Etablir l'alignement et une phylogénie

Procédure

Suite à une publication récente (Lemopoulos & Montoya‐Burgos , 2021) et Juan Montoya‐Burgos a sélectionné pour le projet Jump-to-Science quelques exemples de séquences du gène Cilia and flagella associated protein 58

Pour faciliter l'alignement il vous a sélectionné spécialement chez plusieurs espèces la séquences du gène qui code pour: Cilia and flagella associated protein 58. C'est un gène, qui ne possède qu'une copie par espèce (single copy gene), qui montre suffisamment de variation et qui n'est pas trop difficile à aligner.

On trouve cette protéine CFA58 pour de nombreuses espèces sur Uniprot ici , même chez l'humain Q96G28

• Obtenir le fichier texte ici qui content les séquences non-alignées pour le requin (groupe externe) et quelques poissons, en format FASTA (Le code après le nom des espèces correspond à l'ID du gène dans la base de donnée GenBank

Alignment de 22-espèces de poissons sur Uniprot similarity on

Aligner les séquences

• Ouvrir sur UniProt
• Choisir Align
• Coller toutes le texte avec les séquences dans le champ indiqué Protéin sequences (FASTA)
• Cliquer "Run align"
• Après une attente variable de l'ordre de la minute, on obtient un alignement (résultat ici (actif jusqu'à mi juin 21)
  • Observer le grand degré de similarité - visible dans l'image ci-contre et ici

Noter l'arbre en dessous de l'alignement : "Tree" cf. pour la validité de cet arbre Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces)

Un fichier PDF établi par Montoya‐Burgos montrant l'arbre que l'on obtient avec ce gène disponible ici

Il est intéressant de voir que les espèces Hippocampe et PoissonGlobe évoluent plus vite pour ce gène que les autres espèces).ici

Pour aller plus loin

Pour éprouver le degré de similitude de ces espèces et discuter de l'origine commune de ces espèces (cf Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces)

• ajouter les séquences d'autres espèces dans la case "You may add additional sequences to this alignment (FASTA format)
• Cliquer "add sequence and align" pour refaire l’alignement : exemple avec l'humain ici
• Résultat : un extrait avec la similarité ici à corriger c'est cfp 36 par erreur

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

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Références

Lemopoulos, A., & Montoya‐Burgos, J. I. (2021). From scales to armor : Scale losses and trunk bony plate gains in ray‐finned fishes. Evolution Letters, evl3.219. https://doi.org/10.1002/evl3.219 Retour à Bioinformatique : opportunités pour l’enseignement