BIST

Définition

La biologie a profondément changé sous l'effet des technologies de l'information. Le terme de bioinformatique est souvent employé dans ce contexte, mais il est généralement compris comme se référent aux technologies d'accès et de traitement des bases de données génomiques, protéomiques, etc  : les omics

Bioinformatics – the process of searching biological databases, comparing sequences, examining protein structures, and researching biological questions with a computer – Bioinformatics is fast becoming an oft-uttered buzzword these days, so this book is for you if you're tired of pretending you know what this is about. If you expect something complicated, you're in for a (good or bad) surprise: Bioinformatics is nothing but good, sound, regular biology appropriately dressed so that it can fit into a computer. (Claverie, J.-M.2003)

Bioinformatics is about searching biological databases, comparing sequences,looking at protein structures, and more generally, asking biological questions

{{Roughly, bioinformatics describes any use of computers to handle biological information.[...] What almost all bioinformatics has in common is the processing of large amounts of biologically-derived information, whether DNA sequences or breast X-rays.

The Tight definition

In practice, the definition used by most people is narrower; bioinformatics to them is a synonym for "computational molecular biology"---the use of computers to characterize the molecular components of living things. }} (Bioinformatics.org Wiki, 2006)

Faute d'avoir trouvé un nom approprié dans la littérature, nous avons choisi d'en forger un nouveau : BIST la Biologie InStrumentée par les Technologies de l'information (BIST) est devenue une part intégrante de l'activité de la plupart des biologistes. On peut distinguer 4 axes de transformations à la BIST : La biologie "in silico" classique, liée aux énormes bases de séquences génomiques et protéomiques, est le plus visible. Les bases de données biogéographiques (GIS), botaniques et zoologiques sont un 2ème volet. Les simulations et la biologie des systèmes sont un troisième. Les systèmes de gestion de l'information sont un dernier aspect -sans doute le moins spécifique de cette discipline- de ces transformations.

Contexte

De nombreuses études (NCR, 2003) montrent combien la biologie change sous l'effet des Technologies de l'Information. Si la bioinformatique est la partie visible de l'iceberg, probablement que tous les domaines de la discipline biologie sont touchés par ces changements. Certains certains n'hésitent pas à parler de changement de paradigme (Kuhn, 1972).

4 axes de transformation de la biologie par les Technologies de l'information

• La bioinformatique : biologie "in silico" classique, liée aux énormes bases de séquences génomiques et protéomiques, est le plus visible.
• Les bases de données biogéographiques (GIS), botaniques, écologiques et zoologiques sont un 2ème volet.
• Les simulations et la biologie des systèmes sont un troisième.
• Les systèmes de gestion de l'information sont un dernier aspect -sans doute le moins spécifique de cette discipline- de ces

Références

• Claverie, J.-M., & Notredame, C. (2003). Bioinformatics for Dummies. Hoboken, NJ: Wiley.
• Kuhn, T., S. (1972). La structure des révolutions scientifiques. Paris: Flammarion.
• NCR Committee on Undergraduate Biology Education to Prepare Research Scientists for the 21st Century. ( 2003). BIO2010: Transforming Undergraduate Education for Future Research Biologists (No. ISBN: 0-309-08535-7): National Research Council

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