Voir la source de Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array

== Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array) ==

== Procédure ==

* Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]
* Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR  
* Trouver le gène CFTR  voir ici   [[Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes]]
* si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp  par exemple [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs947311024 rs1228922204] (<small>lien valable en date du 28.02.24)</small> selon ce protocole [[SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base]]
[[Fichier:SNP-exemple-CFTR-inGDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence |vignette|Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence]]

* Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)

-> [[Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)|comment établir des sondes pour le Micro-array]]

NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : Si elle cible bien ce SNP, il faudrait encore vérifier que cette séquence est effectivement unique dans le génome - qu'on ne la trouve nulle part ailleurs. 

== ''Ce qu'on peut obtenir :  p. ex,  synthèse par un élève des résultats avec une classe ''  ==

== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==
*

===== Références =====
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB

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[[Catégorie: BioInfoScenarios]]