Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array
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Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
Procédure
- Ouvrir Genome data Viewer GDV ici
- Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR
- Trouver le gène CFTR voir ici Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes
- si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple rs1228922204 (lien valable90 jours depuis le 25.09.22) selon ce protocole SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base
- Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)
-> comment établir des sondes pour le Micro-array
NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : Si elle cible bien ce SNP, il faudrait encore vérifier que cette séquence est effectivement unique dans le génome - qu'on ne la trouve nulle part ailleurs.
Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
Références
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB