Pääbo-17/8 chap11
Chapitre n°11 Le lancement du projet génome, Bareen, Maryam et Zehra
Le chapitre en deux mots
Dans ce chapitre, Pääbo nous parle du début de son projet de séquençage d’ADN de Neandertal. Il lui manque trois éléments pour continuer dans son projet: des machines de séquences 454, fonds financiers et des os néandertaliens de meilleurs qualités. Il rend donc visite à 454 Life Sciences avec son équipe pour signer un contrat de séquençages. Ils décident d'employer la technique du ‘’coups de fusil’’. Avec l’aide d’autres chercheurs, il trouve aussi assez d’aide financière pour son projet. Le groupe fait aussi face à des doutes de contamination car les fragments d'ADN ont été dégradés et ils ne correspondent pas entièrement aux fragments longs de références. Ils ont donc séquencé d’autres fragments qui a laissé place à l’idée qu’il y avait bien de l’ADN ancien de Neandertal présent. Il doit maintenant résoudre le manque des os néandertaliens de bonne qualité.
Mots clés
Séquençage
Contamination
Technique coups de fusils
Os néandertaliens
Fragments d' ADN dégradés
Fragments longs de référence
Aspects
Raisonnement
Comme l'ADN néandertalien est ancien, il a été dégradé donc seuls des fragments courts sont disponibles. Pour la technique que les chercheurs souhaitent utiliser, il est nécessaire d'avoir également des fragments plus longs. Pääbo décide alors de prendre le génome humain comme référencer pour le séquençage. Le problème avec cette approche est qu'elle ne fonctionne pas pour les séquences qui se répètent. Pääbo décide de négliger cela car les parties uniques sont plus intéressantes.De plus, certaines parties du génome ne seraient pas séquencé car les fragments n'existent pas.
Technologies de laboratoire
Dans ce chapitre, Pääbo décide d'utiliser la technique du coup de fusil pour séquencer le génome. Cette technique consiste à séquencer des fragments d'ADN au hasard pour ensuite les regrouper à l'aide des chevauchement. Cette technique permet d'utiliser les fragments courts et longs.
Nature des sciences
Dans ce chapitre, Pääbo insiste sur le rôle important de l'argent en science. Il est nécessaire d'avoir des très grande sommes d'argent pour continuer dans un projet. Le chercheur exprime sa peur de devoir céder son projet à un centre d'étude de génome à cause du manque de fonds.
De plus, il parle aussi de ses problèmes concernant la collaboration avec Eddy Rubin. Il y avait plusieurs désaccord entre les deux chercheurs qui ont amener à des échanges pas productifs. Pääbo a mis fin à cette collaboration à la fin du chapitre en se mettant ainsi à dos un concurrent.
Questions
Si vous devriez relancez ce même projet aujourd'hui, quels sont les changements que vous y apporteriez? (Changement technique, contact avec les gens, procedures)
Y a-t-il un moyen d'être sûr qu'il n'y a aucune contamination?
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