« Cahiers de Laboratoire Électroniques » : différence entre les versions

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==Introduction==
==Introduction==
===Qu'est-ce qu'un cahier de laboratoire électronique?===
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Les Cahiers de Laboratoire Électroniques (CLE) (ELN - Electronic laboratory notebook en anglais) sont des logiciels ayant pour but de remplacer les cahiers laboratoire papier, c’est-à-dire les “journaux” où les chercheurs prennent note des détailles de leurs expériences et leurs résultats pour laisser des traces concernantes leurs recherches. En gros, ce qu’avant l’on faisait en utilisant papier et crayon peut se faire dorénavant à travers des logiciels spécifiques, soit [https://fr.wikipedia.org/wiki/Logiciel_propri%C3%A9taire propiétaire] soit [https://fr.wikipedia.org/wiki/Open_source open source].
Les Cahiers de Laboratoire Électroniques (CLE) (ELN - Electronic laboratory notebook en anglais) sont des logiciels ayant pour but de remplacer les cahiers de laboratoire papier, c’est-à-dire les cahiers de notes où les chercheurs relèvent les détails de leurs expériences et de leurs résultats afin que leurs recherches soient facilement traçables et reproductibles. Ce qu’on faisait en utilisant papier et crayon peut se faire dorénavant à travers des logiciels spécifiques, soit [https://fr.wikipedia.org/wiki/Logiciel_propri%C3%A9taire propriétaires] soit [https://fr.wikipedia.org/wiki/Open_source open source].


Le but principal ne change pas. Il s’agit toujours de rendre une recherche accessible et réplicable dans toutes ses démarches. En revanche, ce qui a changé est le moyen de travail. L’innovation consiste à avoir créé des environnements numériques spécifiquement consacrés à stocker et archiver les données d’une étude en train d’être menée.
Le but principal ne change pas. Il s’agit toujours de rendre la recherche accessible et réplicable dans toutes ses démarches. En revanche, ce qui a changé est le moyen de travail. L’innovation consiste à la création d'environnements numériques spécifiquement consacrés à stocker et archiver les données d’une étude en train d’être menée.


Jusqu’à présent, dans la plupart des cas les cahiers de laboratoire sont utilisés par les scientifiques, les ingénieurs et les techniciens afin de documenter les recherches, les expériences et les procédures effectuées dans leurs laboratoires. Mais aussi dans la R&D du secteur privé. Depuis près d’une quinzaine d’années [https://numpedago.hypotheses.org/54 des cas sporadiques d’utilisation des cahiers digitales] dans l’enseignement supérieur ont été enregistrés.  
Jusqu’à présent, dans la plupart des cas les cahiers de laboratoire sont utilisés par les scientifiques, les ingénieurs et les techniciens afin de documenter les recherches, les expériences et les procédures effectuées dans leurs laboratoires. Mais aussi dans le secteur Recherche et Développement (R&D) du secteur privé. Depuis près d’une quinzaine d’années, des cas sporadiques<sup>[https://edutechwiki.unige.ch/fr/Cahiers_de_Laboratoire_%C3%89lectroniques#Ressources 2]</sup> d’utilisation de cahier digital ont été enregistrés dans l’enseignement supérieur.  


Aujourd’hui la quantité croissante de [https://fr.wikipedia.org/wiki/Donn%C3%A9es_de_la_recherche données de recherche] (research data ou [https://en.wikipedia.org/wiki/Data_collection data collection] en anglais) a fait énormément croître le recours à ces outils dans tous les domaines de la connaissance: qui ce soit le domaine scientifiques ou celui des sciences humaines et sociales.  
Aujourd’hui la quantité croissante de [https://fr.wikipedia.org/wiki/Donn%C3%A9es_de_la_recherche données de recherche] (research data ou [https://en.wikipedia.org/wiki/Data_collection data collection] en anglais) a fait énormément croître le recours à ces outils dans tous les domaines de la connaissance: que ce soit le domaine scientifique ou celui des sciences humaines et sociales. En effet les quantités de données augmentant, ces outils simplifient grandement la gestion de ces données.
 
Ces cahiers revêtent même un aspect légal : un cahier de laboratoire est en effet souvent maintenu pour être un document légal et peut être utilisé dans un tribunal comme preuve en cas de besoin. À l'instar du carnet d'un inventeur, le cahier de notes digital pourrait servir d’appui aussi pour les poursuites en matière de brevets et les litiges de propriété intellectuelle.


Le secteur juridique y fait également recours : un cahier de laboratoire est en effet souvent maintenu pour être un document légal et peut être utilisé dans un tribunal comme preuve en cas de besoin. À l'instar d’un carnet d'un inventeur, le cahier des notes digitale pourrait servir d’appui aussi pour les poursuites en matière de brevets et les litiges de propriété intellectuelle.
==Les objectifs principaux==
==Les objectifs principaux==
Un CLE garantit un système de gestion et de protection des données d’une recherche. Il fournit aussi une flexibilité organisationnelle permettant d’apporter des changements au fur et à mesure que la recherche se poursuit.  
Un CLE garantit un système de gestion et de protection des données d’une recherche. Il fournit aussi une flexibilité organisationnelle permettant d’apporter des changements au fur et à mesure que la recherche se poursuit.  


Il est généralement préférable de ne pas avoir des architectures trop rigides d’utilisation ou, encore pire, fixes et impossible à modifier sur la base d’exigences spécifiques. En plus, la possibilité de partager les données serait aussi appréciable dans certaines projets de recherche collaboratifs nécessitant, à terme,  des conditions de partage.  
Les CLEs étant utiles dans de nombreux domaines, beaucoup de logiciel sont spécifiques pour un domaine donné. Il existe cependant des logiciels modulables et adaptables aux exigences spécifiques des utilisateurs. De plus, la plupart des CLEs offrent la possibilité de partager les données entre utilisateur. Une fonctionnalité appréciable dans certains projets de recherche collaboratifs nécessitant, à terme,  des conditions de partage.  


Mais il est vrai que ces objectifs généraux créent à la fois des simplifications des processus d’investigation et des barrières difficilement surmontables selon les domaines, voir sujets de recherche. Voilà pourquoi il y a une prolifération d’outils, soit propriétaires, soit open-source. Les premiers visent à s’adapter à des exigences particulières. Les deuxièmes ont libre accès, mais ils sont plus génériques.  
Suivant le CLE utilisé, ses spécificité peuvent à la fois créer des simplifications de processus, ou des barrières difficilement surmontables suivant le domaine, voir même suivant le sujet de recherche. Voilà pourquoi il y a une multiplication d’outils, soit propriétaires, soit open-source.  
 
En tenant compte de ces principes nous discuterons ci-dessous des avantages et inconvénients liés à l’utilisation des cahiers de laboratoire électroniques.


En tenant compte de ce principe nous cherchons à évaluer ci-dessous les avantages et inconvénients liés à l’utilisation des cahiers de laboratoire électroniques.
==Avantages==
==Avantages==
Un environnement numérique consacré à sauvegarder les données d’une recherche a l’avantage d’augmenter la traçabilité des données, de pouvoir remonter au database et encore de permettre de manipuler les métadonnées de la recherche. Il ouvre la porte à des fonctions de recherche textuelle beaucoup plus rapides et avancées. Mais surtout, il simplifie le processus d’entrée des données en variant l’éventail des supports informatifs à insérer (images, films, séquences techniques, etc).  
Un environnement numérique consacré à sauvegarder les données d’une recherche a l’avantage
* d’augmenter la traçabilité des données  
 
* de pouvoir remonter facilement à la base de données 
* de permettre de manipuler les métadonnées de la recherche.  
Il ouvre non seulement la porte à des fonctions de recherche textuelle beaucoup plus rapides et avancées, mais simplifie aussi le processus d’inscription des données en variant l’éventail des supports informatifs à insérer (images, films, séquences techniques, etc).  


Enfin, il augmente énormément la transparence de la recherche et le niveau de responsabilité des chercheurs qui doivent se préoccuper aussi de documenter leurs études afin de les rendre ouvertes, accessibles et reproductibles aux yeux des communautés scientifique et académique: un CLE permet par exemple de collecter les données directement depuis les équipements de laboratoire, sans sortir de l’environnement de recherche et des outils qu’y sont consacrés.
Les CLEs permettent également 
* d'améliorer la transparence de la recherche  
* d'améliorer le niveau de responsabilité des chercheurs  
* d'identifier les connaissances pré-existantes à un contrat et celles développées pendant
En effet, les chercheurs doivent se préoccuper de documenter leurs études afin de les rendre ouvertes, accessibles et reproductibles aux yeux des communautés scientifiques et académiques: un CLE permet par exemple de collecter les données directement depuis les équipements de laboratoire, sans sortir de l’environnement de recherche et des outils qui y sont consacrés.
==Inconvénients==
==Inconvénients==
La gestion d’un CLE peut créer aussi certaines difficultés au chercheur proprement engagé dans la recherche mais aussi aux personnes qui doivent avoir accès aux données. D’abord l’utilisation d’un cahier de laboratoire électronique est plus compliqué que celle d’un cahier papier car elle implique l’installation d’un logiciel plus ou moins difficile à gérer selon les cas. Cela signifie que des compétences informatiques pourraient être demandées aux chercheurs, mais il n’est pas toujours sûr qu’ils en disposent. Notons ici que ces logiciels ne s’installent pas aussi simplement que n’importe quel autre programme informatique. La plupart d’entre eux demande une installation sur un serveur externe afin de pouvoir accéder aux données sécurisées n’importe où à travers le monde. Certains CLE cependant peuvent être utilisés via un navigateur internet standard ([https://scinote.net/ sciNote]). Mais en tout cas, l’installation de ces logiciels sont généralement plutôt exigeantes: il faut d’abord préparer l’ordinateur à accueillir ce genre de programmes.  
La gestion d’un CLE peut créer certaines difficultés non seulement au chercheur proprement engagé dans la recherche, mais aussi aux personnes qui doivent avoir accès aux données. D’abord l’utilisation d’un cahier de laboratoire électronique est plus compliqué que celle d’un cahier papier car elle implique l’installation d’un logiciel plus ou moins difficile à gérer selon les cas. Cela signifie que des compétences informatiques peuvent être requises de la part des chercheurs, alors qu'il n’est pas toujours sûr qu’ils en disposent. Notons ici que ces logiciels ne s’installent pas aussi simplement que n’importe quel autre programme informatique. La plupart d’entre eux demandent une installation sur un serveur externe afin de pouvoir accéder aux données sécurisées n’importe où à travers le monde. Certains CLEs cependant peuvent être utilisés via un navigateur internet standard ([https://scinote.net/ sciNote]). Mais en tout cas, l’installation de ces logiciels est généralement plutôt exigeante: il faut d’abord préparer l’ordinateur à accueillir ce genre de programmes.  


