Voir la source de Séquence du gène de protéines sur chromosomes


== Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains. ==
Proposition d'exemples  EPO, INS, AMY1A, HIST1H4A, CFTR, GH1, MC1R, TP53,  ATP5F1A, AVPR1A, COL1A1, CYTB, OPN1LW, RHO , GULOP (pseudogène).

== Procédure ==
Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]

Situer l'espèce (p. ex. humaine) dans l'arborescence, puis la choisir.  
[[Fichier:GdV-HS-parmi-sp.jpg|vignette|108x108px]]
* Taper le nom d'une protéine en anglais (p. ex. insulin) une référence indirecte (p. ex. la pathologie : cystic) ou le nom d'un gène ( p. ex. CFTR), [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?id=GCF_000001405.40 solution] <small>(en date du 23.09.22)</small> 
** Note: on peut trouver le nom du gène à partir du nom de la protéine en anglais sur [https://www.uniprot.org/ UniProt] (p. ex. [https://www.uniprot.org/uniprotkb?query=insulin insulin] -> nom de gène INS [https://www.uniprot.org/uniprotkb/P01308/entry solution] <small>(en date du 23.09.22)</small> )
* Le gène s'affiche (bande verte  ou bleue avec le nom du gène au-dessus), le chromosome correspondant est entouré d'un cadre vert  dans l'encadré à gauche.  
* On peut situer la position du gène sur le chromosome en examinant le schéma du chromosome en haut et le repère de la zone agrandie : trait vertical bleu assez fin ( parfois il faut bien chercher…) [[Fichier:GDV-CFTR-seq.jpg|vignette]]Autres protéines possibles [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FLO/Liste_prot_evol.html ici] 
* Trouver d'autres gènes connus  P. ex si on est parti de INS (Chr11: 2,159,779 - 2,161,209 ) on peut  trouver HBB (hemoglobin subunit beta) : dézoomer et  à droite trouver la région 5,200 k  zoomer sur la position (Chr11: 5,225,464 - 5,227,071)  [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?cfg=NCID_1_26088728_130.14.18.128_9146_1663924700_672495646 solution] <small>(en date du 23.09.22)</small>

== ''Ce qu'on peut obtenir :  p. ex,  synthèse par un élève des résultats avec une classe ''  ==
''La séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains, on a pu le confirmer grâce à Genome Data Viewer :''
* ''Pour l’EPO : il se trouve sur le chromosome 7, sur le bras long et approximativement au milieu de celui-ci.''
* ''Pour l’INS : il se situe sur le chromosome 11, à l’extrémité distale du brin court, dans la région 105.''
* ''Pour l’AMY1A : on retrouve le gène AMY1A sur le chromosome 1.''
* ''Pour l’HIST1H4A : il est repérable sur le chromosome 6,. sur le bras court.''
* ''Pour CFTR : on le retrouve sur le chromosome 7 chez l’homme ( et sur le chromosome 6 chez la souris )''
* ''Pour GH1 : Ce gène se situe sur le chromosome 17, sur le long brin à l’extrémité.''
* ''Pour MC1R : Il se trouve sur le  chromosome 16, à l’extrémité droite du gène.''
* ''Pour GULOP ( pseudogène) : ce pseudogène est repérable sur le chromosome 8, sur le bras court.''

== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégr ==
* [[Chercher la séquence d'une protéine ADN ici, puis sa séquence d'aa.]] 
** puis [[Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante|sa structure 3D]]. 
* [[SNP fréquents - changements d'une seule base|Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR]]
* [[Éprouver le lien entre  structure, séquence et fonction d'une protéine]]

===== Références =====
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB
Retour à  [[Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement]]
[[Catégorie: BioInfoScenarios]]