« Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array » : différence entre les versions
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NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : il faudrait encore vérifier que ces séquences sont effectivement uniques. | NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : il faudrait encore vérifier que ces séquences sont effectivement uniques. | ||
Version du 14 mai 2020 à 15:35
Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
Procédure
Ouvrir Genome data Viewer GDV ici
Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR
Trouver le gène CFTR voir ici Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes
si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple rs1228922204 selon ce protocole SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base
Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)
-> établir des sondes pour le Micro-array
NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : il faudrait encore vérifier que ces séquences sont effectivement uniques.