Pääbo-17/8 chap23
Chapitre n°XX, Titre du chapitre et prénoms des élèves
Le chapitre en deux mots
Ce chapitre met essentiellement en avant les correspondances entre l'os de
Mots clés
Aspects
Raisonnement
Après avoir remarqué que la correspondance de l'ADN nucléaire est près de 70% avec le génome humain, l'importance de séquencer ces bibliothèques d'ADN est donc mis en avant dans ce chapitre. Pour cela, on procède à la cartographie de celle-ci. Cette étape n'a pas posé problème grâce aux innovations d’Adrian Briggs qui ont permis de régler la question de dommage chimique. Malgré cela, la concurrence avec l’équipe d’Eddy était importante. En effet, ces derniers travaillent aussi sur le séquençage de ces bibliothèques. C'est pourquoi, les équipes de séquençage on reçu l'ordre de négliger les autres projets afin de séquencer ces bibliothèques le plus rapidement possible.
Ensuite, on assiste à l'analyse de l'ADN de la dent qu’Anatoli leur a donnée pour savoir si celle-ci correspond au même type d’individus que l’os du petit doigt. Après avoir cherché les fragments d’ADNmt et séquencer des fragments d’ADN choisi au hasard dans les bibliothèques, on constate qu’il y a deux petites différences entre l’os et le doigt. Ainsi, on peut conclure qu'il s’agit de deux individus différents mais de même type. De plus, nous remarquons que le taux endogène de la dent était seulement de 0,2% alors que ce taux était plus conséquent chez l’ADN de l’os. L’hypothèse proposée par Pääbo et ses équipes est la suivante: ce dernier se serait dessécher rapidement après sa mort réduisant ainsi la dégradation de l'ADN par des enzymes et stoppant la prolifération des bactéries. Maintenant qu'on sait que la dent provient du même type d'humain que le doigt, Bence se lance dans l'analyse de sa morphologie. Il constate des différence morphologique présents dans la couronne et dans les racines. De plus, sa taille est décrite comme 50% plus grande que les molaire chez les humains. Ces observations laissent penser que la population de Denisova était distincte des hommes de Néandertal et des humains modernes. Les ancêtres des individus de Denisova aurait donc divergé plus tôt. Pour en être sûr, une analyse du génome nucléaire s'imposait. Cela ne devrait pas prendre trop de temps grâce aux programmes informatiques élaborée pour étudier le génome néandertalien mais Pääbo craignait toujours que la concurrence soit plus rapide. C'est pourquoi, il a confié ce projet au consortium X-Woman, composé de David Reich, de Nick Patterson et de Monty Slatkin. Ces derniers ont trouvé que le génome nucléaire de l'os du doigt de Denisova était plus proche du génome des hommes de Néandertal que celui des hommes d'aujourd'hui. L'hypothèse de flux génétique est une hypothèse raisonnable qui permettrait d'expliquer qu'un flux de gènes venu d'un autre homininé d'Asie, plus ancien, aurait introduit cet ADNmt chez les individus de Denisova. La deuxième découverte repose sur le fait que l'individu de Denisova partage plus d'allèles SNP dérivés avec le Papou qu'avec le Chinois, l'Européen, et les deux Africains. Ed confirme que X-Woman est bien une femme par la quasi-absence de fragment du chromosome Y et ainsi que la contamination par de l'ADN nucléaire masculin était faible. De plus, il affirme, lorsqu'il examine la divergence des séquences d'ADN de l’individu de Denisova avec le génomes humain et néandertalien, que l'individu de Denisova et l'homme de Néandertal étaient plus proches l'un de l'autre que des humains modernes. Il est alors évident que ces populations, nommé les Dénisoviens, se sont séparées des Néandertaliens avant que ces derniers aient un lien avec les humains modernes. Le lien entre les Papou et ces populations reste inexpliqué. C'est pourquoi, il a été nécessaire de séquencer plus d'individus contemporains. Parmi ces individus, on retrouve des individus dont on ne suspecte aucun lien avec les Dénisoviens ( Africain Mbuti, et un européen de Sardaigne), des individus susceptible de les avoir rencontrés dans le passé: un Mongole d'Asie centrale, un Cambodgien et un Karitiana d'Amérique du sud. A cela, s'ajoute des séquence de deux Mélanésiens à savoir un second papou et une personnes de l'ile de Bougainville. Ces séquences ont affirmé le lien entre le génome denisoviens et des Mélanésiens et ont permis d'ajouter que la présence de variante séquentielles ancestrales étaient plus présente dans le génome dénisovien que chez le génome des Néandertaliens ce qui expliquerait un flux de gènes d'une forme humain archaïque. Mais, Nick et Monty ont peur que cela ne soit causé que par des erreurs de manipulation comme il s'agit de deux génome très ancien. Pääbo était impatient et ne voulait plus attendre pour publier les recherches faites jusqu'ici sans mentionner le lien avec les Papou. Une nouvelle fois, le monde scientifique ne permet pas des imprécisions dans ce genre car cela peut couter trop cher à la réputation et à la crédibilité de l'article. Alors, il fallait continuer à se pencher sur la question Papou. Nick prouve alors que le lien existe bien entre les deux et que cela n'était pas dû à des erreurs techniques puisqu'il a comparé le génome dénisovien à une base de donnée publique : human Genome Diversity Panel et a découvert les individus de la Papouasie-Nouvelle-Guinée et de Bougainville était plus proche du gnome dénisovienn
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Nature des sciences
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