BIST
Définition
La biologie a profondément changé sous l'effet des technologies de l'information. Le terme de bioinformatique est souvent employé dans ce contexte, mais il est généralement compris comme se référent aux technologies d'accès et de traitement des bases de données génomiques, protéomiques, etc : les omics
Bioinformatique
(Claverie, J.-M.2003)
Bioinformatics is about searching biological databases, comparing sequences,looking at protein structures, and more generally, asking biological questions
The Tight definition
In practice, the definition used by most people is narrower; bioinformatics to them is a synonym for "computational molecular biology"---the use of computers to characterize the molecular components of living things.(Bioinformatics.org Wiki, 2006)
In Silico
{Citation encadrée|In silico is an expression used to mean "performed on computer or via computer simulation." The phrase is coined from the Latin phrases in vivo and in vitro that are commonly used in biology (see also systems biology) and refer to experiments done in living organisms and outside of living organisms, respectively. }} Wikipédia
Computational Biology
- Finding the genes in the DNA sequences of various organisms
- Developing methods to predict the structure and/or function of newly discovered proteins and structural RNA sequences.
- Clustering protein sequences into families of related sequences and the development of protein models.
- Aligning similar proteins and generating phylogenetic trees to examine evolutionary relationships.
Indiana Institute for Molecular and Cellular Biology
BIST
Faute d'avoir trouvé un nom approprié dans la littérature, nous avons choisi d'en forger un nouveau : BIST la Biologie InStrumentée par les Technologies de l'information (BIST) est devenue une part intégrante de l'activité de la plupart des biologistes. On peut distinguer 4 axes de transformations à la BIST : La biologie "in silico" classique, liée aux énormes bases de séquences génomiques et protéomiques, est le plus visible. Les bases de données biogéographiques (GIS), botaniques et zoologiques sont un 2ème volet. Les simulations et la biologie des systèmes sont un troisième. Les systèmes de gestion de l'information sont un dernier aspect -sans doute le moins spécifique de cette discipline- de ces transformations.
Contexte
De nombreuses études (NCR, 2003) montrent combien la biologie change sous l'effet des Technologies de l'Information. Si la bioinformatique est la partie visible de l'iceberg, probablement que tous les domaines de la discipline biologie sont touchés par ces changements. Certains certains n'hésitent pas à parler de changement de paradigme (Kuhn, 1972).
4 axes de transformation de la biologie par les Technologies de l'information
- La bioinformatique : biologie "in silico" classique, liée aux énormes bases de séquences génomiques et protéomiques, est le plus visible.
- Les bases de données biogéographiques (GIS), botaniques, écologiques et zoologiques sont un 2ème volet.
- Les simulations et la biologie des systèmes sont un troisième.
- Les systèmes de gestion de l'information sont un dernier aspect -sans doute le moins spécifique de cette discipline- de ces
Références
- Bioinformatics.org Wiki. (2006). Bioinformatics. In Bioinformatics.org (Ed.), The wikified Bioinformatics Frequently Asked Questions.[1] .
- Claverie, J.-M., & Notredame, C. (2003). Bioinformatics for Dummies. Hoboken, NJ: Wiley.
- Kuhn, T., S. (1972). La structure des révolutions scientifiques. Paris: Flammarion.
- NCR Committee on Undergraduate Biology Education to Prepare Research Scientists for the 21st Century. ( 2003). BIO2010: Transforming Undergraduate Education for Future Research Biologists (No. ISBN: 0-309-08535-7): National Research Council