« SNP fréquents - changements d'une seule base » : différence entre les versions
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* Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR | * Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR | ||
* [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/?context=genome&acc=GCF_000001405.39 Solution]] | * [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/?context=genome&acc=GCF_000001405.39 Solution]] | ||
[[Fichier:SNP-rs1545397-OCA2-in-GDV.jpg | [[Fichier:SNP-rs1545397-OCA2-in-GDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base |vignette|Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base]] | ||
** Si nécessaire zoomer à la séquence (icone <small>A</small><big>T</big><small>G</small>), | ** Si nécessaire zoomer à la séquence (icone <small>A</small><big>T</big><small>G</small>), | ||
* Observer les SNP en bleu (par exemple rs1228922204) | * Observer les SNP en bleu (par exemple rs1228922204) | ||
** -> cliquer sur le SNP choisi | ** -> cliquer sur le SNP choisi [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?cfg=NCID_1_2667897_130.14.18.128_9146_1584719420_1540867235 solution]] | ||
*** repérer la base qui change T<->C dans ce cas | *** repérer la base qui change T<->C dans ce cas | ||
Version du 20 mars 2020 à 17:51
Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
Procédure
Ouvrir Genome data Viewer GDV ici
Préalable trouver une séquence d'un gène : Séquence du gène de protéines sur chromosomes
- Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR
- [Solution]
- Si nécessaire zoomer à la séquence (icone ATG),
- Observer les SNP en bleu (par exemple rs1228922204)
- -> cliquer sur le SNP choisi [solution]
- repérer la base qui change T<->C dans ce cas
- -> cliquer sur le SNP choisi [solution]