Plus en général, la gestion électronique risque d’être trop standardisée : l'insertion des données dans des architectures rigides difficiles à adapter aux exigences spécifiques de certaines recherches peut poser problème.  
Plus généralement, la gestion électronique pourrait être perçue comme trop standardisée : l'insertion des données dans des architectures rigides difficiles à adapter aux exigences spécifiques de certaines recherches pourrait poser problème.  


Sur le plan financier par contre, dans les cas de logiciels propriétaires, l’achat peut poser des problèmes de coûts et d’investissements.
Sur le plan financier par contre, dans les cas de logiciels propriétaires, l’achat peut poser des problèmes de coûts et d’investissements.


Finalement la gestion partagée d’un CLE peut créer des problèmes au niveau de définition des droits et restrictions d’accès et aussi au niveau de gestion des droits d’auteur. Un dernier inconvénient est celui du stockage à long terme des données. En effet, les recherches scientifiques de nos jours amassent une énorme quantité de données. Ce pourquoi, avant d’utiliser un CLE, il faut prendre en compte la capacité de stockages des machines et ordinateurs utilisés.
La gestion partagée d’un CLE peut créer des problèmes au niveau de la définition des droits et des restrictions d’accès et aussi au niveau de la gestion des droits d’auteur. Un dernier inconvénient est celui du stockage à long terme des données. En effet, les recherches scientifiques de nos jours amassent une telle quantité de données qu'il est parfois difficile de trouver de la place mémoire pour stocker ces dernières. C'est pourquoi, avant d’utiliser un CLE, il faut prendre en compte la capacité de stockages des machines et ordinateurs utilisés.
 
Il se pose aussi la question de l'archivage des données et l'intégrité de celles-ci dans le temps. Cela peut s'avérer complexe voir impossible selon le format employé et la maintenance des logiciels par leurs créateurs. Il existe un risque de pertes données si ces derniers ne mettent plus les moyens de garder les données.
 
La gestion de la sécurité des données est, quant à elle, partagée entre les développeurs du logiciel (gestion de la base de données, stockage sur les serveurs,...) et les chercheurs (contrôles des accès, gestion des droits,...). Toutefois, est-ce que toutes les structures de recherches sont-elles prêtes à prendre en compte ces aspects ?
 
==Évaluation technique des logiciels open source==
==Évaluation technique des logiciels open source==
[[Fichier:2-editxp-b.jpg|vignette|droite|eLabFTW ]]
Selon la [https://www.limswiki.org/index.php/Electronic_laboratory_notebook classification proposée par LIMSWiki] les caractéristiques modernes incluent, mais ne sont pas limitées à:
Selon la [https://www.limswiki.org/index.php/Electronic_laboratory_notebook classification proposée par LIMSWiki] les caractéristiques modernes incluent, mais ne sont pas limitées à:
* l’importation de données déjà capturées ailleurs;
* l’importation de données déjà capturées ailleurs;
* l’enregistrement direct des données sous différentes formes comme du texte, des images et des tableaux;
* l’enregistrement direct des données sous différentes formes comme du texte, des images et des tableaux;
* la possibilité de rechercher et réutiliser des informations documentées;
* la possibilité de rechercher et de réutiliser des informations documentées;
* le prêt de structure à des données et informations par l'utilisation de modèles préformatés ou personnalisables qui incluent une gamme de types de champs;
* le prêt de structure à des données et informations par l'utilisation de modèles préformatés ou personnalisables qui incluent une gamme de types de champs;
* la création de liens entre les enregistrements, y compris les gestionnaires de référence et autres cahiers;
* la création de liens entre les enregistrements, y compris les gestionnaires de référence et autres cahiers;
* le stockage d'enregistrements entièrement interrogeables dans un format de base de données sécurisé, avec sauvegarde automatique;
* le stockage d'enregistrements entièrement interrogeables dans un format de base de données sécurisé, avec sauvegarde automatique;
[[Fichier:11-showxp.jpg|vignette|gauche|eLabFTW screenshot]]
* l’inclusion d'un système de messagerie pour une meilleure collaboration;
* l’inclusion d'un système de messagerie pour une meilleure collaboration;
* l’inclusion de données de sécurité, y compris des drapeaux pour les produits chimiques dangereux;
* l’inclusion de données de sécurité, y compris des drapeaux pour les produits chimiques dangereux;
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* la configuration des exigences de qualification.
* la configuration des exigences de qualification.


Nous avons listé les 11 CLEs selon les [https://www.limswiki.org/index.php/ELN_feature#Label_support critères techniques] suivants:
===Informations générales===
===Informations générales===
Nous précisons que nous avons listé les 11 CLEs open-source selon les [https://www.limswiki.org/index.php/ELN_feature#Label_support critères techniques] expliqués dans la source LIMSWiki ici citée et mise à disposition pour savoir dans les détails en quoi ils consistent:
{| class="wikitable sortable"
|-
! Lien LIMSwiki !! Site web !! Tutoriels vidéos !! Licence !! Système d'exploitation !! Exigences matérielles/logicielles
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Chemotion_ELN Chemotion ELN] || [https://chemotion.net/ Site] [https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs13321-017-0240-0/MediaObjects/13321_2017_240_MOESM1_ESM.pdf Documentation] || - || GNU Affero General Public License v3.0 || Plate-forme indépendante || Docker et docker-compose
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/ELabFTW eLabFTW] || [https://www.elabftw.net/ Site] [https://elabftw.readthedocs.io/en/latest/ Documentation] || [https://www.youtube.com/watch?v=K8CbQl7H5WA Seulement un tutoriel d'installation] || GNU Affero General Public License v3.0 || Cross-plateforme || Minimum hardware: 2 Go RAM, 1 GHz processeur, et 1 Go d'espace disque est le strict minimum.
Logiciels requis: Docker et docker-compose.
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Eln eln] || [http://www.danielwagenaar.net/eln.html Site] || - || GNU General Public License v3.0 || Cross-plateforme || Aucune exigence d'installation particulière est nécessaire pour eln
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Indigo_ELN Indigo ELN] || [http://lifescience.opensource.epam.com/indigo/eln/index.html Site] || - || GNU General Public License v3.0 || Cross-plateforme ||
# Oracle database 11 R2 ou plus grand
# Oracle Text (anciennement (ConText))
# Bingo RDBMS cartouche de données
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Jupyter_Notebook Jupyter Notebook] || [http://jupyter.org/ Site] [http://jupyter.readthedocs.io/en/latest/index.html Documentation] || Quelques vidéo explicatives sur [https://www.youtube.com/results?search_query=Jupyter+Notebook YouTube] || License revisité BSD || Cross-plateforme || Python 3.3 ou plus grand
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/LabTrove LabTrove] || [http://www.labtrove.org/ Site] [http://docs.labtrove.org/2.3/lt/Main_Page Documentation] || - || BSD 3-Clause License || Cross-plateforme ||
# Apache 2 Web Server on Debian
# MySQL Server
# ImageMagick, ZIP
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Open_enventory Open enventory] || [http://www.chemie.uni-kl.de/index.php?id=653 Site] || - || Affero GNU Public License || Cross-plateforme ||
# Serveur Web Apache en cours d'exécution PHP5
# MySQL database
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenBIS OpenBIS] || [https://labnotebook.ch/ Site] [https://labnotebook.ch/index.php/documentation/#documentation Documentation] || - || Apache Software License v2.0 || Linux or Mac OS X ||
# Linux et Mac OS X système opérateur
# PostgreSQL 9.1 ou plus grand
# Java 1.6 ou plus grand
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenLabFramework OpenLabFramework] || [https://github.com/NanoCAN/OpenLabFramework Site] || - || GNU Public License v3.0 || Plate-forme indépendante ||
# Linux et Mac OS X
# PostgreSQL 9.1 ou plus grand
# Java 1.6 ou plus grand
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/SciNote sciNote] || [http://scinote.net/ Site] || Sur le [https://scinote.net/tutorials/ site officiel] || Mozilla Public License Version 2.0 || Cross-plateforme || Docker et [https://www.limswiki.org/index.php/Ruby_on_Rails Ruby on Rails]
|}
===Fonctionnalités de base===
===Fonctionnalités de base===
{| class="wikitable sortable"
|-
! Lien LIMSwiki !! Modulaire !! L'intégration de l'appareil mobile !! Web-based front-end !! Gestion d'administration !! Champ de recherche !! Intégration d'instrument
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Chemotion_ELN Chemotion ELN] || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/ELabFTW eLabFTW] || Oui || Non (un design web réactif seulement pour mobile) || Oui || Oui || Oui || Oui , via REST API
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Eln eln] || Non précisé || Oui || Oui || Non précisé || Oui || Non précisé
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Indigo_ELN Indigo ELN] || Non précisé || Non || Oui || Oui || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Jupyter_Notebook Jupyter Notebook] || Non || Non || Oui || Oui || Oui || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/LabTrove LabTrove] || Non || Non || Oui || Oui || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Open_enventory Open enventory] || Non || Non || Oui || Non précisé || Oui || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenBIS OpenBIS] || Non || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenLabFramework OpenLabFramework] || Oui || Oui (limité à une recherche rapide d’infos) || Oui || Oui || Oui || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/SciNote sciNote] || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Non précisé
|}
===Expérience, collaboration et gestion de données===
===Expérience, collaboration et gestion de données===
{| class="wikitable sortable"
|-
! Lien LIMSwiki !! Gestion de documents !! Gestion d'inventaire !! Gestion des tâches !! Commenter !! Partage de données !! Templating !! Possibilité de requête
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Chemotion_ELN Chemotion ELN] || Oui || Oui || Oui || Non || Oui || Non || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/ELabFTW eLabFTW] || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Eln eln] || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Oui || Non précisé || Non précisé
