« Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante » : différence entre les versions
Aller à la navigation
Aller à la recherche
m (corrigé tableau) |
m (ajouté des photos pour certaines protéines) |
||
Ligne 2 : | Ligne 2 : | ||
== Procédure == | == Procédure == | ||
Trouver quelques protéines pertinentes à vos cours | |||
A partir de : | |||
* Poster MM PDB http://mm.rcsb.org/ | |||
* Sélection en rapport avec la santé http://pdb101.rcsb.org/browse/you-and-your-health | |||
http://education.expasy.org/cours/PO422/PO422_Liste_3D.pdf | * Liste proposée au cours de formation continue PO 422 avec le SIB | ||
** http://education.expasy.org/cours/PO422/PO422_Liste_3D.pdf | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+ | |+ | ||
Ligne 17 : | Ligne 15 : | ||
!Lien vers UniProtKB/Swiss-Prot (section structure) | !Lien vers UniProtKB/Swiss-Prot (section structure) | ||
!Lien vers l’entrée PDB (PDB AC) [http://www.rcsb.org/3d-view/NXXX http://www.rcsb.org/3d-] | !Lien vers l’entrée PDB (PDB AC) [http://www.rcsb.org/3d-view/NXXX http://www.rcsb.org/3d-] | ||
!Photo | |||
!Remarque | !Remarque | ||
! | ! | ||
Ligne 26 : | Ligne 25 : | ||
2hhb | 2hhb | ||
| | |||
| L’hémoglobine est constituée de 2 chaînes HBA et 2 chaînes HBB | | L’hémoglobine est constituée de 2 chaînes HBA et 2 chaînes HBB | ||
|- COX1 + aspirine ibuprofen | |- COX1 + aspirine ibuprofen | ||
Ligne 32 : | Ligne 32 : | ||
|1pth* | |1pth* | ||
1eqg | 1eqg | ||
| | |||
| | | | ||
|- Insuline | |- Insuline | ||
Ligne 37 : | Ligne 38 : | ||
|INS_HUMAN | |INS_HUMAN | ||
|2hiu* 1ben | |2hiu* 1ben | ||
| | |||
|L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | |L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | ||
|- Nucléosome | |- Nucléosome | ||
Ligne 42 : | Ligne 44 : | ||
|H4_HUMAN | |H4_HUMAN | ||
|5b40 | |5b40 | ||
| | |||
|La structure 3D contient les histones H4, H2A, H2B, H3.2 + ADN | |La structure 3D contient les histones H4, H2A, H2B, H3.2 + ADN | ||
|- Nucléosome | |- Nucléosome | ||
Ligne 47 : | Ligne 50 : | ||
|4_XENLA | |4_XENLA | ||
|1aoi* | |1aoi* | ||
| | |||
|H4, H2B11, H33C, H2A1 + ADN | |H4, H2B11, H33C, H2A1 + ADN | ||
|- Immuno-globuline | |- Immuno-globuline | ||
Ligne 52 : | Ligne 56 : | ||
|GCAA_MOUSE IGH1M_MOUSE | |GCAA_MOUSE IGH1M_MOUSE | ||
|1igt* 1igy | |1igt* 1igy | ||
|[[Fichier:1igy-immunoglobuline.jpg|alt=Immunoglobuline G imprimée en 3D à partir de 1igy sur PDB|vignette|267x267px|Immunoglobuline G imprimée en 3D à partir de 1igy sur PDB]] | |||
| 1igy | | | 1igy | | ||
|- ATP synthase|ATPB_BOVIN | |- ATP synthase|ATPB_BOVIN | ||
Ligne 57 : | Ligne 62 : | ||
|ATPB_BOVIN | |ATPB_BOVIN | ||
| 5ara* | | 5ara* | ||
| | |||
|Plusieurs sous-unités inclue ATP5B | |Plusieurs sous-unités inclue ATP5B | ||
Ligne 64 : | Ligne 70 : | ||
|N'est pas une protéine ! | |N'est pas une protéine ! | ||
|4tna | |4tna | ||
|[[Fichier:TRNA-3D-on-poster PDB.jpg|alt=Impression 3D de l'ARNt Phe sur le poster de PDB|vignette|209x209px|Impression 3D de l'ARNt Phe sur le poster de PDB]] | |||
|yeast tRNAPhe | |yeast tRNAPhe | ||
|- TP53 + DNA | |- TP53 + DNA | ||
Ligne 69 : | Ligne 76 : | ||
|P53_HUMAN | |P53_HUMAN | ||
|3q06 | |3q06 | ||
| | |||
|393 aa : à l'heure de produire ce document aucune structure 3D ne couvre toute la séquence de la protéine | |393 aa : à l'heure de produire ce document aucune structure 3D ne couvre toute la séquence de la protéine | ||
|- RNA polymérase | |- RNA polymérase | ||
Ligne 74 : | Ligne 82 : | ||
|RPAB4_YEAST | |RPAB4_YEAST | ||
|2e2i* | |2e2i* | ||
| | |||
|Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | |Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | ||
