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== Trouver des séquences virales dans le génome humain ==

== Concept pédagogique ==
Notre ADN est truffé de séquences d'autres organismes (virales notamment mais aussi bactérienne, etc.) :

a) Certains gènes humains (nécessaires ) sont d'origine virale  (les HERV dont ERVW1)

b) ce gène se retrouve chez plusieurs autres espèces mais  d) seulement proches phylogénétiquement 

Les faire trouver par les élèves peut les aider à éprouver l'ampleur des transferts horizontaux, la grande perméabilité de notre ADN  à travers le temps, sur les mécanismes qui maintiennent l'unicité des espèces malgré les forces divergentes.

Cela pourrait aussi fonder la discussion sur les effets possibles d’absorber des gènes étrangers dans le débat sur les OGM

d)  L'analyse du génome humain a révélé, entre autres, que 8 à 10 % de la séquence du génome est d'origine virale ! ...alors que seulement ~1.5 % de la séquence du génome 'code' pour des protéines !

Les séquences d'ADN virales sont des vestiges de l'infection, datant de plusieurs millions d'années, des cellules germinales de nos ancêtres primates par des virus appelés 'rétrovirus'. La plupart de ces séquences sont inactives: elles ont subi des modifications les rendant incapables de coder pour la moindre protéine.

== Procédure ==

'''Rétrovirus endogènes produisant des protéines'''

'''Complément d'info :''' Certaines séquences de rétrovirus endogènes sont 'actives' et produisent des protéines 'fonctionnelles' (Exemple les rétrovirus HERV -> gène ERVW1)

Liste des protéines humaines connues produites à partir des séquences des rétrovirus endogènes [http://www.uniprot.org/uniprot/?query=keyword%3Aerv&sort=score 'HERV' dans UniProtKB.]

'''Complément d'info :''' Parmi les protéines humaines produites par des séquences virales intégrées dans le génome humain, on trouve les '''syncytines''' (syncytin). 

Ces protéines ont des propriétés fusiogènes (vestiges des gènes 'env') et joueraient un rôle dans la formation du placenta. Elles auraient également des propriétés immunosuppressives, essentielles pour une interface mère-enfant ([http://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/calvin/teaching/articles/dossier-recherche-xi010-les-microbes-qui-nous-font-vivre.pdf Dossier La Recherche XI 010]). 

'''''a) Localiser le gène de la syncytine dans le génome humain'''''

Localiser le gène de la syncytine (appelé ERVWE1) sur le génome humain à l'aide de GDV (selon [[Séquence du gène de protéines sur chromosomes|scénario ici)]] 
* Résultat: Le gène codant pour la syncytine (ERVWE1) se trouve sur le chromosome 7 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?cfg=NCID_1_37836737_130.14.22.10_9146_1664530849_2062026404 solution ici] <small>valable 90 jours depuis le 30.09.22</small>
'''''b) Trouver les protéines similaires à la syncytine humaine chez d'autres espèces'''''

'''Complément d'info :''' BLAST permet de comparer la séquence d'une protéine avec des millions d'autres séquences contenues dans une banque de données et de retrouver celles qui lui ressemblent le plus. 

