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===== Remerciements =====
===== Remerciements =====
Le DIP ESII pour le soutien à ce projet, le SIB Institut Suisse de Bioinformatique pour les collaborations depuis 2002.  
Le DIP ESII pour le soutien à ce projet, le SIB Institut Suisse de Bioinformatique pour les collaborations depuis 2002.
 
[https://outils.ge.ch/referentiel/formation/CatalogueDescription/PO-425.html Formation continue PO 425] du 12 octobre 2022. activités produites par le SIB ([http://education.expasy.org/cours/PO425/ documents]) scénarios voir ci-dessous
 
Programme
 
13h30 Présentations et [http://tecfa.unige.ch/perso/lombardf/formcont/biolonumerique/Bio-numerique-intro-12-X-22.pptx Introduction] (FL)
 
13h50 Présentation d'une sélection de scénarios et survol des autres scénarios (FL)
 
14h20 Présentation d'une sélection d'activités produites par le SIB et survol des autres (MCB) (documents)
 
14h50 Pause
 
15h05 Ateliers à choix en parallèle a) activités SIB  (MCB) b) scénarios en classe (FL)
 
16h30 Synthèse et bilan
 
17h Fin
 
Le centre est à la Rue de Lyon 58, 1203 Genève https://goo.gl/maps/iUqDBotCwynXGuMi6


==== Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement ====
==== Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement ====
Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents
Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents


===== Des protocoles-élève  =====
===== Des scénarios - protocoles (comment faire)  =====
Principalement techniques, le niveau de formulation et la pédagogie peut être adaptés en fonction du public et des approches de l'enseignant.e.
Principalement techniques, le niveau de formulation et la pédagogie peuvent être adaptés en fonction du public et des approches de l'enseignant.e.
*# [[Séquence du gène de protéines sur chromosomes|Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est repérable sur les chromosomes humains (quelques exemples).]]
# [[Séquence du gène de protéines sur chromosomes|Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est repérable sur les chromosomes humains (quelques exemples).]]
*# [[Séquence gène constituée ATCG|Éprouver que la séquence]] des gènes codant pour les protéines est bien constituée de ATCG (quelques exemples)
# [[Séquence gène constituée ATCG|Éprouver que la séquence]] des gènes codant pour les protéines est bien constituée de ATCG (quelques exemples)
*# [[Génome pas constitué de gènes seulement|Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes]]  
# [[Génome pas constitué de gènes seulement|Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes]]  
*# [[Gènes constitués d'Introns et d'Exons|Éprouver que beaucoup de gènes sont constitués d'Introns et d'Exons]]
# [[Gènes constitués d'Introns et d'Exons|Éprouver que beaucoup de gènes sont constitués d'Introns et d'Exons]]
*# [[Limite introns-exons pas discernable|Éprouver que la limite introns-exons n'est pas discernable aisément]]
# [[Limite introns-exons pas discernable|Éprouver que la limite introns-exons n'est pas discernable aisément]]
*# [[Éprouver que l'origine de réplication est une séquence de bases|Éprouver que l'origine de transcription est une séquence de bases]]  
# [[Éprouver que l'origine de réplication est une séquence de bases|Éprouver que l'origine de transcription est une séquence de bases]]  
*# [[SNP fréquents - changements d'une seule base|Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR]]
# [[SNP fréquents - changements d'une seule base|Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR]]
*# [[Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array|Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)]]
# [[Choisir les sondes pour tester SNP sur micro-array|Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)]]
*# [[Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)|Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour  déterminer un SNP spécifique ( la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose)  dans une puce à ADN (µ-array)]]
# [[Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)|Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour  déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)]]
*# [[Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.|Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.]]
## [[Choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)#Déterminer un SNP spécifique (la ∂F508 cause la plus fréquente de la mucoviscidose), ses caractéristiques, sa structure pour l'imprimer|Eprouver comment un SNP (mutation ∂F508) est la cause la plus fréquente de mucoviscidose)]]
*# [[Les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées|Éprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées]]
# [[Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.|Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.]]
*# [[Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un  satellite  sur le chr 1]]
# [[Les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées|Éprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées]]
*# [[Former un schéma du gel pour une empreinte ADN à partir des séquences répétées|Variante  Former un schéma du gel pour  une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes]]
# [[Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un  satellite  sur le chr 1]]
*# [[L'extrémité des chromosomes constitués de télomères|Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères]]
# [[Former un schéma du gel pour une empreinte ADN à partir des séquences répétées|Variante  Former un schéma du gel pour  une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes]]
*# [[Déterminer les organes exprimant un gène donné|Déterminer les tissus et organes exprimant un gène (humain) donné]]  
# [[L'extrémité des chromosomes constitués de télomères|Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères]]
*# [[Expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse|Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris)]]  
# [[Déterminer les organes exprimant un gène donné|Déterminer les tissus et organes exprimant un gène (humain) donné]]  
*# [[Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces]]
# [[Expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse|Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris)]]  
*# [[Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante|Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante]]
# [[Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces]]
*# [[Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D]](.STL)
# [[Etablir l'alignement et une phylogénie]]
*# [[Éprouver le lien entre  structure, séquence et fonction d'une protéine]]
# [[Trouver la date de divergence évolutive|Trouver la date de divergence évolutive de deux espèces]]
*# [[Prédire la répartition des espèces à partir de mesures et des valeurs écologiques ?|Peut-on prédire la répartition des espèces végétales à partir de  mesures physicochimiques et des valeurs écologiques  Landolt ? (et réciproquement ?)]]  
# [[Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante|Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante]]
*# [[Eprouver le rôle central des protéines dans le fonctionnement normal et la maladie|Éprouver le rôle central des protéines dans le fonctionnement normal et la maladie]]   
# [[Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D]](.STL)
*# [[Trouver des séquences virales dans le génome humain]]   
# [[Éprouver le lien entre  structure, séquence et fonction d'une protéine]]
# [[Prédire la répartition des espèces à partir de mesures et des valeurs écologiques ?|Peut-on prédire la répartition des espèces végétales à partir de  mesures physicochimiques et des valeurs écologiques  Landolt ? (et réciproquement ?)]]  
# [[Eprouver le rôle central des protéines dans le fonctionnement normal et la maladie|Éprouver le rôle central des protéines dans le fonctionnement normal et la maladie]]   
# [[Trouver des séquences virales dans le génome humain]]   


===== Des exemples d'insertions possibles dans les programmes  =====
===== Des exemples d'insertions possibles dans les programmes  =====
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* [[Activités Bioinfo dans d'autres chapitres|Autres : insertions possible des activités de biologie numérique]]
* [[Activités Bioinfo dans d'autres chapitres|Autres : insertions possible des activités de biologie numérique]]


===== D'autres activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique =====
===== Activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique =====
*[http://education.expasy.org/bioinformatique/ Ateliers de bioinformatique]
*[http://education.expasy.org/bioinformatique/ Ateliers de bioinformatique]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier1.html SIB-1. Des chromosomes et des gènes]
**[http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier1.html Atelier-1. Des chromosomes et des gènes]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier2.html SIB-2. Protéines et Drug Design]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier2.html Atelier-2. Protéines et Drug Design]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier3.html SIB-3. Phylogénie, biodiversité et pizza ...]
*** Une publication (EN) qui reprend toutes les activités en détail [https://f1000research.com/documents/9-1412 (lien)]
*** [http://education.expasy.org/bioinformatique/PizzaMetagenomic.html '''Pizza métagénomqiue''']
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier3.html Atelier-3. Phylogénie, biodiversité et pizza ...]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/pdfs/A_vous_de_jouer.pdf SIB-4. Médecine de précision et profil génétique]
***[http://education.expasy.org/bioinformatique/PizzaMetagenomic.html '''Pizza métagénomqiue''']
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Coronavirus_proteines.html SIB-5. Coronavirus et protéines...]
*** [https://education.expasy.org/cgi-bin/philophylo/philophylo.cgi PhiloPhylo]: construire des alignements de séquences et des arbres phylogénétiques facilement
*** '''[http://education.expasy.org/cours/Outreach/FormCont_04112020/ Origine du nouveau coronavirus SARS-CoV-2]'''
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/pdfs/A_vous_de_jouer.pdf Atelier-4. Médecine de précision et profil génétique]
*** [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FormCont_04112020/ '''Evolution du nouveau coronavirus SARS-CoV-2''']
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Coronavirus_proteines_vs2.html Atelier-5. '''Coronavirus et protéines.'''..]
*** [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FormCont_04112020/ '''SARS-CoV-2 et HIV: fake news ?''']
*** Une publication (EN) qui reprend toutes les activités [https://f1000research.com/documents/10-836 (lien)]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier6.html SIB-6. Découverte de BLAST...]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier6.html Atelier-6. Découverte de BLAST...]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/journee_diabete_3.html SIB-7. L'insuline de A à Z]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/journee_diabete_3.html Atelier-7. '''L'insuline de A à Z''']: mieux comprendre une maladie génétique grâce à la bioinformatique
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Liens.html SIB-8. Quelques liens pour les plus  curieux]......
*** Une publication (EN) qui reprend toutes les activités [https://f1000research.com/documents/8-272 (lien)]
*** [http://education.expasy.org/bioinformatique/gout_amer_TecDay.html La génétique d'un goût amer...]
** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Liens.html Atelier-8. Quelques liens pour les plus  curieux]......
*** [http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier_Decouverte.html '''Atelier découverte de la bioinformatique pour les plus jeunes''']  
***[http://education.expasy.org/bioinformatique/Atelier_Decouverte.html '''Atelier découverte de la bioinformatique pour les plus jeunes''']
** SIB-9. Les différentes cellules et compartiments cellulaires: [https://www.swissbiopics.org www.swissbiopics.org]
* '''SIB web sites''':
** SIB-10. Comprendre la bioinformatique: les principales banques de données et outils utilisés. [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FormCont_04112020/ Présentation lors de la FC SEM 10708 ici]
**[http://education.expasy.org/bioinformatique/ Ateliers de bioinformatique]
**[[www.chromosomewalk.ch]]: localisation chromosomique et fonction biologique de plus de 300 gènes humains
**[[www.precisionmed.ch]]: la médecine de précision en oncologie
**[[www.atelier-drug-design.ch]]: concevoir les médicaments de demain
**[https://lightofevolution.org/ LightOfEvolution.org]: des histoires d'évolution (coronavirus, la banane et nous, les dinosaures et les oiseaux, ''les anciens grecs, le cancer, la domestication des tomates, ...'')
**[https://ohmygenes.org/ OhMyGenes.org]: calculer le pourcentages de gènes en commun entre différentes espèces et leur date de divergence
**[https://education.expasy.org/cgi-bin/philophylo/philophylo.cgi PhiloPhylo]: construire des alignements de séquences et des arbres phylogénétiques facilement
**[[www.uniprot.org]]: banques de données sur les protéines
**[https://www.swissbiopics.org www.swissbiopics.org]: des illustrations des différentes cellules et de leurs compartiments
**[https://nextstrain.org/ Nextstrain.org]: le suivi des pandémies
***[https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global/6m Genomic epidemiology of SARS-CoV-2]
** Protein Spotlight comics (bande dessinée sur les protéines, EN/FR): https://www.proteinspotlight.org/comics/
** Formation continue (octobre 2022): [http://education.expasy.org/cours/Outreach/FormCont_12102022/ Présentation MCB PO-425 i]


===== Glossaire =====
===== Glossaire =====
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*
*
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|UniProt (SwissProt)
|UniProtKB (SwissProt)
|http://uniprot.org/
|http://uniprot.org/
|Séquences de protéines
|Séquences de protéines
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|GDV genome Data viewer (Ex MapViewer)  
|GDV genome Data viewer (Ex MapViewer)  
|https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/  
|https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/  
|Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des sequences codantes ou non
|Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des séquences codantes ou non
|-
|-
|OMIM  
|OMIM  
|https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim  
|[https://www.omim.org/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim]
|Infos Génétique humaine (notamment maladies)
|Information sur les gènes et les maladies génétiques humaines.
|-
|-
|PubMed  
|PubMed  
Ligne 101 : Ligne 136 :
|BLAT (UCSC)
|BLAT (UCSC)
|http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
|http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
|Recherche de similarité de séquences - orienté génome humain. Plus rapide que Blast
|Recherche de séquences dans différents génomes (inclu humain). Plus rapide que Blast
|-
|-
|Genetic Home Reference
|Genetic Home Reference
|http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/
|http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/
|Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
|Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
|-
|-
|Genes and diseases
|Genes and diseases
Ligne 115 : Ligne 150 :
|Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
|Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
|-
|-
|ClustalW @swissprot
|Timetree
|http://www.timetree.org/
|Trouver la date de divergence entre deux espèces ( nom latin)
|-
|ClustalW
|https://embnet.vital-it.ch/software/ClustalW.html
|https://embnet.vital-it.ch/software/ClustalW.html
|Produit des alignements multiples
|Produit des alignements multiples (ADN ou protéines)
|-
|-
|Bioinformatics @ NIH
|Bioinformatics @ NCBI
|https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/
|https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/
|Toutes les banques de données du NIH en anglais  
|Toutes les banques de données du NIH en anglais  
Ligne 129 : Ligne 168 :
Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc
Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc
|}
|}
* SARS-CoV-2 et COVID-19 :
**  
** Suivi des souches du virus en fonction du lieu et du temps : [https://nextstrain.org/ncov/global Nextstrain.org, Real-time tracking of pathogen evolution] 
----
----
[[Catégorie: BioInfoScenarios]]
[[Catégorie: BioInfoScenarios]]

Version du 11 octobre 2022 à 15:04

Cette page peut être atteinte directement par http://tinyurl.com/bioinfoEduTechWiki ou http://unige.ch/-/bioinformatique

Remerciements

Le DIP ESII pour le soutien à ce projet, le SIB Institut Suisse de Bioinformatique pour les collaborations depuis 2002.

Formation continue PO 425 du 12 octobre 2022. activités produites par le SIB (documents) scénarios voir ci-dessous

Programme

13h30 Présentations et Introduction (FL)

13h50 Présentation d'une sélection de scénarios et survol des autres scénarios (FL)

14h20 Présentation d'une sélection d'activités produites par le SIB et survol des autres (MCB) (documents)

14h50 Pause

15h05 Ateliers à choix en parallèle a) activités SIB (MCB) b) scénarios en classe (FL)

16h30 Synthèse et bilan

17h Fin

Le centre est à la Rue de Lyon 58, 1203 Genève https://goo.gl/maps/iUqDBotCwynXGuMi6

Projet ESII Le numérique en biologie (Bioinformatique) : opportunités pour l’enseignement

Des activités en classe ou de type TP / laboratoire virtuel ou les élèves peuvent vérifier des hypothèses et construire des connaissances en se basant sur les savoirs les plus récents

Des scénarios - protocoles (comment faire)

Principalement techniques, le niveau de formulation et la pédagogie peuvent être adaptés en fonction du public et des approches de l'enseignant.e.

  1. Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est repérable sur les chromosomes humains (quelques exemples).
  2. Éprouver que la séquence des gènes codant pour les protéines est bien constituée de ATCG (quelques exemples)
  3. Éprouver qu'une grande partie du génome n'est pas constituée de gènes
  4. Éprouver que beaucoup de gènes sont constitués d'Introns et d'Exons
  5. Éprouver que la limite introns-exons n'est pas discernable aisément
  6. Éprouver que l'origine de transcription est une séquence de bases
  7. Éprouver que les SNP sont fréquents et sont des changements d'une seule base par exemple dans le gène CFTR
  8. Savoir choisir les sondes pour déterminer chaque SNP étudié dans une puce à ADN (µ-array)
  9. Éprouver comment on pourrait choisir les sondes pour déterminer un SNP spécifique dans une puce à ADN (µ-array)
    1. Eprouver comment un SNP (mutation ∂F508) est la cause la plus fréquente de mucoviscidose)
  10. Estimer la taille minimale permettant de retrouver spécifiquement une séquence.
  11. Éprouver que les séquences pour les empreintes (satellites) sont des séquences répétées
  12. Comparer pour 3 personnes le nombre de répétitions dans un satellite  sur le chr 1
  13. Variante  Former un schéma du gel pour  une empreinte ADN à partir des séquences sur le chromosome 1 pour 3 personnes
  14. Éprouver que l'extrémité des chromosomes humains sont constitués de télomères
  15. Déterminer les tissus et organes exprimant un gène (humain) donné
  16. Déterminer le degré d'expression d'un gène selon les organes au cours de l'embryogenèse (souris)
  17. Preuve de l'évolution par la comparaison de protéines chez différentes espèces
  18. Etablir l'alignement et une phylogénie
  19. Trouver la date de divergence évolutive de deux espèces
  20. Déterminer la structure 3D d'une protéine biologiquement importante
  21. Convertir la structure de la protéine en fichier pour imprimante 3D(.STL)
  22. Éprouver le lien entre structure, séquence et fonction d'une protéine
  23. Peut-on prédire la répartition des espèces végétales à partir de mesures physicochimiques et des valeurs écologiques Landolt ? (et réciproquement ?)
  24. Éprouver le rôle central des protéines dans le fonctionnement normal et la maladie
  25. Trouver des séquences virales dans le génome humain
Des exemples d'insertions possibles dans les programmes
Activités et ressources proposées par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique
Glossaire
Des liens vers des sources d'information
UniProtKB (SwissProt) http://uniprot.org/ Séquences de protéines
GDV genome Data viewer (Ex MapViewer)   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/ Localisation des gènes sur les chromosomesm exploration des séquences codantes ou non
OMIM https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim Information sur les gènes et les maladies génétiques humaines.
PubMed https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ Literature references (accède à la base Medline)
BookShelf https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books Des ouvrages de haute qualité gratuitement accessibles on-line
HMGD http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php Human Genome Mutation Database
PDB http://www.rcsb.org/pdb/ Protein structures ->3-d
BLAST (NCBI) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Recherche de similarité de séquences
BLAT (UCSC) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start Recherche de séquences dans différents génomes (inclu humain). Plus rapide que Blast
Genetic Home Reference http://ghr.nlm.nih.gov/ghr/ Portail destiné au public : infos à propos des maladies génétiques
Genes and diseases https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22183/ Ouvrage sur les Maladies humaines, mutations,…Informations concises et fiables.
Phylodendron http://iubioarchive.bio.net/treeapp/treeprint-form.html Logiciel on-line de visionnement d'arbres = cladogrammes
Timetree http://www.timetree.org/ Trouver la date de divergence entre deux espèces ( nom latin)
ClustalW https://embnet.vital-it.ch/software/ClustalW.html Produit des alignements multiples (ADN ou protéines)
Bioinformatics @ NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/ Toutes les banques de données du NIH en anglais
Digital world Biology http://digitalworldbiology.com/ Veut aider à mieux utiliser les outils BIST : Notamment

Tutorials sur Le BLAST, Entrez, Cn3D, etc