« Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces » : différence entre les versions

De EduTech Wiki
Aller à la navigation Aller à la recherche
m (mise à jour)
m (editing)
Ligne 12 : Ligne 12 :
Uniprot va chercher toutes les entrées dans lesquelles on trouve le terme ''CFTR [https://www.uniprot.org/uniprot/?query=CFTR&sort=score solution] : la liste est énorme.''  
Uniprot va chercher toutes les entrées dans lesquelles on trouve le terme ''CFTR [https://www.uniprot.org/uniprot/?query=CFTR&sort=score solution] : la liste est énorme.''  


''Cliquer Restrict term "insulin" to ....Protein name et cliquer Filter by puis "reviewed" [http://www.uniprot.org/uniprot/?query=%28name%3Ainsulin%29+AND+reviewed%3Ayes solution (Insuline)] ,  [https://www.uniprot.org/uniprot/?query=name%3ACFTR+AND+reviewed%3Ayes&sort=score solution CFTR]''  
''Cliquer Restrict term to ....Protein name et cliquer Filter by puis "reviewed" [http://www.uniprot.org/uniprot/?query=%28name%3Ainsulin%29+AND+reviewed%3Ayes solution (Insuline)] ,  [https://www.uniprot.org/uniprot/?query=cftr&columns=id%2Centry%20name%2Creviewed%2Cprotein%20names%2Cgenes%2Corganism%2Clength&sort=score solution CFTR] NB: le gène a un synonyme abcc7''


''N.B. Le nom de la'' protéine  (cf [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FLO/Liste_prot_evol.html liste d'exemples]) ''diffère souvent du nom du'' gène''. Il vaut mieux chercher par le nom du'' gène ''pour retrouver une protéine. UniProtKB est une banque de données sur les protéines : les informations sont focalisées sur les séquences protéiques mais la liste des noms de gènes est toutefois exhaustive.''  
''N.B. Le nom de la'' protéine  (cf [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FLO/Liste_prot_evol.html liste d'exemples]) ''diffère souvent du nom du'' gène''. Il vaut mieux chercher par le nom du'' gène ''pour retrouver une protéine. UniProtKB est une banque de données sur les protéines : les informations sont focalisées sur les séquences protéiques mais la liste des noms de gènes est toutefois exhaustive.''[[Fichier:Uniprot-selected-ins-div-sp.jpg|alt=sélection de protéines dans unprot KB|vignette]]
 
En haut de la liste : l'entrée pour l'insuline      humaine INS_HUMAN : P01308 [http://www.uniprot.org/uniprot/P01308 Solution].[[Fichier:Uniprot-selected-ins-div-sp.jpg|alt=sélection de protéines dans unprot KB|vignette]]


=== Sélectionner la même protéine chez plusieurs organismes  ===
=== Sélectionner la même protéine chez plusieurs organismes  ===

Version du 27 mars 2020 à 17:08

Preuve de l'évolution par la comparaison de séquences de protéines chez différentes espèces

Procédure

Trouver les entrées pour insuline de plusieurs espèces dans la banque de données UniProtKB

UniProtKB contient toutes les protéines répertoriées à partir des données publiques (~180 millions début 2020).

N. B. : En principe on utilise les séquences protéiques : elles sont plus pertinentes du point de vue évolutif (phénotype). Ici nous travaillons avec la CFTR qui cause la mucoviscidose quand elle est défectueuse, mais d'autres protéines peuvent être employées (cf liste d'exemples)

Aller sur UniProtKB dans Query taper CFTR. Il faut taper le nom du gène ( même si c'est une base de protéines : )

Uniprot va chercher toutes les entrées dans lesquelles on trouve le terme CFTR solution : la liste est énorme.

Cliquer Restrict term to ....Protein name et cliquer Filter by puis "reviewed" solution (Insuline) , solution CFTR NB: le gène a un synonyme abcc7

N.B. Le nom de la protéine (cf liste d'exemples) diffère souvent du nom du gène. Il vaut mieux chercher par le nom du gène pour retrouver une protéine. UniProtKB est une banque de données sur les protéines : les informations sont focalisées sur les séquences protéiques mais la liste des noms de gènes est toutefois exhaustive.

sélection de protéines dans unprot KB

Sélectionner la même protéine chez plusieurs organismes

Sélectionner (cocher) dans cette liste les insulines des espèces qui vous intéressent. Un minimum de 5 est nécessaire si l'on veut ensuite former un alignement de séquences raisonnable. (cf liste d'exemples)

Les séquences son surlignées de jaune et leur nombre dans le bandeau jaune en haut.

(N.B: si on avait sélectionné d'autres séquences auparavant : il faut cliquer Clear dans ce bandeau pour éviter qu'elles restent sélectionnées.)

Si on veut passer à la page suivante il faut mettre ces séquences dans le panier

Produire un alignement

Cliquer le bouton Align en-dessus du bandeau en haut de la liste. Après un temps de plusieurs secondes en général l'alignement est affiché

Alignement de quelques insulines de diverses espèces - similarité activée
Alignement de quelques insulines de diverses espèces - similarité activée

les séquences alignées sont affichées sous forme de tableau avec 60 a.a. par ligne

Une étoile "*" signifie identité ( dans la colonne) pour toutes les séquences alignées. ":" signifie acides aminées qui ont des propriétés physico-chimiques très similaires, "." signifie acides aminées qui ont des propriétés physico-chimiques similaires, un "-" signifie que le le programme d'alignement a introduit un espace ("gap") pour aligner avec des séquences plus longues

Cliquer sur le numéro d'accession en bleu permet de retrouver le nom de l'espèce.

Pour aller plus loin

Cocher la case "Similarity" dans la colonne de gauche : on peut observer que certaines zones sont plus conservées.

Cocher la case "Hydrophobic" : on peut observer des zones susceptibles d'être transmembranaires

Les propriétés chimiques des différents a.a. sont décrites ici

Un tableau de correspondance des codes à 3 lettres et à1 lettre et codons accessible ici .

L'arbre produit en dessous est un 'guided tree'  utilisé  par le programme  pour construire l'alignement, guided tree construit seulement sur la base des différences entre les  séquences

ça je sais pas si c'est encore vrai ??? Pour pouvoir retrouver les noms d'espèce on peut imprimer ou copier-coller le tableau - plus haut dans la même page - donnant les noms des espèces en rapport avec le numéro d'accession.

Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement