« Expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse » : différence entre les versions
Aller à la navigation
Aller à la recherche
(création page) |
mAucun résumé des modifications |
||
| Ligne 7 : | Ligne 7 : | ||
* Cliquer la vignette représentant une coupe d'embryon de souris [http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_006206&image=01 -> solution ici] | * Cliquer la vignette représentant une coupe d'embryon de souris [http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_006206&image=01 -> solution ici] | ||
*On peut choisir (- et +) laquelle des coupes à travers l'épaisseur de l'embryon (de la gauche à la droite) on veut visualiser. | *On peut choisir (- et +) laquelle des coupes à travers l'épaisseur de l'embryon (de la gauche à la droite) on veut visualiser. | ||
* Un curseur permet de régler le degré de Zoom sur la coupe choisie | * Un curseur permet de régler le degré de Zoom sur la coupe choisie[[Fichier:Coupe-amy1-11j-section10-fleche.jpg|alt=Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène amy1 11j section10 flèche indiquant le pancréas |vignette|210x210px|Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène amy1 11j section10 flèche indiquant le pancréas ]] | ||
* A gauche un arbre anatomique présente les structures. Les coupes présentant une expression forte du gène choisi sont indiquées en rouge pour faciliter leur repérage | * A gauche un arbre anatomique présente les structures. Les coupes présentant une expression forte du gène choisi sont indiquées en rouge pour faciliter leur repérage | ||
* Lorsqu’une image est annotée, un code couleur indique le niveau d’expression de ce gène dans les différentes structures et ce code est conservé dans l’arbre anatomique (rouge pour forte expression, jaune pour expression modérée et bleu pour faible expression) | * Lorsqu’une image est annotée, un code couleur indique le niveau d’expression de ce gène dans les différentes structures et ce code est conservé dans l’arbre anatomique (rouge pour forte expression, jaune pour expression modérée et bleu pour faible expression) | ||
*La coupe elle-même apparait au centre : ici amylase 1 , section10 (presque au centre) avec une forte expression dans le pancréas qui est bien visible en violet foncé | *La coupe elle-même apparait au centre : ici amylase 1 , section10 (presque au centre) avec une forte expression dans le pancréas qui est bien visible en violet foncé | ||
== Ressources supplémentaires == | == Ressources supplémentaires == | ||
* Une [http://education.expasy.org/cours/FLO/Liste_prot_evol.html liste de gènes et de leurs protéines] que les élèves pourraient connaitre avec leurs symboles a été établie avec Marie-Claude Blatter de l'ISB SIB à l'université de Genève peur donner des idées" . | * Une [http://education.expasy.org/cours/FLO/Liste_prot_evol.html liste de gènes et de leurs protéines] que les élèves pourraient connaitre avec leurs symboles a été établie avec Marie-Claude Blatter de l'ISB SIB à l'université de Genève peur donner des idées" . | ||
== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | == Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | ||
===== Faire découvrir "éprouver" aux élèves que les gènes ne s'expriment pas partout. ===== | |||
* Prenant un exemple de protéine exprimée de manière très localisée dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on vérifier que l'insuline est produite principalement dans le pancréas ? (Chez la souris) | |||
* On pourrait demander aux élèves de trouver où est exprimé le gène de l'insuline INS 2 ( il y a deux insulines chez la souris et le rat) [http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_005241&image=01 -> solution ici] | |||
===== La localisation de l'hémoglobine ===== | |||
[[Fichier:Hemoglo-b-expression.jpg|alt=Coupe d'embryon sur Eurexpress montrant le degré d'expression de l'hémoglobine B |vignette|213x213px|Coupe d'embryon sur Eurexpress montrant le degré d'expression de l'hémoglobine B ]] | |||
* Destinée a faire découvrir "éprouver" aux élèves que certaines protéines sont exprimée de manière très large dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on trouver où l'hémoglobine est produite ? (Chez l'embryon de souris) | |||
* On choisit Hbb-b1 (symbole de l'hémoglobine bêta "hemoglobin, beta adult major chain") | |||
* Solution [[http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_013139&image=01 ici] on trouve qu'elle est exprimée un peu partout dans l'embryon | |||
