« Séquence du gène de protéines sur chromosomes » : différence entre les versions
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* Taper le nom d'une protéine en anglais (p. ex. insulin) une référence indirecte (p. ex. la pathologie : cystic) ou le nom d'un gène ( p. ex. CFTR), | * Taper le nom d'une protéine en anglais (p. ex. insulin) une référence indirecte (p. ex. la pathologie : cystic) ou le nom d'un gène ( p. ex. CFTR), [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?id=GCF_000001405.40 solution] <small>(en date du 23.09.22)</small> | ||
** Note: on peut trouver le nom du gène à partir du nom de la protéine en anglais sur [https://www.uniprot.org/ UniProt] (p. ex. insulin -> nom de gène INS) | ** Note: on peut trouver le nom du gène à partir du nom de la protéine en anglais sur [https://www.uniprot.org/ UniProt] (p. ex. [https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=insulin insulin] -> nom de gène INS [https://www.uniprot.org/uniprotkb/P01308/entry solution] <small>(en date du 23.09.22)</small> ) | ||
* Le gène s'affiche (bande verte ou bleue avec le nom du gène au-dessus), le chromosome correspondant est entouré d'un cadre vert dans l'encadré à gauche. | * Le gène s'affiche (bande verte ou bleue avec le nom du gène au-dessus), le chromosome correspondant est entouré d'un cadre vert dans l'encadré à gauche. | ||
* On peut situer la position du gène sur le chromosome en examinant le schéma du chromosome en haut et le repère de la zone agrandie : trait vertical bleu assez fin ( parfois il faut bien chercher…) [[Fichier:GDV-CFTR-seq.jpg|vignette]]Autres protéines possibles [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FLO/Liste_prot_evol.html ici] | * On peut situer la position du gène sur le chromosome en examinant le schéma du chromosome en haut et le repère de la zone agrandie : trait vertical bleu assez fin ( parfois il faut bien chercher…) [[Fichier:GDV-CFTR-seq.jpg|vignette]]Autres protéines possibles [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FLO/Liste_prot_evol.html ici] | ||
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===== Références ===== | ===== Références ===== | ||
Version du 23 septembre 2022 à 09:58
Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains.
Proposition d'exemples EPO, INS, AMY1A, HIST1H4A, CFTR, GH1, MC1R, TP53, ATP5F1A, AVPR1A, COL1A1, CYTB, OPN1LW, RHO , GULOP (pseudogène).
Procédure
Ouvrir Genome data Viewer GDV ici
Situer l'espèce (p. ex. humaine) dans l'arborescence, puis la choisir.
- Taper le nom d'une protéine en anglais (p. ex. insulin) une référence indirecte (p. ex. la pathologie : cystic) ou le nom d'un gène ( p. ex. CFTR), solution (en date du 23.09.22)
- Le gène s'affiche (bande verte ou bleue avec le nom du gène au-dessus), le chromosome correspondant est entouré d'un cadre vert dans l'encadré à gauche.
- On peut situer la position du gène sur le chromosome en examinant le schéma du chromosome en haut et le repère de la zone agrandie : trait vertical bleu assez fin ( parfois il faut bien chercher…) Autres protéines possibles ici
Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe
La séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains, on a pu le confirmer grâce à Genome Data Viewer :
- Pour l’EPO : il se trouve sur le chromosome 7, sur le bras long et approximativement au milieu de celui-ci.
- Pour l’INS : il se situe sur le chromosome 11, à l’extrémité distale du brin court, dans la région 105.
- Pour l’AMY1A : on retrouve le gène AMY1A sur le chromosome 1.
- Pour l’HIST1H4A : il est repérable sur le chromosome 6,. sur le bras court.
- Pour CFTR : on le retrouve sur le chromosome 7 chez l’homme ( et sur le chromosome 6 chez la souris )
- Pour GH1 : Ce gène se situe sur le chromosome 17, sur le long brin à l’extrémité.
- Pour MC1R : Il se trouve sur le chromosome 16, à l’extrémité droite du gène.
- Pour GULOP ( pseudogène) : ce pseudogène est repérable sur le chromosome 8, sur le bras court.
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
- Chercher la séquence d'une protéine ADN ici, puis sa séquence d'aa. puis sa structure 3D. Éprouver le lien entre structure, séquence et fonction d'une protéine
Références
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement