« Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array » : différence entre les versions

De EduTech Wiki
Aller à la navigation Aller à la recherche
(Création de la page)
 
m (rectif lien)
Ligne 4 : Ligne 4 :
Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]
Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]


Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR  
Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR
 
Trouver le gène FTR  voir ici 
[[S%C3%A9quence_du_g%C3%A8ne_de_prot%C3%A9ines_sur_chromosomes]]
[[S%C3%A9quence_du_g%C3%A8ne_de_prot%C3%A9ines_sur_chromosomes]]


si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp
par exemple rs1228922204 selon
[[SNP_fr%C3%A9quents_-_changements_d%27une_seule_base&action]]


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/?context=genome&acc=GCF_000001405.39
noter la séquence de référence et celle du SNP
 
si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp (par exemple rs1228922204 et noter la séquence de référence et celle du SNP  


-> établir des sondes pour le Micro-array
-> établir des sondes pour le Micro-array

Version du 20 mars 2020 à 18:04

Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)

Procédure

Ouvrir Genome data Viewer GDV ici

Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR

Trouver le gène FTR voir ici Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes

si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple rs1228922204 selon

SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base&action

noter la séquence de référence et celle du SNP

-> établir des sondes pour le Micro-array


Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement