Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array

Procédure

Ouvrir Genome data Viewer GDV ici

Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR

Trouver le gène CFTR voir ici Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes

si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple rs1228922204 selon ce protocole SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base

Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)

-> établir des sondes pour le Micro-array

NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : il faudrait encore vérifier que ces séquences sont effectivement uniques.

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement