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Etant dans le domaine de la radiologie, je me suis dit qu'il serait très intéressant de faire à mon échelle ce qui commence à être fait dans des grandes structures de soins. En effet, dans certains structures - privées - d'outre-Atlantique, une nouvelle pratique commence à se répandre : le patient reçoit une impression 3D de son examen radiologique (purement esthétique) en plus de ses clichés normaux (dispensés sur CD). Bien que l'utilisation de tels outils à des fins "médicales" (dérivant franchement vers le commercial) soit plus que contestable, un grand nombre de patients repartent avec l'impression 3D de leur examen.  
Nous avons décidé d’axer notre kit pédagogique sur une réflexion sur l’anatomie humaine. En effet, nous sommes toutes les deux issues du milieu médical (respectivement nutrition et diététique (ND) et technique en radiologie médicale (TRM)). Nous avons prit l’exemple de la main humaine, dont l’anatomie est apprise par les étudiants HES dès leur année de module complémentaire (année propédeutique).


== Exportation de données ==
=== Principe ===
Le kit pédagogique est composé de 27 pièces (9 carpe, 5 métacarpes et 14 phalanges). Le but de ce type de kit est de:
*Permettre aux utilisateur de manipuler les os de la main (et par voie de conséquence se rendre compte des dimensions proportionnées, des articulations possibles ainsi que de la forme réalle des os)
*Permettre aux utilisateurs, grâce à un système qu’il nous faut encore mettre en place, de recréer la main ainsi que les articulations qui la composent (ce qui leur permet de se représenter les os, leurs emplacements et leurs articulations)
*Permettre aux étudiants de manipuler les os de la main comme ils pourraient le faire avec les os du crâne dont il existe un grand nombre de modélisations sur le marché.


Ainsi je me suis renseignée et j'ai découvert qu'il est possible d'exporter (depuis certaines stations de post-traitement) des .stl de structures anatomiques. Concrètement, voici ce qui peut être fait:  
=== Idée de base ===
# Acquisition tomodensitométrique de la main
De part leur cursus, les étudiants TRM apprennent, avec précision l’anatomie de la main (os, tendons, muscles et autres structures). Cet apprentissage se fait très tôt dans leur cursus, ceci à cause de l’incidence de réalisation de l’imagerie de la main dans la vie sur le terrain. En effet, après les examens du thorax, le membre supérieur est la zone qui est le plus réalisée en radiodiagnostic. Ainsi les étudiants, et les professionnels de l’imagerie médicale se doivent d’avoir des bases très solides en matière d’anatomie.
# Reconstruction I MIP (Maximum Intensity Projection) des structures osseuses
 
# Segmentation semi-automatique des structures osseuse pour les isoler
=== Public cible ===
# Reconstruction II en VR (Volume Rendering)
Comme mentionné auparavant, le public cible peut être spécifique au monde médical (professionnels ou étudiants) ou non.
# Export des données (vectorielles) en .stl.
*Professionnel de la santé : ce kit pédagogique pourrait leur permetre de reprendre les aspects complexes des os de la main (articulations, facettes, sens,...). De plus pour des professionnels qui auraient un pied dans l’enseignement, ce kit pourrait être utilisé comme support pédagogique à l’enseignement de l’anatomie et/ou de l’imagerie radiologique de la main.
Concrètement, ces données obtenues me permettront de travailler sur une base pour mes propres représentations. Le but pour moi sera de recréer les os composants la main humaine à partir de volumes géométriques. Pédagogiquement, cet outil peut servir pour l'apprentissage des os de la main ainsi que leurs articulations propre... ou simplement un puzzle anatomique.
*Étudiants en profession de la santé: ce kit pourrait permettre à des étudiants de la santé d’accroître leurs connaissances en anatomie de la main. En effet, le fait d’utiliser ce type de support, en plus des traditionnels supports, pourrait leur permettre de mieux assimiler cette anatomie très spécifique.
*Public a-spécifique : nous risquons le paris que ce puzzle composé de pièces anatomiques aux proportions réelles puisse intéressé un public hors des professions médicales, pour le jeu ainsi que pour le challenge que ce type d’outil propose.
 