''A partir de l'entrée UniProtKB correspondant à la syncytine humaine [https://www.uniprot.org/uniprot/Q9UQF0 Q9UQF0]''  [https://www.uniprot.org/uniprot/Q9UQF0 ''Syncytin humaine'']
* ''Cliquer sur l'onglet BLAST'' 
* ''Cliquer sur le bouton en bas à droite 'Run Blast'''  On trouve ce gène chez d'autres espèces - les premiers illustrés avec une E-value très basses (cf donc des similitudes très significatives : cf figure ci-contre
 [[Fichier:Alignement-blast-syncitin-uniprot.jpg|alt=Alignement des protéine similaires obtenu par BLAST de la syncytine humaine sur UniProt|vignette|300x300px|Alignement des protéine similaires obtenu par BLAST de la syncytine humaine sur UniProt]]
'''Complément d'info :''' Le rétrovirus à l'origine des syncytines aurait été 'intégré' par un ancêtre primate, il y a 45 à 70 millions d'années. La syncytine n'est retrouvée que chez les descendants de ces primates (les simiens).
* Trouver les protéines virales les plus similaires à la syncytine humaine et notez le nom de l'espèce concernée.
'''Complément d'info :''' L'ancêtre du gène de la syncytine est le gène viral 'env'. On retrouve dans les syncytines les propriétés fusiogènes des gènes viraux 'env'.
* Voir sur UniProt liste des protéines humaines codées par des séquences virales ( pour le contexte, voir [https://dx.doi.org/10.1186%2Fgb-2001-2-6-reviews1017 ici])
'''''c) Comparer les séquences des protéines similaires à la syncytine humaine'''''
* ''A partir des résultats du Blast sur UniProt''
* ''Sélectionner des protéines similaires de différentes espèces (mammifères et virus)''
* ''Dans la barre verte qui apparaît en bas de l'écran, cliquez sur 'Clear, puis sur 'Align''' 
* ''Visualiser ainsi les différences et les similitudes entre les différentes séquences en acides aminés.''
* ''Pour mieux voir les similarités: cliquer sur 'Similarity'.''
Exemples:
* Comparer (aligner) les séquence de l'homme et du chimpanzé
* Comparer (aligner) les séquence de l'homme et du Baboon endogenous virus 

'''''d) Localiser des séquences d'origine virale dans le génome humain''''' <span name="Anchor-env-47857"></span><span name="Anchor-env-47857"></span><span name="Anchor-env-47857"></span>Ouvrir BLAT (un autre genome Viewer) [https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat ici] ''iOn peut visualiser les zones répétées dans un chromosome - [http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg38&lastVirtModeType=default&lastVirtModeExtraState=&virtModeType=default&virtMode=0&nonVirtPosition=&position=chr8%3A129718722%2D134456221&hgsid=1019846723_pzIBpsl6cH9vKejzpXAgz6Ua4M4n ici une partie du 8] considérer les LTR seulement .''
*Griffiths, D. J. (2001). Endogenous retroviruses in the human genome sequence. Genome Biology, 2(6),https://dx.doi.org/10.1186%2Fgb-2001-2-6-reviews1017

== Voir aussi ==
* [http://www.virusite.org/index.php?nav=search Virusite] : recense et permet d'accéder aux génomes de virus 
** p. ex. pour  [http://www.virusite.org/index.php?nav=search&query1=NC_045512&field1=genome.id&detail=true SARS-CoV-2 :] 
*** on accède à la  [http://www.virusite.org/index.php?nav=search&query1=NC_045512&field1=genome.id&detail=true# Séquence format FASTA]   et sa [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW545482.1?report=graph visualisation graphique dans GDV] nsp est non-structural protein
*** L[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=txid2697049&#x5B;Organism:noexp&#x5D;%20AND%20%22complete%20genome%22&#x5B;title&#x5D; 'ensemble des  séquences]  actuellement répertoriées : cliquer FASTA ou GRAPHICS pour visualiser dans GDV 
*** L'ensemble des protéines exprimées du [https://www.uniprot.org/uniprotkb?dir=ascend&query=proteome%3AUP000464024&sort=organism_name&fields=accession%2Creviewed%2Cid%2Cprotein_name%2Cgene_names%2Corganism_name%2Clength%2Cstructure_3d&view=table SARS-CoV-2 sur UniProt]  
**** leur [https://www.rcsb.org/news/feature/5e74d55d2d410731e9944f52 structure sur PDB]  [https://cdn.rcsb.org/news/2021/genome-llustr-2021-update2.png image ici]
* Activité [http://education.expasy.org/bioinformatique/Coronavirus_proteines.html Coronavirus et protéine @SIB]   

== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==
*[[Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces]]

===== Références =====
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB 

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