« Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante » : différence entre les versions
Aller à la navigation
Aller à la recherche
(tableau des protéines et structures) |
m (corrigé tableau) |
||
Ligne 19 : | Ligne 19 : | ||
!Remarque | !Remarque | ||
! | ! | ||
|-Hémoglobine | |- Hémoglobine | ||
|HBB_HUMAN HBA_HUMAN | |Hemoglobine Humaine | ||
|1a00 | |HBB_HUMAN HBA_HUMAN | ||
|1a00 | |||
4hhb* | |||
2hhb | |||
| L’hémoglobine est constituée de 2 chaînes HBA et 2 chaînes HBB | | L’hémoglobine est constituée de 2 chaînes HBA et 2 chaînes HBB | ||
|-COX1 + aspirine COX1 + ibuprofen | |- COX1 + aspirine ibuprofen | ||
|COX1 + aspirine COX1 + ibuprofen | |||
|PGH1_SHEEP | |PGH1_SHEEP | ||
|1pth* | |1pth* | ||
| | 1eqg | ||
|-Insuline | | | ||
|- Insuline | |||
|Insuline Humaine | |||
|INS_HUMAN | |INS_HUMAN | ||
|2hiu* 1ben | |2hiu* 1ben | ||
|L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | |L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | ||
|-Nucléosome | |- Nucléosome | ||
|Nucléosome ( humain) | |||
|H4_HUMAN | |H4_HUMAN | ||
|5b40 | |5b40 | ||
|La structure 3D contient les histones H4, H2A, H2B, H3.2 + ADN | |La structure 3D contient les histones H4, H2A, H2B, H3.2 + ADN | ||
|-Nucléosome | |- Nucléosome | ||
|Nucléosome (batracien) | |||
|4_XENLA | |4_XENLA | ||
|1aoi* | |1aoi* | ||
|H4, H2B11, H33C, H2A1 + ADN | |H4, H2B11, H33C, H2A1 + ADN | ||
|-Immuno-globuline | |- Immuno-globuline | ||
|IgG | |Immuno-globuline IgG | ||
|GCAA_MOUSE IGH1M_MOUSE | |GCAA_MOUSE IGH1M_MOUSE | ||
|1igt* | |1igt* 1igy | ||
|1igy| | | 1igy | | ||
|-ATP synthase|ATPB_BOVIN | |- ATP synthase|ATPB_BOVIN | ||
|5ara* | |ATP Synthase | ||
|Plusieurs sous-unités inclue ATP5B | |ATPB_BOVIN | ||
| 5ara* | |||
|-tRNA | |Plusieurs sous-unités inclue ATP5B | ||
| N'est pas une protéine ! | |||
Plus d’info : pdb101.rcsb.org/mot m/72 | |||
|- tRNA | |||
|tRNA | |||
|N'est pas une protéine ! | |||
|4tna | |4tna | ||
|yeast tRNAPhe | |yeast tRNAPhe | ||
|-TP53 + DNA | |- TP53 + DNA | ||
|TP53 + DNA | |||
|P53_HUMAN | |P53_HUMAN | ||
|3q06 | |3q06 | ||
|393 aa : à l'heure de produire ce document aucune structure 3D ne couvre toute la séquence de la protéine | |393 aa : à l'heure de produire ce document aucune structure 3D ne couvre toute la séquence de la protéine | ||
|-RNA polymérase | |- RNA polymérase | ||
|RNA polymérase | |||
|RPAB4_YEAST | |RPAB4_YEAST | ||
|2e2i* | |2e2i* | ||
|Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | |Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | ||
|-anthrax | |- anthrax | ||
|anthrax | |||
|LEF_BACAN | |LEF_BACAN | ||
|1j7n | |1j7n | ||
|- GFP | |||
|-GFP | |Protéine fluorescente de méduse | ||
| | | 1bfp |GFP_AEQVI | ||
|1bfp|1gfl | |1gfl | ||
|Séquence et structure complètes (blue GFP) | |Séquence et structure complètes (blue GFP) | ||
Green GFP | |||
|-Répresseur opéron lactose | |- Répresseur opéron lactose | ||
|Répresseur opéron lactose | |||
|LACI_ECOLI | |LACI_ECOLI | ||
|1lbh | |1lbh | ||
|Multimère de la même chaîne | |Multimère de la même chaîne | ||
|- ajouter la votre | |- ajouter la votre | ||
| | | |
Version du 19 mai 2020 à 10:45
Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
Procédure
