« Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D » : différence entre les versions
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* '''Etape préalable''' | |||
** Installez '''UCSF Chimera:''' http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html | |||
Choisir une protéine pertinente (lien ici) | |||
* '''Etape 1''' Trouver la structure à partir de son code PDB-AC [https://www.rcsb.org/ dans la banque de données PDB] | |||
* '''Etape 2''' Télécharger la structure de la protéine (d'abord en format .pdb) | |||
** ‘Download Files’, choisir PDB Format’ | |||
* '''Etape 3''' Ouvrir le fichier PDB dans UCSF Chimera | |||
* '''Etape 4''' Cacher les structures « internes » Menu ‘Actions’, choisir ‘Hide’-> Ribbon puis choisir ‘Hide’-> Atoms/Bonds | |||
* '''Etape 5''' Faire calculer la "surface" de la molécule Menu ‘Actions’ -> ‘Surface, choisir ‘show’ (plusieurs secondes d’attente... La surface est visible et peut être visualisée en 3D virtuelle à l'écran | |||
** Si un message d’erreur indiquant une surface trop complexe, apparaît Menu préférence -> new surface -> paramètre "Probe" réduire (p.ex 1) "Vertex" augmenter (p. ex. 2.5) | |||
* '''Etapes''' '''optionnelles''': | |||
** Pour supprimer une molécule utilisée pour la cristallisation Menu Select -> residue -> all non-standard Menu Action -> atoms/bonds / hide ou delete Select residue (nucleotides ou aminoacids) Action color -> choisir une couleur pour visualiser Action hide voir [https://nercomp.org/uploadFiles/31FB00000032.filename.Eduardos_Guide_for_Printing_Proteins.pdf Eduardos_Guide_for_Printing_Proteins.pdf pour plus d’options] | |||
* '''Etape 6 :''' Exporter en .STL | |||
** Menu ‘File’ choisir ‘Export Scene’ et sélectionner type de fichier[.stl] Attention les fichiers peuvent être très gros (20-50MB souvent). Compresser Zip les réduit 2-5 fois ! | |||
* '''Etape 7''' | |||
** Copier le fichier .STL sur une clé USB ou un service de cloud | |||
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** Aller vers un geek ou un fablab et faire imprimer le fichier STL | |||
*** (lui faire vérifier que l’impression est possible (ajustements probables, notamment pour étayer ) | |||
** Le SEM propose l’accès à une imprimante 3D | |||
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== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | == Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | ||
== Ressources == | |||
* [http://tecfa-bio-news.blogspot.ch/2017/07/bio-chi-des-molecules-en-volume-et-en.html Bio-Tremplins Des molécules en volume et en relief en classe ... impression 3D pour l'enseignement des sciences] | |||
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Version du 11 septembre 2020 à 16:09
Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D (fichier .STL)
Procédure
- Etape préalable
- Installez UCSF Chimera: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
Choisir une protéine pertinente (lien ici)
- Etape 1 Trouver la structure à partir de son code PDB-AC dans la banque de données PDB
- Etape 2 Télécharger la structure de la protéine (d'abord en format .pdb)
- ‘Download Files’, choisir PDB Format’
- Etape 3 Ouvrir le fichier PDB dans UCSF Chimera
- Etape 4 Cacher les structures « internes » Menu ‘Actions’, choisir ‘Hide’-> Ribbon puis choisir ‘Hide’-> Atoms/Bonds
- Etape 5 Faire calculer la "surface" de la molécule Menu ‘Actions’ -> ‘Surface, choisir ‘show’ (plusieurs secondes d’attente... La surface est visible et peut être visualisée en 3D virtuelle à l'écran
- Si un message d’erreur indiquant une surface trop complexe, apparaît Menu préférence -> new surface -> paramètre "Probe" réduire (p.ex 1) "Vertex" augmenter (p. ex. 2.5)
- Etapes optionnelles:
- Pour supprimer une molécule utilisée pour la cristallisation Menu Select -> residue -> all non-standard Menu Action -> atoms/bonds / hide ou delete Select residue (nucleotides ou aminoacids) Action color -> choisir une couleur pour visualiser Action hide voir Eduardos_Guide_for_Printing_Proteins.pdf pour plus d’options
- Etape 6 : Exporter en .STL
- Menu ‘File’ choisir ‘Export Scene’ et sélectionner type de fichier[.stl] Attention les fichiers peuvent être très gros (20-50MB souvent). Compresser Zip les réduit 2-5 fois !
- Etape 7
- Copier le fichier .STL sur une clé USB ou un service de cloud
- Etape 8
- Aller vers un geek ou un fablab et faire imprimer le fichier STL
- (lui faire vérifier que l’impression est possible (ajustements probables, notamment pour étayer )
- Le SEM propose l’accès à une imprimante 3D
- Aller vers un geek ou un fablab et faire imprimer le fichier STL