Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement
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Formation continue SEM 10708 Mercredi 4 novembre 2020
Formation à distance vu la situation sanitaire
Dès 13h env. Session Meet activée pour connexion des participants le lien pour se connecter sera https://meet.google.com/jwu-qyzo-dea dès 13h (pour tester)
13h30 Accueil & Présentations des participants
13h45 Introduction : La biologie change - l'enseignement doit-il changer ? Présentation ici
14h Présentation de 2x2 scénarios et survol des autres (21-1, 24, 1,2,3)
14h30 Les participants explorent à choix les scénarios pertinents pour leur enseignement.
15h00 Pause
15h30 Questions et demandes d'approfondissement des participants
15h40 Comprendre la bioinformatique: les principales banques de données et outils utilisés. Présentation ici
16h00 Activités des participants : se faire une sélection pertinente de scénarios et de fichiers .stl (impression 3D).
16h45 Projet ‘La Biologie numérique’: vos commentaires et propositions ? Remarques ici svp
16h55 Evaluation - formulaire du SEM :
Remerciements
Le DIP ESII pour le soutien à ce projet, le SIB Institut Suisse de Bioinformatique pour les collaborations depuis 2002.
Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement
Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents
Des protocoles-élève
- Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est repérable sur les chromosomes humains (quelques exemples).
- Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est bien constituée de ATCG (quelques exemples)
- Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes
- Éprouver que beaucoup de gènes sont constitués d'Introns et d'Exons
- Éprouver que la limite introns-exons n'est pas discernable aisément
- Éprouver que l'origine de transcription est une séquence de bases
- Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
- Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
- Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)
- Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.
- Éprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées
- Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un satellite sur le chr 1
- Variante Former un schéma du gel pour une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes
- Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères
- Déterminer les tissus et organes exprimant un gène (humain) donné
- Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris)
- Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces
- Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
- Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D(.STL)
- Éprouver le lien entre structure, séquence et fonction d'une protéine
- Peut-on prédire la répartition des espèces végétales à partir de mesures physicochimiques et des valeurs écologiques Landolt ? (et réciproquement ?)
- Eprouver le rôle central des protéines dans le fonctionnement normal et la maladie (en cours de rédaction)
- Trouver des séquences virales dans le génome humain
Des exemples de progressions possibles en articulant ces activités
Encore en rédaction
Des listes de questions pour guider les activités et les évaluations
Encore en rédaction
D'autres activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique
- Ateliers de bioinformatique
- 22. Des chromosomes et des gènes
- 23. Protéines et Drug Design
- 24. Phylogénie, biodiversité et pizza ...
- 25. Médecine de précision et profil génétique
- 26. Coronavirus et protéines...
- 27. Découverte de BLAST...
- 28. L'insuline de A à Z
- 29. Quelques liens pour les plus curieux......
- 30. Les différentes cellules et compartiments cellulaires: www.swissbiopics.org
Des liens vers des sources d'information
- SARS-CoV-2 et COVID-19 :
- Suivi des souches du virus en fonction du lieu et du temps : Nextstrain.org, Real-time tracking of pathogen evolution
- SARS-CoV-2 et COVID-19 :