|- anthrax | |- anthrax | ||
Ligne 79 : | Ligne 88 : | ||
|LEF_BACAN | |LEF_BACAN | ||
|1j7n | |1j7n | ||
| | |||
|- GFP | |- GFP | ||
|Protéine fluorescente de méduse | |Protéine fluorescente de méduse | ||
| 1bfp |GFP_AEQVI | | 1bfp |GFP_AEQVI | ||
|1gfl | |1gfl | ||
| | |||
|Séquence et structure complètes (blue GFP) | |Séquence et structure complètes (blue GFP) | ||
Green GFP | Green GFP | ||
Ligne 89 : | Ligne 100 : | ||
|LACI_ECOLI | |LACI_ECOLI | ||
|1lbh | |1lbh | ||
| | |||
|Multimère de la même chaîne | |Multimère de la même chaîne | ||
|- ajouter la votre | |- ajouter la votre | ||
| | |CFTR | ||
| | |||
| | Protéine dont le défaut cause la mucoviscidose | ||
| | |[https://www.uniprot.org/uniprot/P13569 CFTR_HUMAN] | ||
P13569 | |||
|5uak | |||
|[[Fichier:CFTR-sain-printed.jpg|alt=CFTR - forme normale - imprimée en 3d à partir de 5uak sur PDB |vignette|292x292px|CFTR - forme normale - imprimée en 3d à partir de 5uak sur PDB]] | |||
|cf. Scénario pour trouver la mutation la plus fréquente [[9) Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)|la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array)]] | |||
| | | | ||
|} | |} | ||
Ligne 105 : | Ligne 122 : | ||
* Comment la structure secondaire et tertiaire est-elle établie avec ce que vous avez pu voir jusqu’ici ? ( dans quels organites ? Comment ?) | * Comment la structure secondaire et tertiaire est-elle établie avec ce que vous avez pu voir jusqu’ici ? ( dans quels organites ? Comment ?) | ||
* Peut-on actuellement prédire la forme que prendra une protéine à partir de sa séquence ? | * Peut-on actuellement prédire la forme que prendra une protéine à partir de sa séquence ? | ||
Comment détermine-t-on la forme que prend effectivement une protéine ? Comment la forme constatée détermine-t-elle l’activité de la protéine ? Comparez la séquence sur UniProtKB, puis la forme 3D pour diverses protéines | |||
* Comment détermine-t-on la forme que prend effectivement une protéine ? | |||
* Comment la forme constatée détermine-t-elle l’activité de la protéine ? | |||
* Comparez la séquence sur UniProtKB, puis la forme 3D pour diverses protéines: | |||
** Insuline ( http://www.rcsb.org/structure/1ben ) | ** Insuline ( http://www.rcsb.org/structure/1ben ) | ||
** Immunoglobuline IgG ( http://www.rcsb.org/structure/1igy) | ** Immunoglobuline IgG ( http://www.rcsb.org/structure/1igy) | ||
* | * Quelles parties de la forme de l’hormone, l’anticorps semble être en rapport avec leur fonction ? | ||
* La forme détermine-t-elle seule la fonction ? | * La forme détermine-t-elle seule la fonction ? | ||
* Essayez de déterminer comment la forme d’un anticorps Ig détermine sa fonction ? | * Essayez de déterminer comment la forme d’un anticorps Ig détermine sa fonction ? | ||
* | * Pour ces deux protéines, quelles parties de la protéine pourraient – à votre avis - changer un peu suite à une mutation sans gravement mettre en cause son fonctionnement et finalement réduire la fécondité de l'animal qui a ce génome-là ? | ||
* Pour quelles autres parties un changement risque-t-il de nuire au fonctionnement de la protéine ? | |||
** Idem pour l’histone? HIST1H4A | ** Idem pour l’histone? HIST1H4A | ||
** Idem pour l’insuline INS | ** Idem pour l’insuline INS | ||
** Idem pour le récepteur à la mélanotropine MC1R | ** Idem pour le récepteur à la mélanotropine MC1R | ||
* Concluez sur le lien entre forme et fonction, les limites du modèle « clé- serrure » | |||
== ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == | == ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == |
