Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement

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Formation continue SEM 10708 Mercredi 4 novembre 2020

Formation à distance vu la situation sanitaire

Programme Prévu

Dès 13h env. Session Meet activée pour connexion des participants le lien pour se connecter sera https://meet.google.com/jwu-qyzo-dea dès 13h (pour tester)

13h30             Accueil & Présentations des participants

13h45             Introduction : La biologie change - l'enseignement doit-il changer ? Présentation ici

14h              Présentation de 2x2 scénarios et survol des autres

14h30             Les participants explorent à choix les scénarios pertinents pour leur enseignement.

15h00              Pause

15h30              Questions et demandes d'approfondissement des participants

15h40             Comprendre ce que sont les principales banques de données et outils utilisés - pour comprendre la Bioinformatique. Présentation ici

16h00             Activités des participants : se faire une sélection pertinente de scénarios et de fichiers .stl (impression 3D).

16h45              Projet ‘La Biologie numérique’: vos commentaires et propositions  ? Remarques ici svp

16h55             Evaluation - formulaire du SEM : sera ici .

Remerciements

Julien Dacosta pour les protéines 3D ajustées et imprimées

Prof Daniel Schneider pour le cadre théorique et le role de pionnier dans l'impression 3D pour l'éducation

Le DIP ESII pour le soutien à ce projet.

Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement

Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents

Des protocoles-élève

• 1. Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est repérable sur les chromosomes humains (quelques exemples).
  2. Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est bien constituée de ATCG (quelques exemples)
  3. Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes
  4. Éprouver que beaucoup de gènes sont constitués d'Introns et d'Exons
  5. Éprouver que la limite introns-exons n'est pas discernable aisément
  6. Éprouver que l'origine de réplication est une séquence de bases
  7. Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
  8. Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
  9. Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose)  dans une puce à ADN (µ-array)
  10. Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.
  11. Éprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées
  12. Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un satellite  sur le chr 1
  13. Variante  Former un schéma du gel pour  une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes
  14. Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères
  15. Déterminer les tissus et organes exprimant un gène (humain) donné
  16. Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris)
  17. Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces
  18. Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
      • Liste de protéines sélectionnées, de structures 3D prêtes à imprimer
  19. Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D(.STL)
  20. Éprouver le lien entre structure, séquence et fonction d'une protéine
  21. Peut-on prédire la répartition des espèces végétales à partir de mesures physicochimiques et des valeurs écologiques Landolt ? (et réciproquement ?)

Des exemples de progressions possibles en articulant ces activités

Encore en rédaction

Des listes de  questions pour guider les activités et les évaluations

Encore en rédaction

D'autres activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique

• Ateliers de bioinformatique
  • 22. Des chromosomes et des gènes
  • 23. Protéines et Drug Design
  • 24. Phylogénie, biodiversité et pizza ...
    • Pizza métagénomqiue
  • 25. Médecine de précision et profil génétique
  • 26. Coronavirus et protéines...
    • Origine du nouveau coronavirus SARS-CoV-2
    • Evolution du nouveau coronavirus SARS-CoV-2
    • SARS-CoV-2 et HIV: fake news ?
  • 27. Découverte de BLAST...
  • 28. L'insuline de A à Z
  • 29. Quelques liens pour les plus curieux......
    • La génétique d'un goût amer...
    • Atelier découverte de la bioinformatique pour les plus jeunes
  • 30. Les différentes cellules et compartiments cellulaires: www.swissbiopics.org

Des liens vers des sources d'information

• • SARS-CoV-2 et COVID-19 :
    • Suivi des souches du virus en fonction du lieu et du temps : Nextstrain.org, Real-time tracking of pathogen evolution

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