« Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante » : différence entre les versions
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|- Hémoglobine | |- Hémoglobine | ||
|Hemoglobine Humaine | |Hemoglobine Humaine | ||
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|L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | |L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | ||
|- Nucléosome | |- Nucléosome | ||
|Nucléosome ( humain) | |Nucléosome (humain) | ||
|H4_HUMAN | |H4_HUMAN | ||
|5b40 | |5b40 | ||
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|Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | |Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | ||
|- anthrax | |- anthrax | ||
| | |Anthrax | ||
|LEF_BACAN | |LEF_BACAN | ||
|1j7n | |1j7n | ||
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|[[Fichier:CFTR-sain-printed.jpg|alt=CFTR - forme normale - imprimée en 3d à partir de 5uak sur PDB |vignette|292x292px|CFTR - forme normale - imprimée en 3d à partir de 5uak sur PDB]] | |[[Fichier:CFTR-sain-printed.jpg|alt=CFTR - forme normale - imprimée en 3d à partir de 5uak sur PDB |vignette|292x292px|CFTR - forme normale - imprimée en 3d à partir de 5uak sur PDB]] | ||
|cf. Scénario pour trouver la mutation la plus fréquente [[9) Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)|la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)]] | |cf. Scénario pour trouver la mutation la plus fréquente [[9) Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)|la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)]] | ||
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|CRISPR-Cas9 | |||
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|5F9R | |||
|[[Fichier:Cas9-5F9R-crispr-model 3D.jpg|alt=Protéine Cas9 en 3D à partir de la structure 5F9R sur PDB avec fermeture éclair comme modèle de l'ADN et l'ARN guide |vignette|160x160px|Protéine Cas9 en 3D à partir de la structure 5F9R sur PDB avec fermeture éclair comme modèle de l'ADN et l'ARN guide ]] | |||
|La fermeture éclair de taille grossière se trouve en mercerie ou récupérer sur un habit / sac. | |||
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|Spike protein du virus SARS-Cov-2 | |||
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|5wrg | |||
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|Récepteur à l'acétycholine- | |||
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|[[Fichier:2bg9 acétycholine-Receptor.jpg|alt=Récepteur à l'acétycholine imprimé en 3D à partir de la structure 2bg9 sur PDB|vignette|208x208px|Récepteur à l'acétycholine imprimé en 3D à partir de la structure 2bg9 sur PDB]] | |||
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Version du 29 mai 2020 à 16:53
Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
Procédure
Trouver quelques protéines pertinentes à vos cours
A partir de :
- Poster MM PDB http://mm.rcsb.org/
- Sélection en rapport avec la santé http://pdb101.rcsb.org/browse/you-and-your-health
- Liste proposée au cours de formation continue PO 422 avec le SIB
Nom de la protéine ou du complexe | Lien vers UniProtKB/Swiss-Prot (section structure) | Lien vers l’entrée PDB (PDB AC) http://www.rcsb.org/3d- | Photo | Remarque | Fichier .STL prêt à imprimer |
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Hemoglobine Humaine | HBB_HUMAN HBA_HUMAN | 1a00
4hhb* 2hhb |
L’hémoglobine est constituée de 2 chaînes HBA et 2 chaînes HBB | ||
COX1 + aspirine COX1 + ibuprofen | PGH1_SHEEP | 1pth*
1eqg |
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Insuline Humaine | INS_HUMAN | 2hiu* 1ben | L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | ||
Nucléosome (humain) | H4_HUMAN | 5b40 | La structure 3D contient les histones H4, H2A, H2B, H3.2 + ADN | ||
Nucléosome (batracien) | 4_XENLA | 1aoi* | H4, H2B11, H33C, H2A1 + ADN | ||
Immuno-globuline IgG | GCAA_MOUSE IGH1M_MOUSE | 1igt* 1igy | |||
ATP Synthase | ATPB_BOVIN | 5ara* | Plusieurs sous-unités inclue ATP5B
Plus d’info : pdb101.rcsb.org/mot m/72 | ||
tRNA | N'est pas une protéine ! | 4tna | yeast tRNAPhe | ||
TP53 + DNA | P53_HUMAN | 3q06 | 393 aa : à l'heure de produire ce document aucune structure 3D ne couvre toute la séquence de la protéine | ||
RNA polymérase | RPAB4_YEAST | 2e2i* | Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | ||
Anthrax | LEF_BACAN | 1j7n | |||
Protéine fluorescente de méduse | GFP_AEQVI | 1gfl | Séquence et structure complètes (blue GFP)
Green GFP | ||
Répresseur opéron lactose | LACI_ECOLI | 1lbh | Multimère de la même chaîne | ||
CFTR
Protéine dont le défaut cause la mucoviscidose |
CFTR_HUMAN
P13569 |
5uak | cf. Scénario pour trouver la mutation la plus fréquente la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array) | ||
CRISPR-Cas9 | 5F9R | La fermeture éclair de taille grossière se trouve en mercerie ou récupérer sur un habit / sac. | |||
Spike protein du virus SARS-Cov-2 | 5wrg | ||||
Récepteur à l'acétycholine- | 2bg9 |
http://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/formcont/proteines-3D/exemples-pdb-to-stl/
Exemples de questions pour TP de biologie / pour s’en inspirer
- On dit parfois que la séquence d’acides aminés (a.a) détermine la fonction de la protéine. En quoi est-ce correct et en quoi cela est-il incomplet ?
- Comment la structure secondaire et tertiaire est-elle établie avec ce que vous avez pu voir jusqu’ici ? ( dans quels organites ? Comment ?)
- Peut-on actuellement prédire la forme que prendra une protéine à partir de sa séquence ?
- Comment détermine-t-on la forme que prend effectivement une protéine ?
- Comment la forme constatée détermine-t-elle l’activité de la protéine ?
- Comparez la séquence sur UniProtKB, puis la forme 3D pour diverses protéines:
- Insuline ( http://www.rcsb.org/structure/1ben )
- Immunoglobuline IgG ( http://www.rcsb.org/structure/1igy)
- Quelles parties de la forme de l’hormone, l’anticorps semble être en rapport avec leur fonction ?
- La forme détermine-t-elle seule la fonction ?
- Essayez de déterminer comment la forme d’un anticorps Ig détermine sa fonction ?
- Pour ces deux protéines, quelles parties de la protéine pourraient – à votre avis - changer un peu suite à une mutation sans gravement mettre en cause son fonctionnement et finalement réduire la fécondité de l'animal qui a ce génome-là ?
- Pour quelles autres parties un changement risque-t-il de nuire au fonctionnement de la protéine ?
- Idem pour l’histone? HIST1H4A
- Idem pour l’insuline INS
- Idem pour le récepteur à la mélanotropine MC1R
- Concluez sur le lien entre forme et fonction, les limites du modèle « clé- serrure »