Trouver des séquences virales dans le génome humain
Trouver des séquences virales dans le génome humain
Concept pédagogique
Notre ADN est truffé de séquences d'autres organismes (virus, bactéries, etc.) : essayons de voir !
L'analyse du génome humain a révélé, entre autres, que 8 à 10 % de la séquence du génome est d'origine virale ! ...alors que seulement ~1.5 % de la séquence du génome 'code' pour des protéines !
Les séquences d'ADN virales sont des vestiges de l'infection, datant de plusieurs millions d'années, des cellules germinales de nos ancêtres primates par des virus appelés 'rétrovirus'. La plupart de ces séquences sont inactives: elles ont subi des modifications les rendant incapables de coder pour la moindre protéine.
Procédure
Localiser les séquences d'origine virale dans le génome humain
Les vestiges des génomes des rétrovirus endogènes peuvent contenir 3 gènes viraux typiques:
- env (code pour des protéines 'envelope' 'fusiogènes' permettant la fusion entre le virus et la cellule cible)
- pol (code pour une polymerase impliquée dans la réplication de l'ADN du virus)
- gag (code pour les protéines de la capsides du virus).
Vous pouvez chercher directement ces différents 'gènes' (devenus inactifs pour la plupart) dans le génome humain à l'aide de Mapviewer.
Remarque: il n'existe pas de nomenclature officielle pour ces séquences d'origine virale. Le résultat de votre recherche n'est pas précis ni exhaustif, mais vous permettra de voir que les vestiges de ces séquences virales sont répartis dans tout le génome humain, sur les différents chromosomes.
Dans Mapviewer: Introduire le nom du gène que vous souhaitez localiser dans le génome humain (env, pol, ou gag...) Choisir assembly: reference ...
Résultats:
- Localisation des vestiges des gènes 'env' sur le génome humain: Mapviewer 'env'
- Localisation des vestiges des gènes 'gag' sur le génome humain: Mapviewer 'gag'
- Localisation des vestiges des gènes 'pol' sur le génome humain: Mapviewer 'pol'
Ouvrir Genome data Viewer GDV ici