« SNP fréquents - changements d'une seule base » : différence entre les versions

De EduTech Wiki
Aller à la navigation Aller à la recherche
 
(3 versions intermédiaires par le même utilisateur non affichées)
Ligne 6 : Ligne 6 :
====== Préalable trouver une séquence d'un gène : [[Séquence du gène de protéines sur chromosomes]] ======
====== Préalable trouver une séquence d'un gène : [[Séquence du gène de protéines sur chromosomes]] ======


* Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR  
* Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?id=GCF_000001405.40 Solution]]
* [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?id=GCF_000001405.40 Solution]]
[[Fichier:SNP-rs1545397-OCA2-in-GDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base|vignette]]
[[Fichier:SNP-rs1545397-OCA2-in-GDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base |vignette|Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base]]
* Si nécessaire zoomer à la séquence (icone <small>A</small><big>T</big><small>G</small>),
* Si nécessaire zoomer à la séquence (icone <small>A</small><big>T</big><small>G</small>),


Ligne 14 : Ligne 13 :
* En choisir un  (par exemple rs1228922204)
* En choisir un  (par exemple rs1228922204)
* -> cliquer sur le SNP choisi,  
* -> cliquer sur le SNP choisi,  
* ou le chercher en introduisant son identifiant dans la case searhc assembl en haut à gauche [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?cfg=NCID_1_30390688_130.14.18.128_9146_1664178148_2551304434 solution]] <small>valable 90 jours depuis le 25.09.22</small>
* ou le chercher en introduisant son identifiant dans la case search assembly en haut à gauche [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs947311024 solution]] <small>valable 90 jours depuis le 25.09.22</small>
* Repérer la base qui change T<->C dans ce cas  
* Repérer la base qui change A<->G dans ce cas


== ''Ce qu'on peut obtenir :  p. ex,  synthèse par un élève des résultats avec une classe ''  ==
== ''Ce qu'on peut obtenir :  p. ex,  synthèse par un élève des résultats avec une classe ''  ==
''Ajoutez votre exemple''


== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==
== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==
[https://edutechwiki.unige.ch/fr/SNP_fr%C3%A9quents_-_changements_d%27une_seule_base]Afin d'aider les élèves à imaginer ce qu'est un SNP, pourrait précéder :  
Afin d'aider les élèves à imaginer ce qu'est un SNP, pourrait précéder :  


* [[Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array|Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)]]
* [[Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array|Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)]]
*


===== Références =====
===== Références =====

Dernière version du 27 février 2024 à 10:16

Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR

Procédure

Ouvrir Genome data Viewer GDV ici

Préalable trouver une séquence d'un gène : Séquence du gène de protéines sur chromosomes
  • Afficher la séquence d'une protéine à choix : p. ex CFTR [Solution]
Séquence du gène CFTR avec le SNP rs1228922204 sélectionné, mettant en évidence le changement d'une base
  • Si nécessaire zoomer à la séquence (icone ATG),
  • Observer les SNP en bleu noter leur fréquence
  • En choisir un (par exemple rs1228922204)
  • -> cliquer sur le SNP choisi,
  • ou le chercher en introduisant son identifiant dans la case search assembly en haut à gauche [solution] valable 90 jours depuis le 25.09.22
  • Repérer la base qui change A<->G dans ce cas

Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

Ajoutez votre exemple

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

Afin d'aider les élèves à imaginer ce qu'est un SNP, pourrait précéder :

Références

Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB

Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement