« Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array » : différence entre les versions
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* Trouver le gène CFTR voir ici [[Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes]] | |||
* si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs947311024 rs1228922204] (<small>lien valable en date du 28.02.24)</small> selon ce protocole [[SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base]] | |||
[[Fichier:SNP-exemple-CFTR-inGDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence |vignette|Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence]] | |||
* Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ) | |||
Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ) | |||
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NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : il faudrait encore vérifier que | NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : Si elle cible bien ce SNP, il faudrait encore vérifier que cette séquence est effectivement unique dans le génome - qu'on ne la trouve nulle part ailleurs. | ||
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Dernière version du 27 février 2024 à 11:17
Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
Procédure
- Ouvrir Genome data Viewer GDV ici
- Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR
- Trouver le gène CFTR voir ici Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes
- si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple rs1228922204 (lien valable en date du 28.02.24) selon ce protocole SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base
- Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)
-> comment établir des sondes pour le Micro-array
NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : Si elle cible bien ce SNP, il faudrait encore vérifier que cette séquence est effectivement unique dans le génome - qu'on ne la trouve nulle part ailleurs.
Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
Références
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB