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pour effectuer l'alignement Juan Montoya‐Burgos a sélectionné spécialement pour Jump-To-Science chez plusieurs espèces la séquences du gène qui code pour: ''Cilia and flagella associated protein 5''8. C'est un gène, qui ne possède qu'une copie par espèce (single copy gene), qui montre suffisamment de variation et qui n'est pas trop difficile à aligner. | |||
On trouve cette protéine CFA58 pour de nombreuses espèces sur [https://www.uniprot.org/uniprot/?query=cilia+name%3Aflagella+associated+58&sort=score Uniprot ici] , même chez l'humain [https://www.uniprot.org/uniprot/Q96G28 Q96G28] | |||
* Obtenir le [https://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/projets/experimental/sequences-poissons-V21/Cilia_associated_prot58_poissons.txt fichier texte ici] qui content les séquences non-alignées pour le requin (groupe externe) et quelques poissons, en format FASTA (Le code après le nom des espèces correspond à l'ID du gène dans la base de donnée [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ GenBank] | |||
* Les aligner sur UniProt pour observer le grand degré de similarité qui est visible dans l'image ci-contre et [https://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/projets/experimental/sequences-poissons-V21/Cilia_associated_prot58_poissons_align-similarity-46-339.jpg ici] | |||
Un fichier PDF montrant l'arbre que l'on obtient avec ce gène [[Gène qui code pour: Cilia and flagella associated protein 5|ici]] | |||
Il est intéressant de voir que les espèces Hippocampe et PoissonGlobe évoluent plus vite pour ce gène que les autres espèces).[https://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/projets/experimental/sequences-poissons-V21/Arbre_ML_Cilia_associated_prote58_poissons_align-PhyML_tree.jpg ici] | |||
== ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == | == ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == | ||
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== Concepts et Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | == Concepts et Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | ||
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Lemopoulos, A., & Montoya‐Burgos, J. I. (2021). From scales to armor : Scale losses and trunk bony plate gains in ray‐finned fishes. ''Evolution Letters'', evl3.219. https://doi.org/10.1002/evl3.219 | |||
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Version du 6 mai 2021 à 10:18
Etablir l'alignement et une phylogénie à partir de données authentiques d'une publication récente
Procédure
Afin d'Montoya‐Burgos (Lemopoulos & Montoya‐Brgos, 2021) a sélectionné quelques exemples de séquences du gène Cilia and flagella associated protein 58
pour effectuer l'alignement Juan Montoya‐Burgos a sélectionné spécialement pour Jump-To-Science chez plusieurs espèces la séquences du gène qui code pour: Cilia and flagella associated protein 58. C'est un gène, qui ne possède qu'une copie par espèce (single copy gene), qui montre suffisamment de variation et qui n'est pas trop difficile à aligner.
On trouve cette protéine CFA58 pour de nombreuses espèces sur Uniprot ici , même chez l'humain Q96G28
- Obtenir le fichier texte ici qui content les séquences non-alignées pour le requin (groupe externe) et quelques poissons, en format FASTA (Le code après le nom des espèces correspond à l'ID du gène dans la base de donnée GenBank
- Les aligner sur UniProt pour observer le grand degré de similarité qui est visible dans l'image ci-contre et ici
Un fichier PDF montrant l'arbre que l'on obtient avec ce gène ici
Il est intéressant de voir que les espèces Hippocampe et PoissonGlobe évoluent plus vite pour ce gène que les autres espèces).ici
Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
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Insertions possibles des activités de biologie numérique
Concepts et Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
Références
Lemopoulos, A., & Montoya‐Burgos, J. I. (2021). From scales to armor : Scale losses and trunk bony plate gains in ray‐finned fishes. Evolution Letters, evl3.219. https://doi.org/10.1002/evl3.219 Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement