SNP fréquents - changements d'une seule base

Procédure

Ouvrir Genome data Viewer GDV ici

Préalable trouver une séquence d'un gène : Séquence du gène de protéines sur chromosomes

• Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR
• [Solution]

Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base

• Si nécessaire zoomer à la séquence (icone ATG),

• Observer les SNP en bleu noter leur fréquence
• En choisir un (par exemple rs1228922204)
• -> cliquer sur le SNP choisi,
• ou le chercher en introduisant son identifiant dans la case search assembly en haut à gauche [solution] valable 90 jours depuis le 25.09.22
• Repérer la base qui change T<->C dans ce cas

Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

Ajoutez votre exemple

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

Afin d'aider les élèves à imaginer ce qu'est un SNP, pourrait précéder :

• Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)

Références

Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB

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