« Trouver des séquences virales dans le génome humain » : différence entre les versions
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Les séquences d'ADN virales sont des vestiges de l'infection, datant de plusieurs millions d'années, des cellules germinales de nos ancêtres primates par des virus appelés 'rétrovirus'. La plupart de ces séquences sont inactives: elles ont subi des modifications les rendant incapables de coder pour la moindre protéine. | Les séquences d'ADN virales sont des vestiges de l'infection, datant de plusieurs millions d'années, des cellules germinales de nos ancêtres primates par des virus appelés 'rétrovirus'. La plupart de ces séquences sont inactives: elles ont subi des modifications les rendant incapables de coder pour la moindre protéine. | ||
Les faire trouver par les élèves peut les aider à éprouver l'ampleur des transferts horizontaux, la grande perméabilité de notre ADN à travers le temps, sur les mécanismes qui maintiennent l'unicité des espèces malgré les forces divergentes. | |||
Cela pourrait aussi fonder la discussion sur les effets possibles d’absorber des gènes étrangers dans le débat sur les OGM | |||
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* ''gag'' (code pour les protéines de la capsides du virus). | * ''gag'' (code pour les protéines de la capsides du virus). | ||
''Remarque'': il n'existe pas de nomenclature officielle pour ces séquences d'origine virale. Le résultat de | * chercher ces différents 'gènes' (devenus inactifs pour la plupart) dans le génome humain | ||
''Remarque'': il n'existe pas de nomenclature officielle pour ces séquences d'origine virale. Le résultat de la recherche n'est pas précis ni exhaustif, mais permettra d'éprouver que les vestiges de ces séquences virales sont répartis dans tout le génome humain, sur les différents chromosomes. | |||
'' | Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici] ''ntroduire le nom du gène que vous souhaitez localiser dans le génome humain (env, pol, ou gag...)'' | ||
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* Localisation des vestiges des gènes 'env' sur le génome humain: | * Localisation des vestiges des gènes 'env' sur le génome humain: GDV 'env' | ||
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== ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == | == ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == | ||
Version du 1 février 2021 à 17:26
Trouver des séquences virales dans le génome humain
Concept pédagogique
Notre ADN est truffé de séquences d'autres organismes (virus, bactéries, etc.) : essayons de voir !
L'analyse du génome humain a révélé, entre autres, que 8 à 10 % de la séquence du génome est d'origine virale ! ...alors que seulement ~1.5 % de la séquence du génome 'code' pour des protéines !
Les séquences d'ADN virales sont des vestiges de l'infection, datant de plusieurs millions d'années, des cellules germinales de nos ancêtres primates par des virus appelés 'rétrovirus'. La plupart de ces séquences sont inactives: elles ont subi des modifications les rendant incapables de coder pour la moindre protéine.
Les faire trouver par les élèves peut les aider à éprouver l'ampleur des transferts horizontaux, la grande perméabilité de notre ADN à travers le temps, sur les mécanismes qui maintiennent l'unicité des espèces malgré les forces divergentes.
Cela pourrait aussi fonder la discussion sur les effets possibles d’absorber des gènes étrangers dans le débat sur les OGM
Procédure
Localiser les séquences d'origine virale dans le génome humain
Les vestiges des génomes des rétrovirus endogènes peuvent contenir 3 gènes viraux typiques:
- env (code pour des protéines 'envelope' 'fusiogènes' permettant la fusion entre le virus et la cellule cible)
- pol (code pour une polymerase impliquée dans la réplication de l'ADN du virus)
- gag (code pour les protéines de la capsides du virus).
- chercher ces différents 'gènes' (devenus inactifs pour la plupart) dans le génome humain
Remarque: il n'existe pas de nomenclature officielle pour ces séquences d'origine virale. Le résultat de la recherche n'est pas précis ni exhaustif, mais permettra d'éprouver que les vestiges de ces séquences virales sont répartis dans tout le génome humain, sur les différents chromosomes.
Ouvrir Genome data Viewer GDV ici ntroduire le nom du gène que vous souhaitez localiser dans le génome humain (env, pol, ou gag...)
Résultats:
- Localisation des vestiges des gènes 'env' sur le génome humain: GDV 'env'
- Localisation des vestiges des gènes 'gag' sur le génome humain: Mapviewer 'gag'
- Localisation des vestiges des gènes 'pol' sur le génome humain: Mapviewer 'pol'