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Indigo_ELN Indigo ELN] || Oui || Oui || Oui || Non précisé || Oui || Non précisé || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Jupyter_Notebook Jupyter Notebook] || Oui || Non || Non || Non || Oui || Oui || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/LabTrove LabTrove] || Oui || Oui || Non || Oui || Oui || Oui || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Open_enventory Open enventory] || Oui || Oui || Non || Non || Non || Non précisé || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenBIS OpenBIS] || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenLabFramework OpenLabFramework] || Oui || Oui || Oui || Non précisé || Non || Non || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/SciNote sciNote] || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui || Oui
|}
===Reporting, impression, code barres===
===Reporting, impression, code barres===
{| class="wikitable sortable"
|-
! Lien LIMSwiki !! Importation de données !! Type de fichiers exportés !! Support codes à barres !! Support QR !! Rapport de support !! Label support !! Analyse des données !! Qualité, sécurité, conformité
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Chemotion_ELN Chemotion ELN] || .xsls, .sdf || .xsls, .sdf || Oui || Oui || Non || Non || Non || -
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/ELabFTW eLabFTW] || .csv, .elabftw.zip || .pdf, .csv, .zip, json (via API) || Non || Non || Non || Non || Non || Time-Stamp Protocol (TSP); Version control; Secured
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Eln eln] || Non précisé || .pdf || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Contrôle de version
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Indigo_ELN Indigo ELN] || Oui || Oui || Non || Oui || Oui || Non || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Jupyter_Notebook Jupyter Notebook] || No || .pdf, .html, .LaTeX, .png, .svg || Non || Non || Non || Non || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/LabTrove LabTrove] || Oui || xml, png || Non || Oui || Non || Oui || Non || Non précisé
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Open_enventory Open enventory] || Oui || Non précisé || Oui || Non || Non || Oui || Non || Non précisé
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenBIS OpenBIS] || Oui || .xsls || Non || Non || Oui || Non précisé || Non précisé || Gestion SOP
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenLabFramework OpenLabFramework] || Non || .csv, .excel, .ods, .pdf, .rtf, .xml || Oui || Non || Oui || Oui || Oui || Oui, Spring Security Framework
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/SciNote sciNote] || Oui || custom pdf, .xsls || Oui || Non || Oui || Non || Non || Audit trail
|}
===Autres fonctionnalités===
===Autres fonctionnalités===
{| class="wikitable sortable"
|-
! Lien LIMSwiki !! Langues !! Secteurs d'activité !! Traitement automatisé activé par une API !! Fil RSS, tags !! Langages de programmation !! Base de données personnalisable !! Planificateur !! Outils de dessin !! Intégration du Big Data
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Chemotion_ELN Chemotion ELN] || Non précisé || Institut de technologie de Karlsruh, laboratoires de chimie || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Oui || Oui || Non précisé
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/ELabFTW eLabFTW] || Plusieurs || Universités mondiales: Cardiff, Uppsala, Washington, Institut indien des sciences, Koweït, Helsinki, Hanovre, etc. Tout type de laboratoires: chimie, biologie, physique, astronomie || Oui || Oui || PHP, Javascript, JSON, YAML, MySQL || Oui || Oui || Oui || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Eln eln] || Non précisé || Non précisé || Non précisé || Non précisé || C++ || Partiellement || Non précisé || Non précisé || Non précisé
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Indigo_ELN Indigo ELN] || Non précisé || Laboratoires de chimie  || Oui || Non || Javascript || Non || Oui || Oui, Intégration avec l'outil de dessin chimique [http://lifescience.opensource.epam.com/ketcher/ Ketcher] de EPAM || Oui, à partir des services de Pfizer, Protein Bank, d'une URL ou d'un fichier local
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Jupyter_Notebook Jupyter Notebook] || Plusieurs || Support interactif pour les données provenant de la sciences et de l'informatique scientifique au travers de tous les langages de programmation || Oui || Non || Plusieurs, tous basés sur JSON || Oui || Non || Non || Oui
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/LabTrove LabTrove] || Non précisé || Université de Southampton, université de Reading || Oui || Oui || Javascript || Non || Non || Non || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/Open_enventory Open enventory] || Non précisé || Laboratoires de science moléculaire et de chimie || Non || Non || PHP/MySQl et Javascript || Non || Non || Non || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenBIS OpenBIS] || Plusieurs || Projets de recherche de SystemsX.ch; consortiums de recherche financés par l'Union européenne || Oui || Non || Java-script || Non précisé || Oui || Non || Non précisé
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/OpenLabFramework OpenLabFramework] || Non précisé || Université du Danemark du Sud || Oui || Non || Javascript et Ajax || Non || Non || Non || Non
|-
| [https://www.limswiki.org/index.php/SciNote sciNote] || Non précisé || Biotechnologie, recherche clinique, général || En cours de développement || Non || Ruby on Rails 4.2.3. || Non || Non || Non || Non
|}
== Ressources ==
# El Kharroubi, I. et Kabbaj Touita, A. (2007). Les propositions des bonnes pratiques d'exploitation du Cahier de Laboratoire. Repéré à http://www.utc.fr/~mastermq/public/publications/qualite_et_management/MQ_M2/2006-2007/projets/cahier_labo/cahier_labo.html <br>
# Cisel, M. (2016, 30 septembre). Cahiers de laboratoire électroniques: un outil pour l’enseignement des sciences [Billet de blogue]. Repéré à https://numpedago.hypotheses.org/54 <br>
# Robyr, J. (2014). Les enjeux du cahier de laboratoire (électronique?). Repéré à https://actu.epfl.ch/news/les-enjeux-du-cahier-de-laboratoire-electronique/ <br>
# Electronic laboratory notebook classification. (s. d.). Dans LIMSWiki. Repéré le 20 novembre 2017 à https://www.limswiki.org/index.php/Electronic_laboratory_notebook
# Electronic Lab notebook. (s. d.). Dans Wikipédia, l'encyclopédie libre. Repéré le 20 novembre 2017 à https://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook<br>