===== La myosine : où y a-t-il déjà des muscles dans l'embryon ? ===== | |||
* Dans les deux exemples l'expression était presque unique ou quasi-partout. Un exemple qui contraste par son expression liée à un tissus mais à plusieurs endroits de l'organisme est la Myosine (codée Myh3) exprimée dans les cellules musculaires et représentative des fonctions contractiles. | |||
* Destinée faire découvrir "éprouver" aux élèves que certaines protéine sont exprimées spécifiquement dans certains tissus dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on trouver où la myosine est produite ? (Chez l'embryon de souris) | |||
On | * On choisit Myh3 [http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_010874&image=01 ->solution] | ||
* On voit qu'elle est exprimée fortement dans de nombreux tissus comme la langue, le coeur, etc. Selon les coupes on distingue bien une expression différentielle. | |||
------- | ------- | ||
Retour à [[Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement]] | Retour à [[Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement]] | ||
[[Catégorie: BioInfoScenarios]] | [[Catégorie: BioInfoScenarios]] | ||
Version du 22 octobre 2020 à 16:01
== Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris)
Procédure
- Ouvrir Eurexpress -> solution ici
- Parmi les 18'000 gènes étudiés, on peut choisir le gène dont on veut visualiser l'expression en introduisant dans le 2ème champ "quick search" All "for" le symbole ou le nom du gène. P. ex Amy1 pour l'amlayse -> solution ici
- Cliquer la vignette représentant une coupe d'embryon de souris -> solution ici
- On peut choisir (- et +) laquelle des coupes à travers l'épaisseur de l'embryon (de la gauche à la droite) on veut visualiser.
- Un curseur permet de régler le degré de Zoom sur la coupe choisie
- A gauche un arbre anatomique présente les structures. Les coupes présentant une expression forte du gène choisi sont indiquées en rouge pour faciliter leur repérage
- Lorsqu’une image est annotée, un code couleur indique le niveau d’expression de ce gène dans les différentes structures et ce code est conservé dans l’arbre anatomique (rouge pour forte expression, jaune pour expression modérée et bleu pour faible expression)
- La coupe elle-même apparait au centre : ici amylase 1 , section10 (presque au centre) avec une forte expression dans le pancréas qui est bien visible en violet foncé
Ressources supplémentaires
- Une liste de gènes et de leurs protéines que les élèves pourraient connaitre avec leurs symboles a été établie avec Marie-Claude Blatter de l'ISB SIB à l'université de Genève peur donner des idées" .
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
Faire découvrir "éprouver" aux élèves que les gènes ne s'expriment pas partout.
- Prenant un exemple de protéine exprimée de manière très localisée dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on vérifier que l'insuline est produite principalement dans le pancréas ? (Chez la souris)
- On pourrait demander aux élèves de trouver où est exprimé le gène de l'insuline INS 2 ( il y a deux insulines chez la souris et le rat) -> solution ici
La localisation de l'hémoglobine
- Destinée a faire découvrir "éprouver" aux élèves que certaines protéines sont exprimée de manière très large dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on trouver où l'hémoglobine est produite ? (Chez l'embryon de souris)
- On choisit Hbb-b1 (symbole de l'hémoglobine bêta "hemoglobin, beta adult major chain")
- Solution [ici on trouve qu'elle est exprimée un peu partout dans l'embryon
La myosine : où y a-t-il déjà des muscles dans l'embryon ?
- Dans les deux exemples l'expression était presque unique ou quasi-partout. Un exemple qui contraste par son expression liée à un tissus mais à plusieurs endroits de l'organisme est la Myosine (codée Myh3) exprimée dans les cellules musculaires et représentative des fonctions contractiles.
- Destinée faire découvrir "éprouver" aux élèves que certaines protéine sont exprimées spécifiquement dans certains tissus dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on trouver où la myosine est produite ? (Chez l'embryon de souris)
- On choisit Myh3 ->solution
- On voit qu'elle est exprimée fortement dans de nombreux tissus comme la langue, le coeur, etc. Selon les coupes on distingue bien une expression différentielle.