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Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement
Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement
* Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents
* Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents
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=== 1) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est      repérable sur les chromosomes humains. ===
(Propositions EPO, INS, AMY1A, HIST1H4A, CFTR, GH1, MC1R, TP53,      ATP5F1A, AVPR1A, COL1A1, CYTB, OPN1LW, RHO , GULOP(pseudogène) )
Ouvrir Genome data Viewer GDV ici
Choisir l'espèce humaine, taper CFTR, le gène est affiché
cf les résultats d'une classe synthèse par un élève
La séquence du gène de quelques protéines        est repérable sur les chromosomes humains, on a pu le confirmer        grâce à Genome Data Viewer :
* Pour l’EPO : il se trouve sur le          chromosome 7, sur le bras long et approximativement au milieu          de celui-ci.
* Pour l’INS : il se situe sur le          chromosome 11, à l’extrémité distale du brin court, dans la          région 105.
* Pour l’AMY1A : on retrouve le gène AMY1A          sur le chromosome 1.
* Pour l’HIST1H4A : il est repérable sur          le chromosome 6,. sur le bras court.
* Pour CFTR : on le retrouve sur le          chromosome 7 chez l’homme ( et sur le chromosome 6 chez la          souris )
* Pour GH1 : Ce gène se situe sur le          chromosome 17, sur le long brin à l’extrémité.
* Pour MC1R : Il se trouve sur le          chromosome 16, à l’extrémité droite du gène.
* Pour GULOP ( pseudogène) : ce pseudogène          est repérable sur le chromosome 8, sur le bras court.


* Des protocoles-élèves
* Des protocoles-élèves
** 1) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains.
** 2) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est bien constituée de ATCG
** 3) Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes
** 4) Éprouver que certains gènes sont constituées d'Introns et d'Exons
** 5) la limite introns-exons n'est pas discernable aisément
** 6) Eprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
** 7) Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
*** 7b) Eprouver comment on pourrait choisir les sondes pour  déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de  la mucoviscidose)  dans une puce à ADN (µ-array)
**** Compléments possibles ou préalables  :
** 8) Eprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées
** 9) Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un  satellite  sur le chr 1
*** 9b) Variante  Former un schéma du gel pour  une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes
** 10) Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères
** Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
** Convertir la structure de la protéine en fichier  pour imprimante 3D(.STL)
* Des exemples de progressions possibles en articulant ces activités   
* Des exemples de progressions possibles en articulant ces activités   
* Des listes de  questions pour guider les activités et les évaluations
* Des listes de  questions pour guider les activités et les évaluations

Version du 4 mars 2020 à 15:44

Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement

  • Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents
  • Des protocoles-élèves
    • 1) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains.
    • 2) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est bien constituée de ATCG
    • 3) Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes
    • 4) Éprouver que certains gènes sont constituées d'Introns et d'Exons
    • 5) la limite introns-exons n'est pas discernable aisément
    • 6) Eprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
    • 7) Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
      • 7b) Eprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose)  dans une puce à ADN (µ-array)
        • Compléments possibles ou préalables  :
    • 8) Eprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées
    • 9) Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un satellite  sur le chr 1
      • 9b) Variante  Former un schéma du gel pour  une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes
    • 10) Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères
    • Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
    • Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D(.STL)
  • Des exemples de progressions possibles en articulant ces activités
  • Des listes de  questions pour guider les activités et les évaluations
  • Des fiches techniques pour les manipulations informatiques
  • Des Liste de protéines sélectionnées, de structures 3D prêtes à imprimer,
  • Une sélection de sites pour les enseignants