Dernière version du 20 février 2019 à 23:15

Introduction

Scinote screenshot

Les Cahiers de Laboratoire Électroniques (CLE) (ELN - Electronic laboratory notebook en anglais) sont des logiciels ayant pour but de remplacer les cahiers de laboratoire papier, c’est-à-dire les cahiers de notes où les chercheurs relèvent les détails de leurs expériences et de leurs résultats afin que leurs recherches soient facilement traçables et reproductibles. Ce qu’on faisait en utilisant papier et crayon peut se faire dorénavant à travers des logiciels spécifiques, soit propriétaires soit open source.

Le but principal ne change pas. Il s’agit toujours de rendre la recherche accessible et réplicable dans toutes ses démarches. En revanche, ce qui a changé est le moyen de travail. L’innovation consiste à la création d'environnements numériques spécifiquement consacrés à stocker et archiver les données d’une étude en train d’être menée.

Jusqu’à présent, dans la plupart des cas les cahiers de laboratoire sont utilisés par les scientifiques, les ingénieurs et les techniciens afin de documenter les recherches, les expériences et les procédures effectuées dans leurs laboratoires. Mais aussi dans le secteur Recherche et Développement (R&D) du secteur privé. Depuis près d’une quinzaine d’années, des cas sporadiques2 d’utilisation de cahier digital ont été enregistrés dans l’enseignement supérieur.

Aujourd’hui la quantité croissante de données de recherche (research data ou data collection en anglais) a fait énormément croître le recours à ces outils dans tous les domaines de la connaissance: que ce soit le domaine scientifique ou celui des sciences humaines et sociales. En effet les quantités de données augmentant, ces outils simplifient grandement la gestion de ces données.

Ces cahiers revêtent même un aspect légal : un cahier de laboratoire est en effet souvent maintenu pour être un document légal et peut être utilisé dans un tribunal comme preuve en cas de besoin. À l'instar du carnet d'un inventeur, le cahier de notes digital pourrait servir d’appui aussi pour les poursuites en matière de brevets et les litiges de propriété intellectuelle.

Les objectifs principaux

Un CLE garantit un système de gestion et de protection des données d’une recherche. Il fournit aussi une flexibilité organisationnelle permettant d’apporter des changements au fur et à mesure que la recherche se poursuit.

Les CLEs étant utiles dans de nombreux domaines, beaucoup de logiciel sont spécifiques pour un domaine donné. Il existe cependant des logiciels modulables et adaptables aux exigences spécifiques des utilisateurs. De plus, la plupart des CLEs offrent la possibilité de partager les données entre utilisateur. Une fonctionnalité appréciable dans certains projets de recherche collaboratifs nécessitant, à terme, des conditions de partage.

Suivant le CLE utilisé, ses spécificité peuvent à la fois créer des simplifications de processus, ou des barrières difficilement surmontables suivant le domaine, voir même suivant le sujet de recherche. Voilà pourquoi il y a une multiplication d’outils, soit propriétaires, soit open-source.

En tenant compte de ces principes nous discuterons ci-dessous des avantages et inconvénients liés à l’utilisation des cahiers de laboratoire électroniques.

Avantages

Un environnement numérique consacré à sauvegarder les données d’une recherche a l’avantage

  • d’augmenter la traçabilité des données
  • de pouvoir remonter facilement à la base de données
  • de permettre de manipuler les métadonnées de la recherche.

Il ouvre non seulement la porte à des fonctions de recherche textuelle beaucoup plus rapides et avancées, mais simplifie aussi le processus d’inscription des données en variant l’éventail des supports informatifs à insérer (images, films, séquences techniques, etc).

Les CLEs permettent également

  • d'améliorer la transparence de la recherche
  • d'améliorer le niveau de responsabilité des chercheurs
  • d'identifier les connaissances pré-existantes à un contrat et celles développées pendant

En effet, les chercheurs doivent se préoccuper de documenter leurs études afin de les rendre ouvertes, accessibles et reproductibles aux yeux des communautés scientifiques et académiques: un CLE permet par exemple de collecter les données directement depuis les équipements de laboratoire, sans sortir de l’environnement de recherche et des outils qui y sont consacrés.

Inconvénients

La gestion d’un CLE peut créer certaines difficultés non seulement au chercheur proprement engagé dans la recherche, mais aussi aux personnes qui doivent avoir accès aux données. D’abord l’utilisation d’un cahier de laboratoire électronique est plus compliqué que celle d’un cahier papier car elle implique l’installation d’un logiciel plus ou moins difficile à gérer selon les cas. Cela signifie que des compétences informatiques peuvent être requises de la part des chercheurs, alors qu'il n’est pas toujours sûr qu’ils en disposent. Notons ici que ces logiciels ne s’installent pas aussi simplement que n’importe quel autre programme informatique. La plupart d’entre eux demandent une installation sur un serveur externe afin de pouvoir accéder aux données sécurisées n’importe où à travers le monde. Certains CLEs cependant peuvent être utilisés via un navigateur internet standard (sciNote). Mais en tout cas, l’installation de ces logiciels est généralement plutôt exigeante: il faut d’abord préparer l’ordinateur à accueillir ce genre de programmes.

Plus généralement, la gestion électronique pourrait être perçue comme trop standardisée : l'insertion des données dans des architectures rigides difficiles à adapter aux exigences spécifiques de certaines recherches pourrait poser problème.

Sur le plan financier par contre, dans les cas de logiciels propriétaires, l’achat peut poser des problèmes de coûts et d’investissements.

