 Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

4 Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

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