Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D

Procédure

• Etapes préalables
  • Installer UCSF Chimera: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
  • Choisir une protéine pertinente (scénario 15 ici)

• Etape 1 Trouver la structure à partir de son code PDB-AC dans la banque de données PDB

• Etape 2 Télécharger la structure de la protéine (d'abord en format .pdb)
  • ‘Download Files’, choisir PDB Format’

• Etape 3 Ouvrir le fichier PDB dans UCSF Chimera
• Etape 4 Cacher les structures « internes » Menu ‘Actions’, choisir ‘Hide’-> Ribbon puis choisir ‘Hide’-> Atoms/Bonds
• Etape 5 Faire calculer la "surface" de la molécule Menu ‘Actions’ -> ‘Surface, choisir ‘show’ (plusieurs secondes d’attente... La surface est visible et peut être visualisée en 3D virtuelle à l'écran
  • Si un message d’erreur indiquant une surface trop complexe, apparaît Menu préférence -> new surface -> paramètre "Probe" réduire (p.ex 1) "Vertex" augmenter (p. ex. 2.5)
• Etapes optionnelles:
  • Pour supprimer une molécule utilisée pour la cristallisation Menu Select -> residue -> all non-standard Menu Action -> atoms/bonds / hide ou delete Select residue (nucleotides ou aminoacids) Action color -> choisir une couleur pour visualiser Action hide voir Eduardos_Guide_for_Printing_Proteins.pdf pour plus d’options

• Etape 6 : Exporter en .STL
  • Menu ‘File’ choisir ‘Export Scene’ et sélectionner type de fichier[.stl] Attention les fichiers peuvent être très gros (20-50MB souvent). Compresser Zip les réduit 2-5 fois !
• Etape 7
  • Copier le fichier .STL sur une clé USB ou un service de cloud

• Etape 8
  • Aller vers un geek ou un fablab et faire imprimer le fichier STL
    • (lui faire vérifier que l’impression est possible (ajustements probables, notamment pour étayer )
  • Le SEM propose l’accès à une imprimante 3D

Ressources

• Bio-Tremplins Des molécules en volume et en relief en classe ... impression 3D pour l'enseignement des sciences

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