« Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array » : différence entre les versions

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== Procédure ==
== Procédure ==
Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]


Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR   
* Ouvrir Genome data Viewer GDV [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ ici]
 
* Prenez un exemple concret à partir d'un SNP par exemple dans le gène CFTR   
Trouver le gène CFTR  voir ici   
* Trouver le gène CFTR  voir ici   [[Séquence_du_gène_de_protéines_sur_chromosomes]]
[[S%C3%A9quence_du_g%C3%A8ne_de_prot%C3%A9ines_sur_chromosomes]]
* si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp par exemple [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/browser/genome/?cfg=NCID_1_30401770_130.14.18.128_9146_1664178515_197081247 rs1228922204] (<small>lien valable90 jours depuis le 25.09.22)</small> selon ce protocole [[SNP_fréquents_-_changements_d'une_seule_base]]
[[Fichier:SNP-exemple-CFTR-inGDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence |vignette|Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence]]


si nécessaire zoomer à la séquence, choisir un snp
* Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)
par exemple rs1228922204 selon ce protocole [[SNP_fr%C3%A9quents_-_changements_d%27une_seule_base]]
[[Fichier:SNP-exemple-CFTR-inGDV.jpg|alt=Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence |vignette|Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence]]
Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)


-> [[Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)|comment établir des sondes pour le Micro-array]]
-> [[Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)|comment établir des sondes pour le Micro-array]]


NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : il faudrait encore vérifier que ces séquences sont effectivement uniques.  
NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : Si elle cible bien ce SNP, il faudrait encore vérifier que cette séquence est effectivement unique dans le génome - qu'on ne la trouve nulle part ailleurs.  


== ''Ce qu'on peut obtenir :  p. ex,  synthèse par un élève des résultats avec une classe ''  ==
== ''Ce qu'on peut obtenir :  p. ex,  synthèse par un élève des résultats avec une classe ''  ==


== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==
== Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer ==
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===== Références =====
Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB


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[[Catégorie: BioInfoScenarios]]
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Version du 26 septembre 2022 à 08:53

Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)

Procédure

Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence
Séquence du gène CFTR dans GDV avec un snp (rs 113993960) mis en évidence
  • Noter la séquence de référence et celle du SNP (quelques bases de chaque coté pour un total de 25 environ)

-> comment établir des sondes pour le Micro-array

NB: cette procédure simplifiée pour les élèves n'est pas complète : Si elle cible bien ce SNP, il faudrait encore vérifier que cette séquence est effectivement unique dans le génome - qu'on ne la trouve nulle part ailleurs.

Ce qu'on peut obtenir : p. ex, synthèse par un élève des résultats avec une classe

Scénarios pédagogiques où il peut s'intégrer

Références

Scénario établi en partie sur la base des indications scientifiques de M.-C. Blatter du SIB

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