« Séquence du gène de protéines sur chromosomes » : différence entre les versions

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=== 1) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains. ===
== 1) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains. ==
Proposition d'exemples  EPO, INS, AMY1A, HIST1H4A, CFTR, GH1, MC1R, TP53,  ATP5F1A, AVPR1A, COL1A1, CYTB, OPN1LW, RHO , GULOP(pseudogène).
Proposition d'exemples  EPO, INS, AMY1A, HIST1H4A, CFTR, GH1, MC1R, TP53,  ATP5F1A, AVPR1A, COL1A1, CYTB, OPN1LW, RHO , GULOP(pseudogène).


===== Procédure =====
== Procédure ==
Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]
Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]


Choisir l'espèce humaine dans l'arborescence,  
Situer l'espèce (p. ex. humaine) dans l'arborescence, puis la choisir. 
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* Taper le nom du gène ( p. ex. CFTR),  
* Taper le nom du gène en anglais (p. ex. insulin) une référence indirecte (p. ex. la pathologie : cystic) ou son code abrégé ( p. ex. CFTR),  
* Le gène s'affiche (bande verte avec le nom du gène au-dessus), le chromosome correspondant est encadré dans l'encadré à gauche.   
** On peut trouver le code à partir du nom du gène sur [https://www.uniprot.org/ UniProt] 
* On peut le situer sur le chromosome en examinant le schéma du chromosome en haut et le repère de la zone agrandie : trait vertical bleu assez fin[[Fichier:GDV-CFTR-seq.jpg|vignette]]
* Le gène s'affiche (bande verte ou bleue avec le nom du gène au-dessus), le chromosome correspondant est entouré d'un cadre vert  dans l'encadré à gauche.   
* On peut situer la position du gène sur le chromosome en examinant le schéma du chromosome en haut et le repère de la zone agrandie : trait vertical bleu assez fin ( parfois il faut bien chercher…) [[Fichier:GDV-CFTR-seq.jpg|vignette]]


===== ''Ce qu'on peut obtenir ex  les résultats d'une classe : synthèse par un élève'' =====
== ''Ce qu'on peut obtenir :  p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' ==
''La séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains, on a pu le confirmer grâce à Genome Data Viewer :''
''La séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains, on a pu le confirmer grâce à Genome Data Viewer :''
* ''Pour l’EPO : il se trouve sur le chromosome 7, sur le bras long et approximativement au milieu de celui-ci.''
* ''Pour l’EPO : il se trouve sur le chromosome 7, sur le bras long et approximativement au milieu de celui-ci.''
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* ''Pour MC1R : Il se trouve sur le  chromosome 16, à l’extrémité droite du gène.''
* ''Pour MC1R : Il se trouve sur le  chromosome 16, à l’extrémité droite du gène.''
* ''Pour GULOP ( pseudogène) : ce pseudogène est repérable sur le chromosome 8, sur le bras court.''
* ''Pour GULOP ( pseudogène) : ce pseudogène est repérable sur le chromosome 8, sur le bras court.''
== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==
* Exemples ici …
[[Catégorie: BioInfoScenarios]]
[[Catégorie: BioInfoScenarios]]

Version du 13 mars 2020 à 10:10

1) Éprouver que la séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains.

Proposition d'exemples EPO, INS, AMY1A, HIST1H4A, CFTR, GH1, MC1R, TP53, ATP5F1A, AVPR1A, COL1A1, CYTB, OPN1LW, RHO , GULOP(pseudogène).

Procédure

Ouvrir Genome data Viewer GDV ici

Situer l'espèce (p. ex. humaine) dans l'arborescence, puis la choisir.

GdV-HS-parmi-sp.jpg
  • Taper le nom du gène en anglais (p. ex. insulin) une référence indirecte (p. ex. la pathologie : cystic) ou son code abrégé ( p. ex. CFTR),
    • On peut trouver le code à partir du nom du gène sur UniProt
  • Le gène s'affiche (bande verte ou bleue avec le nom du gène au-dessus), le chromosome correspondant est entouré d'un cadre vert dans l'encadré à gauche.
  • On peut situer la position du gène sur le chromosome en examinant le schéma du chromosome en haut et le repère de la zone agrandie : trait vertical bleu assez fin ( parfois il faut bien chercher…)
    GDV-CFTR-seq.jpg

Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

La séquence du gène de quelques protéines est repérable sur les chromosomes humains, on a pu le confirmer grâce à Genome Data Viewer :

  • Pour l’EPO : il se trouve sur le chromosome 7, sur le bras long et approximativement au milieu de celui-ci.
  • Pour l’INS : il se situe sur le chromosome 11, à l’extrémité distale du brin court, dans la région 105.
  • Pour l’AMY1A : on retrouve le gène AMY1A sur le chromosome 1.
  • Pour l’HIST1H4A : il est repérable sur le chromosome 6,. sur le bras court.
  • Pour CFTR : on le retrouve sur le chromosome 7 chez l’homme ( et sur le chromosome 6 chez la souris )
  • Pour GH1 : Ce gène se situe sur le chromosome 17, sur le long brin à l’extrémité.
  • Pour MC1R : Il se trouve sur le chromosome 16, à l’extrémité droite du gène.
  • Pour GULOP ( pseudogène) : ce pseudogène est repérable sur le chromosome 8, sur le bras court.

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

  • Exemples ici …
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