Voir la source de Expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse

== Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris) ==

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En date du 28 février 2024 le site Eurexpress semble inactif.  Les exemples de capture présentés peuvent tout de même servir. 

Dans l'espoir que ce soit temporaire cette page reste disponible. Les ressources nécessaires pour faire tourner les serveurs n'ont pas été renouvelées. 

Julien Roux indique que :"Les données Eurexpress sont integrées dans MGI, on peut faire une recherche par reference: http://www.informatics.jax.org/gxdlit/summary?nomen=&assayType=ANY&_assayType=1&age=ANY&_age=1&author=Diez-Roux+G%3B+&authorScope=any&journal=&year=&text=&inTitle=true&_inTitle=on&inAbstract=true&_inAbstract=on

Ensuite si on clique sur un gène particulier et après 2-3 clicks on peut voir les images, par exemple:    http://www.informatics.jax.org/assay/MGI:4826158#euxassay_013975_01_id 

Pour d'autres organismes comme poisson-zèbre et Drosophile, il y a aussi des bases de données dédiées comme ZFIN et Flybase qui    intègrent des données d'expression, et en particulier des ''in situs'' avec de jolies images

== Procédure ==
* Ouvrir Eurexpress [http://www.eurexpress.org/ee/ -> solution ici]
* Parmi les 18'000 gènes étudiés, on peut choisir le gène dont on  veut visualiser l'expression en introduisant dans le 2ème champ "quick search" All  "for" le symbole ou le nom du gène. P. ex Amy1 pour l'amlayse [http://www.eurexpress.org/ee/databases/tdbsearch?mode=search&standardAtlas=on&getStandardAtlas=yes&multistageAtlas=on&getMultistageAtlas=yes&groupSelection=Group_All&findEverything=no&anatomySetNames=0&expressionStrengthOperator=g&expressionStrengthValue=&coverageOperator=g&coverageValue=&page=&searchField=All&searchValue=amy1&Submit=Go -> solution ici]
* Cliquer la vignette représentant une coupe d'embryon de souris [http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_006206&image=01 -> solution ici]
*On peut choisir (- et +) laquelle des coupes à travers l'épaisseur  de l'embryon (de la gauche à la droite) on veut visualiser. 
* Un curseur permet de régler le degré de Zoom sur la coupe choisie[[Fichier:Coupe-amy1-11j-section10-fleche.jpg|alt=Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène amy1 11j section10  flèche indiquant le pancréas |vignette|210x210px|Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène amy1 11j section10  flèche indiquant le pancréas  ]]
* A gauche un arbre anatomique présente les structures. Les coupes  présentant une expression forte du gène choisi sont indiquées en rouge pour faciliter leur repérage
* Lorsqu’une image est annotée, un code couleur indique le niveau d’expression de ce gène dans les différentes structures et ce code est conservé dans l’arbre anatomique (rouge pour forte expression, jaune pour expression modérée et bleu pour faible expression)
*La coupe elle-même apparait au centre : ici amylase 1 , section10 (presque au centre) avec une forte expression dans le pancréas qui  est bien visible en violet foncé
== Ressources supplémentaires  ==
* Pour observer où chez l'humain (adulte, homme / femme) un gène est exprimé, voir  [[Déterminer les organes exprimant un gène donné|Déterminer les tissus et organes exprimant un gène (humain) donné]]
* Une [http://education.expasy.org/cours/FLO/Liste_prot_evol.html liste de gènes et de leurs protéines] que les élèves pourraient connaitre avec leurs symboles a été établie avec Marie-Claude Blatter du SIB Institut Suisse de Bioinformatique peut donner des idées" .

== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==

=====  Faire découvrir "éprouver" aux élèves que les gènes ne s'expriment pas partout. =====
*[[Fichier:Hemoglo-b-expression.jpg|alt=Coupe d'embryon sur Eurexpress montrant le degré d'expression de l'hémoglobine B |vignette|213x213px|Coupe d'embryon sur Eurexpress montrant le degré d'expression de l'hémoglobine B ]]Prenant un exemple de protéine exprimée de manière très localisée dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on vérifier que l'insuline est produite principalement dans le pancréas ? (Chez la souris)

* On pourrait demander aux élèves de trouver où est exprimé le gène de l'insuline INS 2 ( il y a deux insulines chez la souris et le rat) [http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_005241&image=01 -> solution ici]  

===== La localisation de l'hémoglobine =====
* Destinée a faire découvrir "éprouver" aux élèves que certaines protéines sont exprimée de manière très large dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on trouver où l'hémoglobine est produite ? (Chez l'embryon de souris)

* On choisit Hbb-b1 (symbole de l'hémoglobine bêta "hemoglobin, beta adult major chain")

* Solution  [[http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_013139&image=01 ici]  on trouve qu'elle est exprimée un peu partout dans  l'embryon

===== La myosine : où y a-t-il déjà des muscles dans l'embryon  =====
*[[Fichier:Myosine-expression-13.jpg|alt=Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène  Myh3 14.5j section13 |vignette|198x198px|Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène  Myh3 14.5j section13 ]][[Fichier:Myosine-expression-17.jpg|alt=Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène  Myh3 14.5j section17 |vignette|217x217px|Coupe d'embryon de souris sur Eurexpress montrant l'expression du gène  Myh3 14.5j section17 ]]Dans les deux exemples l'expression était presque unique ou quasi-partout. Un exemple qui contraste par son expression liée à un tissus mais à plusieurs endroits de l'organisme est la Myosine (codée Myh3) exprimée dans les cellules musculaires et représentative des fonctions contractiles. 
* Destinée faire découvrir "éprouver" aux élèves que certaines protéine sont exprimées spécifiquement dans certains tissus dans l'embryon, cette activité esquissée se traduit pour les élèves par la question : Peut-on trouver où la myosine est produite ? (Chez l'embryon de souris)

* On choisit Myh3 [http://www.eurexpress.org/ee/databases/assay.jsp?assayID=euxassay_010874&image=01 ->solution] 
* On voit qu'elle est exprimée fortement dans de nombreux tissus comme la langue, le coeur, etc. Selon les coupes on distingue bien une expression différentielle 

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===== Références =====
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB

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