Pääbo-17/8 chap5
Chapitre n°5, Frustrations humaines, Tim et Antoine
Le chapitre en deux mots
Dans ce chapitre, on nous montre le cheminement et les obstacles que l'auteur a parcouru pour en arriver à séquencer le génome du Neandertal.
Svante Pääbo cherche en premier lieu à améliorer ses connaissances de récupération et d'analyse d'ADN ancien. Pour cela, lui et son équipe tentent de tracer l'origine d'une espèce disparue de paresseux géants. Il obtient par l’intermédiaire d'un musée un échantillon d'os de paresseux géant et séquence son génome. Il établit son lien de parenté avec une espèce actuelle de paresseux. Quelques années plus tard, Pääbo tente le défi de séquencer le génome d'humain ayant vécu il y a quelque milliers d'années. Il succède a récupérer un échantillon d'Otzi congelé depuis 5'300 ans. Cependant il est rapidement confronté au problème de la proximités génétique entre les échantillons et l'homme actuel. En effet les échantillons prélever sont souvent contaminer par les humains les ayant manipuler et le génome des échantillons est trop proche des humains actuel pour être différencié. Sa solution est donc de séquencer le Neandertal dont l'ADN est assez éloigné pour être différencié.
Lorsqu'il séquence le génome d'Otzi, son génome est trop récent à l'échelle de l'évolution pour être différencié. En effet 5'300 ans sont trop trop cours pour que le génome ait le temps de changer.
La solution qu'il prend est séquencer un génome bien plus ancien, celui du Neandertal.
Mots clés
Paresseux géants; Technique de récupération d'ADN; proximité génique; contamination d'ADN
Aspects
Raisonnement
La premiere partie de son raisonnement consiste à comparer la parenté entre une espèce disparu de paresseux et deux espèces de paresseux vivant de nos jours. Les résultat ont prouvé qu'une des variété de paresseux actuel est plus proche des paresseux géants que de l'autre espèce vivant actuellement alors qu'ils sont bien plus proche physiquement de ces derniers. Cela montre que le phénotype ne témoigne pas d'une proximité génétique et qu'ils existent des évolutions qui convergent sur des caractéristiques similaires. L'ADN serait donc un moyen plus fiables d'établir la parenté des espèces.
Pour séquencer des restes humains c'est plus délicat car la contamination des échantillons est fréquentes. Il devient donc difficile de différencier entre l'ADN humain qui contamine et L'ADN de l'échantillon. Pour cela Ils tentent de séquencer l'ADN ancien d'indien d'Amérique. Cet ADN contient des particularités qui permet de différencier de l'ADN européens.
Lorsqu'ils réussissent à séquencer
Technologies de laboratoire
Le séquençage est utilisé à plusieurs reprises dans ce chapitre. On l'utilise afin de séquencer l'ADN ancien. C'est un procédé qui a pour but de déterminer l'ordre des bases azotées. Il est utilisé dans ce chapitre sur les échantillons de paresseux géants et des restes d'Amérindien. La technique de "l'horloge moléculaire" est également présent. Cette technique consiste a calculer le nombre de différence et de mutation d'ADN en comparant au groupe animaliers afin de déterminer afin de déterminer l'ancienneté d'un échantillon.
La PCR ou Polymerase Chain Reaction consiste a multiplier un échantillon d'ADN. Le brin est chauffé pour être séparé et les ARN polymerase vont compléter le brin pour les multiplier. Cependant il peut y avoir un effet de "jumping PCR". Cela consiste à une erreur de la polymerase qui associe les fragments d'ADN dans un mauvais ordre.
Nature des sciences
Ce chapitre nous montre réellement l'importance pour un scientifique de construire un réseau social afin d'avoir accès a divers échantillon ou données. Pour obtenir des échantillons d'ADN anciens comme celui du paresseux géants, Pääbo doit passer par un contact dans musée ou alors pour obtenir de simple information. C'est comme cela qu'il à pu obtenir un échantillon du néandhertal. Il l'a obtenu en étant honnête avec Ralph Schmitz qui était co-responsable du spécimen de Neandertal. Pääbo à répondu que le succès du séquençage était autour des 5%. Schmitz a apprécié son honnêteté et lui a attribué la recherche.
Questions
Est-ce que actuellement les techniques de séquençage permettent de déterminer la parentés d'échantillon humain récent ?
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