Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D

Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D (fichier .STL)

Etapes préalables
- Installer UCSF Chimera: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html
- Choisir une protéine pertinente (scénario 15 ici)

Etape 1 Trouver la structure à partir de son code PDB-AC dans la banque de données PDB

Etape 2 Télécharger la structure de la protéine (d'abord en format .pdb)
- ‘Download Files’, choisir PDB Format’

Etape 3 Ouvrir le fichier PDB dans UCSF Chimera
Etape 4 Cacher les structures « internes » Menu ‘Actions’, choisir ‘Hide’-> Ribbon puis choisir ‘Hide’-> Atoms/Bonds
Etape 5 Faire calculer la "surface" de la molécule Menu ‘Actions’ -> ‘Surface, choisir ‘show’ (plusieurs secondes d’attente... La surface est visible et peut être visualisée en 3D virtuelle à l'écran
- Si un message d’erreur indiquant une surface trop complexe, apparaît Menu préférence -> new surface -> paramètre "Probe" réduire (p.ex 1) "Vertex" augmenter (p. ex. 2.5)
Etapes optionnelles:
- Pour supprimer une molécule utilisée pour la cristallisation Menu Select -> residue -> all non-standard Menu Action -> atoms/bonds / hide ou delete Select residue (nucleotides ou aminoacids) Action color -> choisir une couleur pour visualiser Action hide voir Eduardos_Guide_for_Printing_Proteins.pdf pour plus d’options

Etape 6 : Exporter en .STL
- Menu ‘File’ choisir ‘Export Scene’ et sélectionner type de fichier[.stl] Attention les fichiers peuvent être très gros (20-50MB souvent). Compresser Zip les réduit 2-5 fois !
Etape 7
- Copier le fichier .STL sur une clé USB ou un service de cloud

Etape 8
- Aller vers un geek ou un fablab et faire imprimer le fichier STL
  - Faire vérifier que l’impression est possible (ajustements probables, notamment pour que la structure soit "manifold" et l'ajout de supports pour étayer)
    
    Protéine imprimée en 3D (TaqPolymérase) avec les supports qui seront encore enlevés.
- Le SEM propose l’accès à une imprimante 3D