Activité I : Trouver quelques protéines pertinentes à vos cours A partir de : • poster MM PDB http://mm.rcsb.org/
• en rapport avec la santé http://pdb101.rcsb.org/browse/you-and-your-health
• depuis Uniprot -> PDB http://education.expasy.org/cours/PO422/PO422_Liste_3D.pdf
Nom de la protéine ou du complexe | Lien vers UniProtKB/Swiss-Prot (section structure) | Lien vers l’entrée PDB (PDB AC) http://www.rcsb.org/3d- | Remarque | |
---|---|---|---|---|
Hemoglobine Humaine | HBB_HUMAN HBA_HUMAN | 1a00
4hhb* 2hhb |
L’hémoglobine est constituée de 2 chaînes HBA et 2 chaînes HBB | |
COX1 + aspirine COX1 + ibuprofen | PGH1_SHEEP | 1pth*
1eqg |
||
Insuline Humaine | INS_HUMAN | 2hiu* 1ben | L’insuline est constituée de 2 chaînes (chaîne A : 21 aa, chaîne B : 30 aa). Dans l’entrée 2hiu, la chaîne B ne fait que 29 aa... | |
Nucléosome ( humain) | H4_HUMAN | 5b40 | La structure 3D contient les histones H4, H2A, H2B, H3.2 + ADN | |
Nucléosome (batracien) | 4_XENLA | 1aoi* | H4, H2B11, H33C, H2A1 + ADN | |
Immuno-globuline IgG | GCAA_MOUSE IGH1M_MOUSE | 1igt* 1igy | ||
ATP Synthase | ATPB_BOVIN | 5ara* | Plusieurs sous-unités inclue ATP5B
Plus d’info : pdb101.rcsb.org/mot m/72 | |
tRNA | N'est pas une protéine ! | 4tna | yeast tRNAPhe | |
TP53 + DNA | P53_HUMAN | 3q06 | 393 aa : à l'heure de produire ce document aucune structure 3D ne couvre toute la séquence de la protéine | |
RNA polymérase | RPAB4_YEAST | 2e2i* | Plusieurs sous-unités + DNA + RNA | |
anthrax | LEF_BACAN | 1j7n | ||
Protéine fluorescente de méduse | GFP_AEQVI | 1gfl | Séquence et structure complètes (blue GFP)
Green GFP | |
Répresseur opéron lactose | LACI_ECOLI | 1lbh | Multimère de la même chaîne | |
http://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/formcont/proteines-3D/exemples-pdb-to-stl/
Exemples de questions pour TP de biologie / pour s’en inspirer
- On dit parfois que la séquence d’acides aminés (a.a) détermine la fonction de la protéine. En quoi est-ce correct et en quoi cela est-il incomplet ?
- Comment la structure secondaire et tertiaire est-elle établie avec ce que vous avez pu voir jusqu’ici ? ( dans quels organites ? Comment ?)
- Peut-on actuellement prédire la forme que prendra une protéine à partir de sa séquence ?
Comment détermine-t-on la forme que prend effectivement une protéine ? Comment la forme constatée détermine-t-elle l’activité de la protéine ? Comparez la séquence sur UniProtKB, puis la forme 3D pour diverses protéines
- Insuline ( http://www.rcsb.org/structure/1ben )
- Immunoglobuline IgG ( http://www.rcsb.org/structure/1igy)
- Quel lien peut-on voir entre la forme de l’hormone , l’anticorps et leur fonction ?
- La forme détermine-t-elle seule la fonction ?
- Essayez de déterminer comment la forme d’un anticorps Ig détermine sa fonction ?
- Quelles parties de la protéine pourraient – à votre avis - changer un peu suite à une mutation sans gravement mettre en cause son fonctionnement et finalement réduire la fécondité? Pour quelles autres un changement risque-t-il de nuire au fonctionnement de la protéine ?
- Idem pour l’histone? HIST1H4A
- Idem pour l’insuline INS
- Idem pour le récepteur à la mélanotropine MC1R
- Concluez sur le lien entre forme et fonction, les limites du modèle « clé- serrure »