Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement

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Remerciements

Le DIP ESII pour le soutien à ce projet, le SIB Institut Suisse de Bioinformatique pour les collaborations depuis 2002.

Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement

Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents

Des protocoles-élève
Des exemples d'insertions possibles dans les programmes
D'autres activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique
Glossaire
Des liens vers des sources d'information
UniProt (SwissProt) http://uniprot.org/ Séquences de protéines
GDV genome Data viewer (Ex MapViewer)   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des sequences codantes ou non
OMIM https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim Infos Génétique humaine (notamment maladies)
PubMed https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ Literature references (accède à la base Medline)
BookShelf https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books Des ouvrages de haute qualité gratuitement accessibles on-line
HMGD http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php Human Genome Mutation Database
PDB http://www.rcsb.org/pdb/ Protein structures ->3-d
BLAST (NCBI) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Recherche de similarité de séquences
BLAT (UCSC) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start Recherche de similarité de séquences - orienté génome humain. Plus rapide que Blast
Genetic Home Reference http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/ Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
Genes and diseases https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22183/ Ouvrage sur les Maladies humaines, mutations,…Informations concises et fiables.
Phylodendron http://iubioarchive.bio.net/treeapp/treeprint-form.html Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
ClustalW @swissprot https://embnet.vital-it.ch/software/ClustalW.html Produit des alignements multiples
Bioinformatics @ NIH https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/ Toutes les banques de données du NIH en anglais
Digital world Biology http://digitalworldbiology.com/ Veut aider à mieux utiliser les outils BIST : Notamment

Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc