Introduction conceptuelle à R

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Introduction

On se réfère à R souvent comme s'il s'agissait d'une entité unique, notamment un logiciel à utiliser pour des analyses statistiques, mais la réalité est un peu plus complexe. Cette introduction conceptuelle à R vise identifier différentes composantes de R et la manière dont elles s'articulent entre elles pour fournir un écosystème puissant et flexible. Contrairement à d'autres introductions à R qui sont basées principalement sur la découverte des particularités du langage, nous proposons ici plutôt un survol conceptuel qui puisse s'intégrer avec des approches plus pragmatiques.

Prérequis

Dans cette introduction conceptuelle, nous utiliserons l'environnement de travail typique de R, notamment avec l'utilisation de RStudio qui nous permettra de mieux cerner certains aspects comme par exemple la notion de variable, fonction, paquet, session, environnement et d'autres encore. Pour maximiser la compréhension de ces aspects, sur le plan théorique, il peut être utile d'avoir lu au préalable l'Introduction à la programmation.

• Mise en place d'un environnement de travail avec R
• Introduction à la programmation

Fonctionnement général de R

L'utilisation de R se fait à travers des instructions qui sont passées à un interprète en tant que Input. Ces instructions déclenchent de la computation, c'est-à-dire qu'elles sont interprétées, afin de produire un Output correspondant.

Ces trois phases sont généralement effectuées au sein de la même interface graphique, par exemple à travers RStudio ou la ligne de commande qui est disponible dans la version R de base. Néanmoins, le fait que ces trois phases puissent être décomposées permet une plus grande flexibilité et des opportunités intéressantes pour chaque phase :

1. Input

   Les instructions peuvent être produites de différentes manières, par exemple à travers du code ou même à travers une interface graphique créé ponctuellement pour mener à bien un type d'analyse bien spécifique (voir par exemple les ShinyApps). La production des instructions peut être faite à travers un éditeur de texte avec aide à la syntaxe, étalée sur plusieurs fichiers pour gérer la complexité d'une analyse articulée, ou encore organisée en procédures réutilisables à différents endroits et pour des projets différents.

2. Computation

   La computation, c'est-à-dire l'interprétation des instructions de Input, peut se faire sur la même machine où les instructions ont été écrites ou sur une ou plusieurs machines différentes. Ceci permet par exemple de lancer des analyses qui nécessitent d'une grande puissance computationnelle sur des serveurs distants, qui tournent pendant plusieurs heures, voire jours, avant d'atteindre le(s) résultat(s) correspondant(s).

3. Output

   Le résultat des instructions peut être récupéré et affiché de différentes manières, de la plus simple (e.g. résultat textuel dans la ligne de commande) à la plus complexe (e.g. la génération d'un report scientifique mélangeant du texte, des figures, références, tableaux, etc.).

L'enjeu principal dans l'utilisation de R réside donc dans la création des instructions instrumentales aux résultats souhaités, un mécanisme qui peut s'avérer complexe car il présuppose la synergie des plusieurs composantes, ainsi que le respect de contraintes spécifiques au niveau de ce qui est considérée une série d'instructions interprétables par R. Nous proposons de suite une description plus approfondie des trois composantes Input-Computation-Output. Ceci nous permettra de préparer le terrain pour des concepts plus spécifiques et récurrents dans l'utilisation de R.