« SNP fréquents - changements d'une seule base » : différence entre les versions
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[[Fichier:SNP-rs1545397-OCA2-in-GDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base |vignette|Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base]] | [[Fichier:SNP-rs1545397-OCA2-in-GDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base |vignette|Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base]] | ||
* Si nécessaire zoomer à la séquence (icone <small>A</small><big>T</big><small>G</small>), | * Si nécessaire zoomer à la séquence (icone <small>A</small><big>T</big><small>G</small>), | ||
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* Observer les SNP en bleu noter leur fréquence | * Observer les SNP en bleu noter leur fréquence | ||
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* -> cliquer sur le SNP choisi [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?cfg= | * -> cliquer sur le SNP choisi, | ||
* ou le chercher en introduisant son identifiant dans la case search assembly en haut à gauche [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?cfg=NCID_1_30390688_130.14.18.128_9146_1664178148_2551304434 solution]] <small>valable 90 jours depuis le 25.09.22</small> | |||
* Repérer la base qui change T<->C dans ce cas | * Repérer la base qui change T<->C dans ce cas | ||
== ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == | == ''Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe '' == | ||
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== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | == Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer == | ||
Afin d'aider les élèves à imaginer ce qu'est un SNP, pourrait précéder : | |||
* [[Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array|Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)]] | |||
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Version du 26 septembre 2022 à 09:50
Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
Procédure
Ouvrir Genome data Viewer GDV ici
Préalable trouver une séquence d'un gène : Séquence du gène de protéines sur chromosomes
- Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR
- [Solution]
- Si nécessaire zoomer à la séquence (icone ATG),
- Observer les SNP en bleu noter leur fréquence
- En choisir un (par exemple rs1228922204)
- -> cliquer sur le SNP choisi,
- ou le chercher en introduisant son identifiant dans la case search assembly en haut à gauche [solution] valable 90 jours depuis le 25.09.22
- Repérer la base qui change T<->C dans ce cas
Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe
Ajoutez votre exemple
Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer
Afin d'aider les élèves à imaginer ce qu'est un SNP, pourrait précéder :
Références
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB