« Déterminer les organes exprimant un gène donné » : différence entre les versions
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== | == Localisation de l'expression d'un gène dans l'organisme == | ||
== Procédure == | == Procédure == | ||
* Ouvrir The Human Protein Atlas [https://www.proteinatlas.org/ solution] | * Ouvrir The Human Protein Atlas [https://www.proteinatlas.org/ solution] | ||
* Choisir Tissue [https://www.proteinatlas.org/humanproteome/tissue -> solution] | * Choisir Tissue [https://www.proteinatlas.org/humanproteome/tissue -> solution] | ||
* Introduire le nom du gène dont on veut connaître l'expression dans le champ "Search" en haut. P. ex [https://www.proteinatlas.org/search/ACE2 ACE2 -> solution] | * Introduire le nom du gène dont on veut connaître l'expression dans le champ "Search" en haut. P. ex [https://www.proteinatlas.org/search/ACE2 ACE2 -> solution][[Fichier:ACE2-expression-schema-from-proteinatlas.jpg|alt=Schéma de l'expression de la protéine ACE2-expression dans proteinatlas|vignette|Schéma de l'expression de la protéine ACE2-expression dans ProteinAtlas]] | ||
* Choisir dans la ligne Angiotensin I converting enzyme 2 | * Choisir dans la ligne "Angiotensin I converting enzyme 2" la vignette "[https://www.proteinatlas.org/ENSG00000130234-ACE2/tissue tissue" -> solution] | ||
* | * Un schéma du corps humain féminin et masculin affiche en rose et rouge les régions ou s'exprime le gène sélectionné (ACE2 dans ce cas) [http://1.bp.blogspot.com/-_xj64ijTtLU/X4QHNYcBiKI/AAAAAAAAMJs/7fVq907buicXxTWE-dFRq9SGVDzVIBu-gCK4BGAYYCw/s320/ACE2-expression-proteinatlas-714136.jpg] | ||
* Plus bas les organes sont listés et des barres d’histogramme indiquent le degré d'expression du gène (en protéine d'abord,…) | * Plus bas dans la page les organes sont listés et des barres d’histogramme indiquent le degré d'expression du gène (en protéine d'abord,…) | ||
NB: On voit que ACE2 sur laquelle se fixe Spike du virus SARS-Cov2 est présente à de nombreux endroits du corps et pas seulement dans les voies respiratoires. On l'imaginerait surtout là parce que c'est par là que le virus entre le plus souvent. Mais le site ne visualise pas beaucoup d'expression de ACE2 à ces endroits. On a trouvé que le virus s'attaque à de nombreux autres organes s'il n'est pas éliminé près de son entrée. Ainsi ces images peuvent bien expliquer la diversité des organes aussi attaqués par ce virus. | |||
== Autres liens == | |||
* Activité proposée par le SIB mettant en évidence le rôle de la protéine Spike et la manière dont elle interagit avec ACE2: "[http://education.expasy.org/bioinformatique/pdfs/Bioinfo_corona_vs13.pdf#page=37 La protéine Spike de SARS-CoV-2]" | |||
== | == Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | ||
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== | ===== Références ===== | ||
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB | |||
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Dernière version du 27 février 2024 à 11:51
Localisation de l'expression d'un gène dans l'organisme
Procédure
- Ouvrir The Human Protein Atlas solution
- Choisir Tissue -> solution
- Introduire le nom du gène dont on veut connaître l'expression dans le champ "Search" en haut. P. ex ACE2 -> solution
- Choisir dans la ligne "Angiotensin I converting enzyme 2" la vignette "tissue" -> solution
- Un schéma du corps humain féminin et masculin affiche en rose et rouge les régions ou s'exprime le gène sélectionné (ACE2 dans ce cas) [1]
![[1]](http://1.bp.blogspot.com/-_xj64ijTtLU/X4QHNYcBiKI/AAAAAAAAMJs/7fVq907buicXxTWE-dFRq9SGVDzVIBu-gCK4BGAYYCw/s320/ACE2-expression-proteinatlas-714136.jpg){kind=link}
- Plus bas dans la page les organes sont listés et des barres d’histogramme indiquent le degré d'expression du gène (en protéine d'abord,…)
NB: On voit que ACE2 sur laquelle se fixe Spike du virus SARS-Cov2 est présente à de nombreux endroits du corps et pas seulement dans les voies respiratoires. On l'imaginerait surtout là parce que c'est par là que le virus entre le plus souvent. Mais le site ne visualise pas beaucoup d'expression de ACE2 à ces endroits. On a trouvé que le virus s'attaque à de nombreux autres organes s'il n'est pas éliminé près de son entrée. Ainsi ces images peuvent bien expliquer la diversité des organes aussi attaqués par ce virus.
Autres liens
- Activité proposée par le SIB mettant en évidence le rôle de la protéine Spike et la manière dont elle interagit avec ACE2: "La protéine Spike de SARS-CoV-2"
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
Références
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB