Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)
Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)
Procédure
Identifier les séquence du SNP et de la séquence de référence ->Choisir les sondes pour le Micro-array
On a donc 2 séquences complémentaires de 25 bases incluant pour l'une la différence d'une base et pour l'autre la séquence de référence
Compléments possibles ou préalables :
- Accès direct au SNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs113993960
1. Informations générales sur la maladie la maladie grâce à Gene and Disease
- Depuis la table des matières Choisir Respiratory diseases puis se souvenir que Mucoviscidose = Cystic Fibrosis
- Solution On y trouve pas mal d'infos sur la maladie
- Imprimer la pagePDF Cystic Fibrosis
2. Identifier les gène grâce à UniProt
- Chercher l'entrée correspondant au gène impliqué dans la mucoviscidose dans UniProtKB
- Taper 'mucoviscidosis' ou cystic fibrosis ?
- Confirmer : On trouve en haut de la liste l'entrée humaine P13569
- CFTR_HUMAN Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
Ici il manque un lien qu'il y avait dans la version précédente de UniProt- OMIM propose des informations sur le lien entre phénotype et Gène : Cystic Fibrosis est 219700 OMIM
- Voir sous TEXT -> description un résumé des effets cliniques.
- Voir notamment clinical synopsis pour montrer la longue liste des effets cliniques
3. Trouver la structure du gène domaines, variantes, etc sur UniProt
- Aller chercher la séquence (UniProt),
- On trouve la localisation cellulaire illustré dans un schéma de la cellule (solution)
- Dans la section Function on trouve des informations sur sa fonction
NB : C'est un canal permettant le transport du chlore entre autre -> on s'attend donc à y trouver des zones Transmembrane dans les alignements cf. ce scénario pour les alignements
4. Quelle est la mutation la plus fréquente ?
A partir de l'entrée UniProt aller voir la liste des 'natural variant' (dans la section 'Pathology & Biotech')
Regarder en particulier celles qui donnent la maladie ('in CF'). Remarquer qu'il y en a plusieurs qui sont responsables de la maladie....
Cliquer sur une mutation: exemple: Natural variant 13 S -> F in CF.
Guider les élèves pour trouver que la 508 est la plus fréquente (chercher dans la page "most common" avec ctrl-F ou commande -F)
Noter le commentaire sur la mutation
Complément :
Une figure décrit les types de mutations et leur effet ici
Cabrini, G. (2019). Innovative Therapies for Cystic Fibrosis : The Road from Treatment to Cure. Molecular Diagnosis & Therapy, 23(2), 263‑279. https://doi.org/10.1007/s40291-018-0372-6
Impression 3D
Le fichier .STL prêt à transmettre à votre spécialiste ou à s'imprimer ici
Résultat : voir figure ci-contre
Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
Références
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB