Mise en place d'un environnement de travail avec R

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Introduction

La flexibilité de R fait ainsi que la mise en place d'un environnement de travail puisse se faire de nombreuses manières, comportant souvent des passages plus compliqués par rapport à l'installation d'un logiciel traditionnel. Dans cet article, nous illustrerons et analyserons les avantages et désavantages de trois types d'environnements possibles :

1. Installation locale

   Cette option consiste dans l'installation d'un environnement sur son propre ordinateur. Il s'agit de l'environnement le plus fréquent, au moins à présent (2019), et implique le contrôle totale de la part de l'utilisateur.

2. Installation sur un serveur

   Cette option consiste à mettre en place l'environnement sur un serveur partagé par plusieurs utilisateurs (e.g. un labo ou équipe de recherche). De cette manière, certaines des opérations nécessaires au fonctionnement et au maintient de l'environnement sont centralisées et effectuées souvent par une seule personne (e.g. administrateur du serveur).

3. Utilisation dans le cloud

   Cette option consiste à utiliser une infrastructure qui a déjà été mise en place et pour laquelle le maintient est garantie par une entité externe (e.g. une entreprise). Des plans gratuits ou payants peuvent différer en fonction du nombre des projets ou puissance de calcule disponible, ainsi que du support.

Nous utiliserons l'installation locale en tant que référence pour illustrer les différents éléments nécessaires dans un environnement de travail fonctionnel à l'utilisation de R. On retrouve les mêmes éléments dans les environnements serveur et cloud, qui sont tout simplement une abstraction et optimisation de l'environnement local pour plusieurs utilisateurs.

Cette page propose en général des informations conceptuelles sur la mise en place de l'environnement de travail et renvoie aux pages individuelles des différents logiciels pour les opérations spécifiques d'installation et configuration qui, dans l'option en local, peuvent varier en fonction du système d'exploitation utilisé.

Environnement d'essai/test

Si vous découvrez R pour la première fois et vous désirez commencer avec de la pratique, sans passer du temps à mettre en place un environnement que vous n'êtes pas sûrs d'utiliser par la suite, nous vous conseillons de commencer directement par l'environnement cloud (voir plus bas dans la page). Vous aurez à tout moment la possibilité de passer à un autre environnement plus tard. De plus, les trois environnements peuvent être utilisés de manière interchangeable avec relativement peur d'effort.

Environnement local

Dans cette section, nous proposons l'illustration d'un environnement de travail typique, c'est-à-dire qui peut s'adapter à la plupart des cadres d'utilisation de R dans le contexte des sciences sociales. Nous allons d'abord illustrer un environnement spécifique, basé sur des choix parmi d'autres possibles, et dans un deuxième temps nous fournirons quelques alternatives possibles. En guise de conclusion de la section, nous analyserons avantages et désavantages d'une installation en locale.

Composantes d'un environnement de travail typique

Un environnement de travail typique se compose des éléments suivants. Pour chaque élément, nous proposons une brève description qui sera ensuite approfondie dans la page dédiée :

• R

  Il s'agit de l'élément essentiel de l'environnement, sans lequel rien ne serait possible. L'installation de R permet à l'ordinateur de disposer de l'interprète capable de lire et exécuter le code.

• RStudio

  Environnement de développement intégré (ou IDE depuis l'anglais Integrated Development Environment) qui fait de collant entre l'interprète du code et les opérations nécessaires à l'utilisateur pour mener à bien ses projets (écriture des scripts, aide à la syntaxe, output graphiques, organisation des fichiers, etc.).

• Git

  Système de gestion de versions qui permet de tracer l'historique des changements de fichiers à différents moments dans l'évolution d'un projet.

• LaTeX

  Système de préparation de documents techniques et scientifiques qui permet la mise en page d'éléments complexes (e.g. formules, layout en colonnes, ...). La connaissance de LaTeX n'est souvent pas nécessaire, mais l'installation est indispensable surtout pour la création de report en PDF.

Conceptuellement, ces composantes s'articulent de la manière suivante :

Articulation des composantes d'un environnement de travail typique en R

Ordre d'installation conseillé

Les éléments peuvent être installés plus ou moins de manière indépendante et sans un ordre précis, cependant, nous conseillons de procéder de la manière suivante :

1. Installez et configurez d'abord Git
2. Installez R ensuite
3. Installez et configurez RStudio
4. Installez LaTeX