Pääbo-17/8 chap14
Chapitre n°14, Cartographier le génome, Anne, Razane & Eline
Le chapitre en deux mots
Pääbo et son équipe essaient d'établir des correspondances entre des fragments d'ADN Néandertalien et le génome humain actuel, ce qui est la cartographie. Leur objectif de départ était de trouver si les séquences d'ADN Néandertalien avait des liens de parenté en particulier avec les humains actuels en Europe qu'avec des personnes qui font partie d'autres régions du monde.
Mots clés
cartographie
correspondance
algorithme
contamination
Aspects
Raisonnement
- La cartographie des critères de correspondance équilibrés. Car si ces critères étaient trop tolérants, cela permettra à des fragments d'ADN bactérien, du fait qu'ils présentent une ressemblance au génome humain, d'être faussement attribués à l'ADN Néandertalien. Par conséquent, le génome néandertalien serait plus éloigné de celui des humains de nos jours, qu'il ne l'était en réalité. Et si ces critères sont strictes afin d'avoir une correspondance exacte entre les fragments d'ADN néandertalien et le génome humain, le risque serait que des fragments contenant des petites différences réelles soient exclus. Ceci pourrait rapprocher davantage le génome néandertalien de celui des humains actuels qu'il ne l'était vraiment. Il fallait donc trouver des critères qui se situent entre les deux cités plus haut, car cela influencera tous les résultats de leurs travaux qui utilisent principalement les écarts par rapport aux génomes actuels.
- L'algorithme de cartographie a également permis de mettre en oeuvre la façon dont les erreurs ont produites, en analysant la probabilité d'erreur selon la position des nucléotides C. Si en position finale, on observe un T dans la séquence néandertalienne et un C dans le génome humain, cela signifie que la correspondance est presque parfaite car les erreurs dues à la désamination, qui transforme les C en T aux extrémités des fragments néandertaliens, étaient très courantes. Par contre, si un C se trouve en position finale des fragments néandertaliens, et un T dans le génome humain, cela est un vrai écart.
une correspondance correspond à une comparaison de différents fragments d'ADN néandertalien aux fragments d'ADN humain mitochondrial. Quelques nucléotides de l'ADN néandertalien se chevauchent aux nucléotides de l'ADN humain. Ainsi, une mise en commun entre les nucléotides provenant des deux individus (Néandertal et humain) est possible.
Technologies de laboratoire
L'équipe a dû mettre en place un nouveau système d'algorithmes informatiques pour la cartographie qui permettrait de comparer d'une manière plus efficace l'ADN provenant des os néandertaliens (plus d'un milliard de fragments longs de 30 à 70 nucléotides chacun) aux trois milliards de nucléotides du génome humain. L'algorithme élaboré prenait en compte toutes les erreurs qui sont dans les séquences de l'homme de Néandertal. Ces erreurs étaient principalement situées vers les extrémités du brin d'ADN.
Nature des sciences
Les erreurs, qui sont relevées par l'algorithme informatique, sont dues à une désamination de résidus de cytosine. Quand un C apparaissait à l'extrémité d'un brin d'ADN, l'équipe avait un risque grand de 20 à 30% que dans leurs séquences, un T apparaisse. Cela s'explique par le fait que lorsque les fragments d'ADN se brisent, les deux brins ne sont plus de la même taille, alors le brin qui pendouille (le plus long) est vulnérable à des attaques chimiques.
Questions
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