La gestion partagée d’un CLE peut créer des problèmes au niveau de la définition des droits et des restrictions d’accès et aussi au niveau de la gestion des droits d’auteur. Un dernier inconvénient est celui du stockage à long terme des données. En effet, les recherches scientifiques de nos jours amassent une telle quantité de données qu'il est parfois difficile de trouver de la place mémoire pour stocker ces dernières. C'est pourquoi, avant d’utiliser un CLE, il faut prendre en compte la capacité de stockages des machines et ordinateurs utilisés.

Il se pose aussi la question de l'archivage des données et l'intégrité de celles-ci dans le temps. Cela peut s'avérer complexe voir impossible selon le format employé et la maintenance des logiciels par leurs créateurs. Il existe un risque de pertes données si ces derniers ne mettent plus les moyens de garder les données.

La gestion de la sécurité des données est, quant à elle, partagée entre les développeurs du logiciel (gestion de la base de données, stockage sur les serveurs,...) et les chercheurs (contrôles des accès, gestion des droits,...). Toutefois, est-ce que toutes les structures de recherches sont-elles prêtes à prendre en compte ces aspects ?

Évaluation technique des logiciels open source

eLabFTW

Selon la classification proposée par LIMSWiki les caractéristiques modernes incluent, mais ne sont pas limitées à:

  • l’importation de données déjà capturées ailleurs;
  • l’enregistrement direct des données sous différentes formes comme du texte, des images et des tableaux;
  • la possibilité de rechercher et de réutiliser des informations documentées;
  • le prêt de structure à des données et informations par l'utilisation de modèles préformatés ou personnalisables qui incluent une gamme de types de champs;
  • la création de liens entre les enregistrements, y compris les gestionnaires de référence et autres cahiers;
  • le stockage d'enregistrements entièrement interrogeables dans un format de base de données sécurisé, avec sauvegarde automatique;
eLabFTW screenshot
  • l’inclusion d'un système de messagerie pour une meilleure collaboration;
  • l’inclusion de données de sécurité, y compris des drapeaux pour les produits chimiques dangereux;
  • la protection de l'intégrité des données et des processus dans un environnement sécurisé mais flexible, tout en permettant des changements de processus;
  • la génération de formulaires sécurisés acceptant l'entrée de données de laboratoire par l'intermédiaire d'un dispositif informatique et / ou d'un équipement de laboratoire;
  • l’hébergement pour les communications en réseau ou sans fil;
  • l’accommodement d'une option d'ordonnancement pour les procédures de routine telles que la qualification de l'équipement et les échéanciers liés à l'étude;
  • la configuration des exigences de qualification.

Informations générales

Nous précisons que nous avons listé les 11 CLEs open-source selon les critères techniques expliqués dans la source LIMSWiki ici citée et mise à disposition pour savoir dans les détails en quoi ils consistent:

Lien LIMSwiki Site web Tutoriels vidéos Licence Système d'exploitation Exigences matérielles/logicielles
Chemotion ELN Site Documentation - GNU Affero General Public License v3.0 Plate-forme indépendante Docker et docker-compose
eLabFTW Site Documentation Seulement un tutoriel d'installation GNU Affero General Public License v3.0 Cross-plateforme Minimum hardware: 2 Go RAM, 1 GHz processeur, et 1 Go d'espace disque est le strict minimum.

Logiciels requis: Docker et docker-compose.

eln Site - GNU General Public License v3.0 Cross-plateforme Aucune exigence d'installation particulière est nécessaire pour eln
Indigo ELN Site - GNU General Public License v3.0 Cross-plateforme
  1. Oracle database 11 R2 ou plus grand
  2. Oracle Text (anciennement (ConText))
  3. Bingo RDBMS cartouche de données
Jupyter Notebook Site Documentation Quelques vidéo explicatives sur YouTube License revisité BSD Cross-plateforme Python 3.3 ou plus grand
LabTrove Site Documentation - BSD 3-Clause License Cross-plateforme
  1. Apache 2 Web Server on Debian
  2. MySQL Server
  3. ImageMagick, ZIP
Open enventory Site - Affero GNU Public License Cross-plateforme
  1. Serveur Web Apache en cours d'exécution PHP5
  2. MySQL database
OpenBIS Site Documentation - Apache Software License v2.0 Linux or Mac OS X
  1. Linux et Mac OS X système opérateur
  2. PostgreSQL 9.1 ou plus grand
  3. Java 1.6 ou plus grand
OpenLabFramework Site - GNU Public License v3.0 Plate-forme indépendante
  1. Linux et Mac OS X
  2. PostgreSQL 9.1 ou plus grand
  3. Java 1.6 ou plus grand
sciNote Site Sur le site officiel Mozilla Public License Version 2.0 Cross-plateforme Docker et Ruby on Rails

Fonctionnalités de base

Lien LIMSwiki Modulaire L'intégration de l'appareil mobile Web-based front-end Gestion d'administration Champ de recherche Intégration d'instrument
Chemotion ELN Oui Oui Oui Oui Oui Non
eLabFTW Oui Non (un design web réactif seulement pour mobile) Oui Oui Oui Oui , via REST API
eln Non précisé Oui Oui Non précisé Oui Non précisé
Indigo ELN Non précisé Non Oui Oui Oui Oui
Jupyter Notebook Non Non Oui Oui Oui Non
LabTrove Non Non Oui Oui Oui Oui
Open enventory Non Non Oui Non précisé Oui Non
OpenBIS Non Oui Oui Oui Oui Oui
OpenLabFramework Oui Oui (limité à une recherche rapide d’infos) Oui Oui Oui Non
sciNote Oui Oui Oui Oui Oui Non précisé

Expérience, collaboration et gestion de données

Lien LIMSwiki Gestion de documents Gestion d'inventaire Gestion des tâches Commenter Partage de données Templating Possibilité de requête
Chemotion ELN Oui Oui Oui Non Oui Non Oui
eLabFTW Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui
eln Non précisé Non précisé Non précisé Non précisé Oui Non précisé Non précisé
Indigo ELN Oui Oui Oui Non précisé Oui Non précisé Oui
Jupyter Notebook Oui Non Non Non Oui Oui Non
LabTrove Oui Oui Non Oui Oui Oui Non
Open enventory Oui Oui Non Non Non Non précisé Oui
OpenBIS Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui
OpenLabFramework Oui Oui Oui Non précisé Non Non Non
sciNote Oui Oui Oui Oui Oui Oui Oui

Reporting, impression, code barres

Lien LIMSwiki Importation de données Type de fichiers exportés Support codes à barres Support QR Rapport de support Label support Analyse des données Qualité, sécurité, conformité
Chemotion ELN .xsls, .sdf .xsls, .sdf Oui Oui Non Non Non -
eLabFTW .csv, .elabftw.zip .pdf, .csv, .zip, json (via API) Non Non Non Non Non Time-Stamp Protocol (TSP); Version control; Secured
eln Non précisé .pdf Non précisé Non précisé Non précisé Non précisé Non précisé Contrôle de version
Indigo ELN Oui Oui Non Oui Oui Non Oui Oui
Jupyter Notebook No .pdf, .html, .LaTeX, .png, .svg Non Non Non Non Oui Oui
LabTrove Oui xml, png Non Oui Non Oui Non Non précisé
Open enventory Oui Non précisé Oui Non Non Oui Non Non précisé
OpenBIS Oui .xsls Non Non Oui Non précisé Non précisé Gestion SOP
OpenLabFramework Non .csv, .excel, .ods, .pdf, .rtf, .xml Oui Non Oui Oui Oui Oui, Spring Security Framework
sciNote Oui custom pdf, .xsls Oui Non Oui Non Non Audit trail

Autres fonctionnalités

Lien LIMSwiki Langues Secteurs d'activité Traitement automatisé activé par une API Fil RSS, tags Langages de programmation Base de données personnalisable Planificateur Outils de dessin Intégration du Big Data
Chemotion ELN Non précisé Institut de technologie de Karlsruh, laboratoires de chimie Non précisé Non précisé Non précisé Non précisé Oui Oui Non précisé
eLabFTW Plusieurs Universités mondiales: Cardiff, Uppsala, Washington, Institut indien des sciences, Koweït, Helsinki, Hanovre, etc. Tout type de laboratoires: chimie, biologie, physique, astronomie Oui Oui PHP, Javascript, JSON, YAML, MySQL Oui Oui Oui Oui
eln Non précisé Non précisé Non précisé Non précisé C++ Partiellement Non précisé Non précisé Non précisé
Indigo ELN Non précisé Laboratoires de chimie Oui Non Javascript Non Oui Oui, Intégration avec l'outil de dessin chimique Ketcher de EPAM Oui, à partir des services de Pfizer, Protein Bank, d'une URL ou d'un fichier local
Jupyter Notebook Plusieurs Support interactif pour les données provenant de la sciences et de l'informatique scientifique au travers de tous les langages de programmation Oui Non Plusieurs, tous basés sur JSON Oui Non Non Oui
LabTrove Non précisé Université de Southampton, université de Reading Oui Oui Javascript Non Non Non Non
Open enventory Non précisé Laboratoires de science moléculaire et de chimie Non Non PHP/MySQl et Javascript Non Non Non Non
OpenBIS Plusieurs Projets de recherche de SystemsX.ch; consortiums de recherche financés par l'Union européenne Oui Non Java-script Non précisé Oui Non Non précisé
OpenLabFramework Non précisé Université du Danemark du Sud Oui Non Javascript et Ajax Non Non Non Non
sciNote Non précisé Biotechnologie, recherche clinique, général En cours de développement Non Ruby on Rails 4.2.3. Non Non Non Non

Ressources

  1. El Kharroubi, I. et Kabbaj Touita, A. (2007). Les propositions des bonnes pratiques d'exploitation du Cahier de Laboratoire. Repéré à http://www.utc.fr/~mastermq/public/publications/qualite_et_management/MQ_M2/2006-2007/projets/cahier_labo/cahier_labo.html
  2. Cisel, M. (2016, 30 septembre). Cahiers de laboratoire électroniques: un outil pour l’enseignement des sciences [Billet de blogue]. Repéré à https://numpedago.hypotheses.org/54
  3. Robyr, J. (2014). Les enjeux du cahier de laboratoire (électronique?). Repéré à https://actu.epfl.ch/news/les-enjeux-du-cahier-de-laboratoire-electronique/
  4. Electronic laboratory notebook classification. (s. d.). Dans LIMSWiki. Repéré le 20 novembre 2017 à https://www.limswiki.org/index.php/Electronic_laboratory_notebook
  5. Electronic Lab notebook. (s. d.). Dans Wikipédia, l'encyclopédie libre. Repéré le 20 novembre 2017 à https://en.wikipedia.org/wiki/Electronic_lab_notebook
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