« Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement » : différence entre les versions

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===== Des liens vers des sources d'information =====
===== Des liens vers des sources d'information =====
** SARS-CoV-2 et COVID-19 :  
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*** Suivi des souches du virus en fonction du lieu et du temps : [https://nextstrain.org/ncov/global Nextstrain.org, Real-time tracking of pathogen evolution]   
{| class="wikitable"
|UniProt (SwissProt)
|http://uniprot.org/
|Séquences de protéines
|-
|GDV genome Data viewer (Ex MapViewer)  
|https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/
|Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des sequences codantes ou non
|-
|OMIM
|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM
|Infos Génétique humaine (notamment maladies)
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|PubMed
|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed
|Literature references (accède à la base ''Medline'')
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|BookShelf
|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books
|Des ouvrages de haute qualité gratuitement accessibles on-line
|-
|HMGD
|http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html
|Human Genome Mutation Database
|-
|PDB
|http://www.rcsb.org/pdb/
|Protein structures ->3-d
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|BLAST (NCBI)
|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
|Recherche de similarité de séquences
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|BLAT (UCSC)
|http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
|Recherche de similarité de séquences - orienté génome humain. Plus rapide que Blast
|-
|Genetic Home Reference
|http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/
|Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
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|Genes and diseases
|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd
|Ouvrage sur les Maladies humaines, mutations,…Informations concises et fiables.
|-
|Phylodendron
|http://www.es.embnet.org/Doc/phylodendron/treeprint-form.html
|Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
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|ClustalW @swissprot
|http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html
|Produit des alignements multiples
|-
|Palindrome search
|http://bioinfo.cs.technion.ac.il/projects/Engel-Freund/new.html
|Serveur qui permet de détecter les séquences palindromiques:
|-
|Bioinformatics @ NIH
|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/bioinformatics.html
|Bonne présentation en anglais ''A Basic Introduction to the Science Underlying NCBI Resources''
|-
|Digital world Biology
|http://digitalworldbiology.com/dwb/Home.html
|Veut aider à mieux utiliser les outils BIST : Notamment
 
Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc
|}
* SARS-CoV-2 et COVID-19 :  
** Suivi des souches du virus en fonction du lieu et du temps : [https://nextstrain.org/ncov/global Nextstrain.org, Real-time tracking of pathogen evolution]   
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[[Catégorie: BioInfoScenarios]]
[[Catégorie: BioInfoScenarios]]

Version du 26 février 2021 à 11:54

Cette page peut être atteinte directement par http://tinyurl.com/bioinfoEduTechWiki ou http://unige.ch/-/bioinformatique

Remerciements

Le DIP ESII pour le soutien à ce projet, le SIB Institut Suisse de Bioinformatique pour les collaborations depuis 2002.

Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement

Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents

Des protocoles-élève
Des exemples d'insertions possibles dans les programmes
D'autres activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique
Glossaire
Des liens vers des sources d'information
UniProt (SwissProt) http://uniprot.org/ Séquences de protéines
GDV genome Data viewer (Ex MapViewer)   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des sequences codantes ou non
OMIM http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM Infos Génétique humaine (notamment maladies)
PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed Literature references (accède à la base Medline)
BookShelf http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books Des ouvrages de haute qualité gratuitement accessibles on-line
HMGD http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html Human Genome Mutation Database
PDB http://www.rcsb.org/pdb/ Protein structures ->3-d
BLAST (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ Recherche de similarité de séquences
BLAT (UCSC) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start Recherche de similarité de séquences - orienté génome humain. Plus rapide que Blast
Genetic Home Reference http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/ Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
Genes and diseases http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=gnd Ouvrage sur les Maladies humaines, mutations,…Informations concises et fiables.
Phylodendron http://www.es.embnet.org/Doc/phylodendron/treeprint-form.html Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
ClustalW @swissprot http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html Produit des alignements multiples
Palindrome search http://bioinfo.cs.technion.ac.il/projects/Engel-Freund/new.html Serveur qui permet de détecter les séquences palindromiques:
Bioinformatics @ NIH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/bioinformatics.html Bonne présentation en anglais A Basic Introduction to the Science Underlying NCBI Resources
Digital world Biology http://digitalworldbiology.com/dwb/Home.html Veut aider à mieux utiliser les outils BIST : Notamment

Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc

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