Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement

1Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement

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• Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents

Des protocoles-élève

• 1. Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est repérable sur les chromosomes humains (quelques exemples).
  2. Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est bien constituée de ATCG (quelques exemples)
  3. Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes
  4. Éprouver que beaucoup de gènes sont constitués d'Introns et d'Exons
  5. Éprouver que la limite introns-exons n'est pas discernable aisément
  6. Éprouver que l'origine de réplication est une séquence de bases
  7. Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
  8. Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
  9. Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose)  dans une puce à ADN (µ-array)
  10. Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.
  11. Éprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées
  12. Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un satellite  sur le chr 1
  13. Variante  Former un schéma du gel pour  une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes
  14. Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères
  15. Déterminer les tissus et organes exprimant un gène (humain) donné
  16. Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris)
  17. Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces
  18. Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
      • Liste de protéines sélectionnées, de structures 3D prêtes à imprimer
  19. Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D(.STL)
  20. Éprouver le lien entre structure, séquence et fonction d'une protéine
  21. Peut-on prédire la répartition des espèces végétales à partir de mesures physicochimiques et des valeurs écologiques Landolt ? (et réciproquement ?)

Des listes de  questions pour guider les activités et les évaluations

Encore en rédaction

D'autres activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique

• Ateliers de bioinformatique
  • 22. Des chromosomes et des gènes
  • 23. Protéines et Drug Design
  • 24. Phylogénie, biodiversité et pizza ...
    • Pizza métagénomqiue
  • 25. Médecine de précision et profil génétique
  • 26. Coronavirus et protéines...
    • Origine du nouveau coronavirus SARS-CoV-2
  • 27. Découverte de BLAST...
  • 28. L'insuline de A à Z
  • 29. Quelques liens pour les plus curieux......
    • La génétique d'un goût amer...
  • 30. Les différentes cellules et compartiments cellulaires: www.swissbiopics.org

Une sélection de sites pour les enseignants

• Des listes de protéines sélectionnées, de structures 3D prêtes à imprimer

Des liens vers des sources d'information

• • SARS-CoV-2 et COVID-19 :
    • Suivi des souches du virus en fonction du lieu et du temps : Nextstrain.org, Real-time tracking of pathogen evolution

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