== Réalisation ==
 
=== Mise en place ===
Pour pouvoir mettre en place un tel dispositif il nous fallait tout d’abord une imagerie tomodensitométrique d’une main, qui ne présenterait pas d’altération majeure. Ce que nous avions en notre possessions. Une fois les images complètement anonymisées. Nous avons pu commencer le traitement des images.
 
Dans un premier temps nous avons essayé d’exporter les structures osseuses directement depuis le Client (la dénomination de Client correspond à un logiciel appartenant à une grande marque d’outils radiologiques.), ce dernier comportant une fonction d’export de données en .stl. Mais cet essai a été infructueux, en effet, il ne nous a pas été possible d’isoler les structures osseuses. Ainsi, après l’export, nous avons obtenu un espère ce rendu volumique comportant des bouts d’os, des structures musculaires et des artefacts. Ces données n’étaient, en l’état pas du tout exploitables et leur post-traitement aurait été bien trop chronophage, ainsi nous avons décidé d’essayer une autre méthode.
 
Deuxième essai: nous avons commencé par exporter les images depuis le Client en format .dcm (le format .dcm correspond au standard médical DICOM - Digital Imaging and Communications in Medicine -). Ce format nous donne la possibilité de travailler les images sur Osirix (Osirix est un viewer dédié à l’imagerie médicale. Accès: http://www.osirix-viewer.com/). Sur ce support nous avons:
*Effectué une reconstruction MIP (maximum intensity projection) : ce qui nous a permi de faire “apparaître” les os ou tout du moins d'effacer les structures autres que les os.
*Effectué une segmentation semi-automatique sur les structures osseuses, ce qui n’a malheureusement pas marché (à la suite de cette manipulation nous avons obtenu une structure, tronquée, de l’ensemble des os, sans possibilité de les séparer. Ce qui ne nous était pas utile).
*Pour remédier à ce problème, nous avons isolé un à un les os composant la main, puis avons effectué une segmentation semi-automatique sur chacun des structures.
*Ensuite, nous avons transformé ces données en une succession de rendus volumiques que nous avons exportés un à un en .stl.
Pour pouvoir exporter convenablement les .stl, nous avons également utilisé le logiciel DeVide qui nous a permi d’une part de segmenter l’objet, de le lisser et pour terminer de réparer d’éventuelles mailles cassées.
 
Une fois tous les .stl obtenus, nous avons crée un repertoire dans lequel nous avons méthodiquement archivé les données obtenues, histoire de ne pas confondre.
 
=== Prototypage ===
Les dimensions ne sont pas forcément respectées.
<gallery>
Carpe.jpg|Os du carpe
Metacarpe.jpg|Métacarpes
Phalange.jpg|Phalanges
</gallery>
 
=== Impression ===
Reste à faire
*Donner aux structures leurs dimensions réelles (2x la taille anatomique)
*Mettre en place les os dans le logiciel d’impression
#Plan 1 : Carpe
#Plan 2 : Métacarpe
#Plan 3 : Phalanges

Version du 9 novembre 2015 à 16:42

Introduction

Participantes: Kim Schmidt & Alexandra Theubet - VOLT

Working title du projet: Les os de la main

Nous avons décidé d’axer notre kit pédagogique sur une réflexion sur l’anatomie humaine. En effet, nous sommes toutes les deux issues du milieu médical (respectivement nutrition et diététique (ND) et technique en radiologie médicale (TRM)). Nous avons prit l’exemple de la main humaine, dont l’anatomie est apprise par les étudiants HES dès leur année de module complémentaire (année propédeutique).

Principe

Le kit pédagogique est composé de 27 pièces (9 carpe, 5 métacarpes et 14 phalanges). Le but de ce type de kit est de:

  • Permettre aux utilisateur de manipuler les os de la main (et par voie de conséquence se rendre compte des dimensions proportionnées, des articulations possibles ainsi que de la forme réalle des os)
  • Permettre aux utilisateurs, grâce à un système qu’il nous faut encore mettre en place, de recréer la main ainsi que les articulations qui la composent (ce qui leur permet de se représenter les os, leurs emplacements et leurs articulations)
  • Permettre aux étudiants de manipuler les os de la main comme ils pourraient le faire avec les os du crâne dont il existe un grand nombre de modélisations sur le marché.

Idée de base

De part leur cursus, les étudiants TRM apprennent, avec précision l’anatomie de la main (os, tendons, muscles et autres structures). Cet apprentissage se fait très tôt dans leur cursus, ceci à cause de l’incidence de réalisation de l’imagerie de la main dans la vie sur le terrain. En effet, après les examens du thorax, le membre supérieur est la zone qui est le plus réalisée en radiodiagnostic. Ainsi les étudiants, et les professionnels de l’imagerie médicale se doivent d’avoir des bases très solides en matière d’anatomie.

Public cible

Comme mentionné auparavant, le public cible peut être spécifique au monde médical (professionnels ou étudiants) ou non.

  • Professionnel de la santé : ce kit pédagogique pourrait leur permetre de reprendre les aspects complexes des os de la main (articulations, facettes, sens,...). De plus pour des professionnels qui auraient un pied dans l’enseignement, ce kit pourrait être utilisé comme support pédagogique à l’enseignement de l’anatomie et/ou de l’imagerie radiologique de la main.
  • Étudiants en profession de la santé: ce kit pourrait permettre à des étudiants de la santé d’accroître leurs connaissances en anatomie de la main. En effet, le fait d’utiliser ce type de support, en plus des traditionnels supports, pourrait leur permettre de mieux assimiler cette anatomie très spécifique.
  • Public a-spécifique : nous risquons le paris que ce puzzle composé de pièces anatomiques aux proportions réelles puisse intéressé un public hors des professions médicales, pour le jeu ainsi que pour le challenge que ce type d’outil propose.

Réalisation

Mise en place

Pour pouvoir mettre en place un tel dispositif il nous fallait tout d’abord une imagerie tomodensitométrique d’une main, qui ne présenterait pas d’altération majeure. Ce que nous avions en notre possessions. Une fois les images complètement anonymisées. Nous avons pu commencer le traitement des images.

Dans un premier temps nous avons essayé d’exporter les structures osseuses directement depuis le Client (la dénomination de Client correspond à un logiciel appartenant à une grande marque d’outils radiologiques.), ce dernier comportant une fonction d’export de données en .stl. Mais cet essai a été infructueux, en effet, il ne nous a pas été possible d’isoler les structures osseuses. Ainsi, après l’export, nous avons obtenu un espère ce rendu volumique comportant des bouts d’os, des structures musculaires et des artefacts. Ces données n’étaient, en l’état pas du tout exploitables et leur post-traitement aurait été bien trop chronophage, ainsi nous avons décidé d’essayer une autre méthode.

Deuxième essai: nous avons commencé par exporter les images depuis le Client en format .dcm (le format .dcm correspond au standard médical DICOM - Digital Imaging and Communications in Medicine -). Ce format nous donne la possibilité de travailler les images sur Osirix (Osirix est un viewer dédié à l’imagerie médicale. Accès: http://www.osirix-viewer.com/). Sur ce support nous avons:

  • Effectué une reconstruction MIP (maximum intensity projection) : ce qui nous a permi de faire “apparaître” les os ou tout du moins d'effacer les structures autres que les os.
  • Effectué une segmentation semi-automatique sur les structures osseuses, ce qui n’a malheureusement pas marché (à la suite de cette manipulation nous avons obtenu une structure, tronquée, de l’ensemble des os, sans possibilité de les séparer. Ce qui ne nous était pas utile).
  • Pour remédier à ce problème, nous avons isolé un à un les os composant la main, puis avons effectué une segmentation semi-automatique sur chacun des structures.
  • Ensuite, nous avons transformé ces données en une succession de rendus volumiques que nous avons exportés un à un en .stl.

Pour pouvoir exporter convenablement les .stl, nous avons également utilisé le logiciel DeVide qui nous a permi d’une part de segmenter l’objet, de le lisser et pour terminer de réparer d’éventuelles mailles cassées.

Une fois tous les .stl obtenus, nous avons crée un repertoire dans lequel nous avons méthodiquement archivé les données obtenues, histoire de ne pas confondre.

Prototypage

Les dimensions ne sont pas forcément respectées.

Impression

Reste à faire

  • Donner aux structures leurs dimensions réelles (2x la taille anatomique)
  • Mettre en place les os dans le logiciel d’impression
  1. Plan 1 : Carpe
  2. Plan 2 : Métacarpe
  3. Plan 3 : Phalanges