Version du 19 mai 2020 à 11:28
Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
Procédure
Trouver quelques protéines pertinentes à vos cours
A partir de :
- Poster MM PDB http://mm.rcsb.org/
- Sélection en rapport avec la santé http://pdb101.rcsb.org/browse/you-and-your-health
- Liste proposée au cours de formation continue PO 422 avec le SIB
Nom de la protéine ou du complexe | Lien vers UniProtKB/Swiss-Prot (section structure) | Lien vers l’entrée PDB (PDB AC) http://www.rcsb.org/3d- | Photo | Remarque | |
---|---|---|---|---|---|
Hemoglobine Humaine | HBB_HUMAN HBA_HUMAN | 1a00
4hhb* 2hhb |
L’hémoglobine est constituée de 2 chaînes HBA et 2 chaînes HBB | ||
COX1 + aspirine COX1 + ibuprofen | PGH1_SHEEP | 1pth*
1eqg |
|||
Insuline Humaine | INS_HUMAN | 2hiu* 1ben | L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | ||
Nucléosome ( humain) | H4_HUMAN | 5b40 | La structure 3D contient les histones H4, H2A, H2B, H3.2 + ADN | ||
Nucléosome (batracien) | 4_XENLA | 1aoi* | H4, H2B11, H33C, H2A1 + ADN | ||
Immuno-globuline IgG | GCAA_MOUSE IGH1M_MOUSE | 1igt* 1igy | |||
ATP Synthase | ATPB_BOVIN | 5ara* | Plusieurs sous-unités inclue ATP5B
Plus d’info : pdb101.rcsb.org/mot m/72 | ||
tRNA | N'est pas une protéine ! | 4tna | yeast tRNAPhe | ||
TP53 + DNA | P53_HUMAN | 3q06 | 393 aa : à l'heure de produire ce document aucune structure 3D ne couvre toute la séquence de la protéine | ||
RNA polymérase | RPAB4_YEAST | 2e2i* | Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | ||
anthrax | LEF_BACAN | 1j7n | |||
Protéine fluorescente de méduse | GFP_AEQVI | 1gfl | Séquence et structure complètes (blue GFP)
Green GFP | ||
Répresseur opéron lactose | LACI_ECOLI | 1lbh | Multimère de la même chaîne | ||
CFTR
Protéine dont le défaut cause la mucoviscidose |
CFTR_HUMAN
P13569 |
5uak | cf. Scénario pour trouver la mutation la plus fréquente la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose) dans une puce à ADN (µ-array) |
http://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/formcont/proteines-3D/exemples-pdb-to-stl/
Exemples de questions pour TP de biologie / pour s’en inspirer
- On dit parfois que la séquence d’acides aminés (a.a) détermine la fonction de la protéine. En quoi est-ce correct et en quoi cela est-il incomplet ?
- Comment la structure secondaire et tertiaire est-elle établie avec ce que vous avez pu voir jusqu’ici ? ( dans quels organites ? Comment ?)
- Peut-on actuellement prédire la forme que prendra une protéine à partir de sa séquence ?
- Comment détermine-t-on la forme que prend effectivement une protéine ?
- Comment la forme constatée détermine-t-elle l’activité de la protéine ?
- Comparez la séquence sur UniProtKB, puis la forme 3D pour diverses protéines:
- Insuline ( http://www.rcsb.org/structure/1ben )
- Immunoglobuline IgG ( http://www.rcsb.org/structure/1igy)
- Quelles parties de la forme de l’hormone, l’anticorps semble être en rapport avec leur fonction ?
- La forme détermine-t-elle seule la fonction ?
- Essayez de déterminer comment la forme d’un anticorps Ig détermine sa fonction ?
- Pour ces deux protéines, quelles parties de la protéine pourraient – à votre avis - changer un peu suite à une mutation sans gravement mettre en cause son fonctionnement et finalement réduire la fécondité de l'animal qui a ce génome-là ?
- Pour quelles autres parties un changement risque-t-il de nuire au fonctionnement de la protéine ?
- Idem pour l’histone? HIST1H4A
- Idem pour l’insuline INS
- Idem pour le récepteur à la mélanotropine MC1R
- Concluez sur le lien entre forme et fonction, les limites du modèle « clé- serrure »