Gènes constitués d'Introns et d'Exons

Procédure

• Ouvrir Genome data Viewer GDV ici

CFTR gene Exon7 highlith in GDV

• Choisir l'espèce humaine
• Sélectionner un gène (p. ex CFTR) selon scénario trouver séquence des gènes d'une protéine (solution)
• Cliquer les petits ronds dans la bande bleue pour mettre en évidence un exon à la fois .
• Observer la séquence d'ADN correspondante et le sens de lecture (flèches dans la bande verte)
• Observer les bandes bleues plus bas sous RNAseq exon coverage et RNAseq intron spanning read
  • NB. Si on a dézoomé trop un texte avertit qu'il a trop d'exons à afficher " Exon navigator; there are too many exons (number) in the region please narrow the region to enable exon navigation"
• Recommencer avec 3-4 exons

Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

Synthèse d'un élève : En zoomant sur le gène en question ( cela fonctionne pour tous les gènes étudiés dans la classe, on remarque la présence d’introns et d’exons à l’aide des blocs et lignes colorées en verts ( ou différentes couleurs ). Les exons, plus petits que les introns sont aussi moins exprimés que ces introns. La présence d’introns prouve l’utilisation de l’épissage alternatif de la part du gène.

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

Références

Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB

Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement